Original title: Nástroj pro zpracování a konverzi nanopórových signálů
Translated title: Tool for processing and converting nanopore signals
Authors: Suriak, Martin ; Jurečková, Kateřina (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2024
Language: slo
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [slo] [eng]
Táto bakalárska práca je venovaná návrhu nástroja pre spracovanie a konverziu nanopórových signálov. V úvode čitateľovi objasňuje vývoj sekvenačných technológií, následne približuje formáty dát obsahujúce informácie vzniknuté nanopórovým sekvenovaním a nakoniec zoznamuje čitateľa s konverziou signálu na nukleotidovú sekvenciu procesom zvaným basecalling. Praktická časť je venovaná implementácii nástroja schopného vyhľadávania zvolenej nukleotidovej sekvencie vo vytvorených čítaniach, exportu vybraných dát sekvenačného behu v podobe súborov vhodného formátu a vizualizácie signálu so zvýraznenými pozíciami nukleotidov. This bachelor thesis focuses on the development of a tool for processing and converting nanopore signals. It starts by explaining the development of sequencing technologies, then introduces data formats containing information generated by nanopore sequencing, and finally introduces the reader to the conversion of a signal to a nucleotide sequence by a process called basecalling. The practical part addresses the implementation of a tool capable of searching for a selected nucleotide sequence in the generated reads, the export of selected sequencing run data as files of appropriate format, and the visualization of a signal of a selected read with the nucleotide positions highlighted.
Keywords: basecalling; data format; DNA; nanopore sequencing; nucleotide sequence

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: https://hdl.handle.net/11012/247406

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-619175


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses