Original title: Predikce vazebních míst proteinu p53
Translated title: Prediction of p53 Protein Binding Sites
Authors: Radakovič, Jozef ; Vogel, Ivan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Proteín p53, ktorý je kódovaný génom TP53 zohráva významnú úlohu v bunečnom cykle, ako regulátor transkripcie génov pri reakcii bunky na stresové podnety, čím funguje ako potláčateľ rakoviny. Pochopenie spôsobu jeho regulácie ako aj jeho väzby na regulovaný gén je jedným z hlavných záujmov moderného výskumu v genetike a bioinformatike. V prvej časti tejto práce predstavujeme nevyhnutné poznatky z molekulárnej biológie nutné k pochopeniu spôsobu regulácie proteínu p53 a úvod do analýzy a predikcie väzobných miest transkripčných faktorov. V druhej časti sa venujeme implementovaniu a testovaniu nami vytvoreného nástroja, ktorý bude schopný tieto väzobné miesta pre proteín p53 predikovať. Protein p53 which is encoded by gene TP53 plays crucial role in cell cycle as a regulator of transcription of genes in cases when cell is under stress. Therefore p53 acts like tumor suppressor. Understanding the pathway of p53 regulation as well as predicting its binding sites on p53 regulated genes is one of the major concerns of modern research in genetics and bioinformatics. In first part of this project we aim to introduce basics from molecular biology to better understand the p53 protein pathway in gene transcription and introduction to analysis of prediction of p53 binding sites. Second part is about implementation and testing of tool which would be able to predict transcription factor binding sites for protein p53.
Keywords: DNA; Hidden Markov Models; HMM; protein p53; transcription factors; DNA; HMM; proteín p53; Skryté Markovské Modely; transkripčné faktory

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52316

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-583839


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses