Original title: Online databáze sekvenčních a melt typů bakterií
Translated title: Online Database of Bacterial Sequence and Melt Types
Authors: Františová, Zuzana ; Jurečková, Kateřina (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2020
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Předmětem této diplomové práce je vytvoření databáze známých sekvenčních a melt typů patogenních bakterií a nástroje pro správu databáze. Metoda popisovaná v této práci je poměrně nová technika typizace patogenních bakterií založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ a využívá k tomu převodní klíč, který byl vytvořen ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Obsahem práce je vytvoření prostoru na databázovém serveru, načtení potřebných dat, aplikace převodního klíče, vytvoření GUI, vytvoření dalších vhodných ošetření a rozšíření, testování a následná analýza výsledků. V první kapitole jsou diskutovány nejznámější metody bakteriální typizace, další kapitola je pak věnována server-client aplikacím a databázovým nástrojům. Třetí kapitola popisuje implementaci databáze na server a čtvrtá kapitola stručně shrnuje všechny funkce programu. V poslední kapitole je pak popsána analýza vylepšení převodního klíče, které získalo pracovní název půlené alely. The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
Keywords: melt typ; mini typizace; MLST; online databáze; převodní klíč; sekvenční typ; typizace bakterií; bacterial typing; melt type; Minim Typing; MLST; online database; sequence type; translation key

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/189240

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-413108


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses