Original title: Analýza kvantitativních a kvalitativních genetických znaků v patogenezi hereditárních forem solidních nádorů.
Translated title: Analysis of quantitative and qualitative genetic features in the pathogenesis of hereditary solid tumors.
Authors: Zemánková, Petra ; Kleibl, Zdeněk (advisor) ; Živný, Jan (referee) ; Tichý, Boris (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2019
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Nádorová onemocnění patří mezi druhou nejčastější příčinu úmrtí v ČR. Nosiči mutací v genech predisponujících k dědičné formě onemocnění tvoří malou, ale klinicky velmi významnou skupinu vysoce rizikových osob. V současné době jsou známy desítky predispozičních genů pro vznik hereditárních nádorových syndromů, pro jejichž analýzu se cílené sekvenování nové generace (NGS) stalo metodou první volby. NGS umožňuje rapidní zrychlení určení příčinné mutace v oblasti diagnostiky hereditárních nádorových syndromů. K identifikaci mutací v genech predisponujících ke vzniku dědičných nádorových onemocnění jsme navrhli analýzu pomocí panelového NGS včetně bioinformatického zpracování, které umožňuje spolehlivou identifikaci jednonukleotidových záměn, krátkých inzercí/delecí i rozsáhlých intragenových přestaveb. Bioinformatické postupy, popsané v této dizertační práci, jsme následně využili k validaci panelového NGS, ale i pro identifikaci alterací v konkrétních genech, která umožnila nalézt jejich doposud nepopsané asociace s dědičnými nádorovými onemocněními. Bioinformatické analýzy se staly základem pro jednotné zpracování rozsáhlých souborů dat z CZECANCA konsorcia a umožňují konstrukci frekvenční databáze variant, která slouží pro zlepšení klinické diagnostiky nádorové predispozice u pacientů v ČR.... Cancer the second most common causes of death in the Czech Republic. Carriers of mutations in genes predisposing to hereditary cancers represent a small but clinically significant group of high risk individuals. Today, dozens of predisposing genes for hereditary tumor syndromes are known and targeted next generation sequencing (NGS) has become a standard approach for their analysis. NGS allows rapid acceleration diagnostics of causal mutation in high-risk individuals. To identify mutations in genes predisposing to hereditary cancers, we designed a panel NGS analysis including subsequent bioinformatics analysis allowing a reliable identification of single nucleotide variants, insertions/deletions, and large intragenic rearrangements. The bioinformatics procedures described in this thesis were used for panel NGS validation, but also for identification of alterations associating with so far undescribed hereditary tumor types. Bioinformatics analyzes have become the basis for the unified processing of large datasets from the CZECANCA consortium and enable the construction of a population-specific database of genotypes that serve to improve clinical diagnostics of cancer predisposition in Czech patients. The versatility of NGS also allows its use for RNA (cDNA-based) analyzes of splicing variants in the...
Keywords: bioinformatics analysis; Hereditary cancer syndromes; next generation sequencing; bioinformatická analýza; Hereditární nádorové syndromy; sekvenování nové generace

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/110450

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-405515


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses