|
|
Bootstrappingové metody ve fylogenetice
Sedlář, Karel ; Vohánka,, Jaroslav (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních desetiletích zaznamenala fylogenetická rekonstrukce velký rozvoj. Použitím nově získaných molekulárních znaků a počítačového zpracování bylo dosaženo toho, že začala být brána jako objektivní věda. Rychlý vývoj však ukázal, že je potřeba výsledky vyhodnotit, neboť nové techniky vytvořily fylogramy i z nespolehlivých dat. Pro tyto účely byly do fylogenetiky aplikovány vzorkovací statistické metody, z nichž později začal převládat bootstrapping. I ten má však omezení, se kterými je nutno počítat při interpretaci výsledků, které nám poskytl. Spojením principů bootstrappingu a konsenzuálních stromů však lze získat fylogramy, jejichž vlastnosti jsou lepší než vlastnosti klasických fylogramů jak prokazuje tato práce.
|
|
| |
|
|
Správa pacientských dat v nemocničním informačním systému Clinicom
Jirásková, Kristýna ; Fedra, Petr (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Nemocniční informační systémy slouží k ukládání pacientských dat a k jejich sdílení. Mají několik výhod. Lékaři mají okamžitě přístupnou anamnézu, která pomáhá k rychlejší diagnostice, zabraňuje nadbytečnému plýtvání léky a duplicitním vyšetřením. Cílem mé bakalářské práce bylo vytvoření dálkového přístupu k nemocničnímu informačnímu systému Clinicom prostřednictvím internetu. Data jsou v informačním systému spravována databázovým systémem Caché. Z této databáze byly informace získávány pomocí SQL dotazů. Pro prezentaci dat na internetu bylo navrženo a realizováno uživatelské rozhraní v programovacím jazyce PHP, které umožňuje vzdálenou správu databáze systému Clinicom.
|
|
|
Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy
Krupka, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá klasifikací vzorků 1D gelové elektroforézy. Popisuje teoretické informace týkající se gelové elektroforézy, různým druhům rušení, zpracování obrazu a jeho klasifikace pomocí shlukové analýzy. Jeden z hlavních úkolů je vytvoření databáze obrazů s ohledem na jejich co nejvyšší obrazovou kvalitu. Je realizována metoda předzpracování a detekce hranic jednotlivých vzorků v prostředí MATLAB. A konečně, je realizována klasifikace na základě shlukové analýzy vzorků, které je posléze statisticky ohodnocena.
|
|
|
Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy
Dvořáček, Tomáš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou vzniku a kompenzace geometrických zkreslení u 1D elektroforézy na agarózovém gelu. Diplomová práce rozebírá problematiku příčin vzniku těchto deformací a shrnuje teorii, nutnou k jejich kompenzaci. Na základě takto získané teorie a vytvořených elektroforetických fantomů, obsahuje práce několik návrhů algoritmů pro kompenzaci vzniklých deformací. Tyto návrhy jsou dále přetvořeny do funkcí, které jsou spojeny do funkčního uživatelského rozhraní, sloužící k analýze obrazu gelu a pro kompenzaci geometrických deformací.
|
|
|
Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Vadják, Šimon ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce poskytuje ucelený přehled resamplingových metod pro testování správnosti topologie fylogenetických stromů odhadujících průběh fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí. Důraz byl kladen také na možnosti vzniku nepřesností v tomto odhadu a na možnosti jejich odstranění a odhalení. Tyto metody byly realizovány v programovém prostředí Matlab pro Bootstrapping, Jackknifing, OTU jackknifing a PTP test (permutation tail probability). Práce si klade za cíl otestovat jejich použitelnost na různých biologických sekvencích a také posoudit vliv volby vstupních parametrů analýzy na výsledky těchto statistických testů.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Hávová, Mariana ; Babula, Petr (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Změny v počtu a ve struktuře chromozomů jsou příčinou řady vážných onemocnění. K odhalení chromozomálních změn slouží cytogenetická vyšetření, která nejčastěji vedou k sestavení karyotypu. Pro účely cytogenetických analýz se chromozomy vizualizují pomocí vhodných metod a nejčastěji se následně sestavují do karyotypu. Protože ruční stanovení karyotypu je časově i finančně náročné, vyvíjí se přístupy k automatickému karyotypování pomocí počítačového softwaru. Automatické karyotypovací systémy klasifikují chromozomy do tříd na základě identifikačních znaků, specifických pro každý chromozom. Automatickou klasifikaci však nejvíce limituje přítomnost překrývající se a silně ohnutých chromozomů, přítomných v téměř každé mitóze. Přesnost a spolehlivost karyotypovacích systémů stále závisí na zásahu uživatele. Cílem vývoje nových přístupů k automatickému karyotypování je tedy zejména překonání výše zmíněných problémů a dále vývoj takových klasifikačních metod, které umožňí klasifikaci chromozomů do párů bez lidské kontroly.
|
|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Kosíř, Kamil ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních 30 letech zaznamenala fylogenetika velký rozvoj. Počítače se staly silnější a lépe dostupné a spolu s více sofistikovanými algoritmy přichází snaha vědců zrekonstruovat z velkého množství fylogenetických dat kompletní strom života. Právě pro tyto účely vznikají fylogenetické superstromy, které umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Cílem této práce je nalezení a sestrojení metody konstrukce superstromu, která bude dávat přesné výsledky.
|
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Danielová, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na obrazovou analýzu mitotických chromosomů. Zabývá se návrhem celého procesu zpracování digitálních snímků – od předzpracování snímků, až ke klasifikaci jednotlivých chromosomů, včetně jeho testování na sadě obrázků. V teoretické části práce jsou popsány cytogenetické metody, které se používají pro vizualizaci chromosomů. Tato práce se v praktické části zabývá morfologickými operacemi a klasifikačními postupy. Klasifikace chromosomu byla do 5 skupin (A - G). Všechny algoritmy jsou realizovány v prostředí MATLAB.
|
host ::
RSS.