Název: Využití metody paralelního sekvenování při stanovování zešikmení X inaktivace
Překlad názvu: Use of massive parallel sequencing in determination of skewed X inactivation
Autoři: Veselková, Tereza ; Dvořáková, Lenka (vedoucí práce) ; Sedláček, Zdeněk (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2016
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Zešikmení inaktivace chromozomu X je často studováno v souvislosti s projevy X-vázaných onemocnění u žen, přičemž u většiny chorob není vliv míry zešikmení na fenotyp zcela objasněn. Převážná část studií pro určení poměru inaktivace chromozomů X využívá metody založené na methylačně senzitivní restrikci, nejčastěji konkrétně metodu HUMARA, která vychází z profilu methylace v genu AR. Nicméně tento způsob testování má některé své nevýhody, a proto jsou stále hledány nové metodické přístupy. V naší práci jsme ve skupině 54 žen stanovovali míru zešikmení X inaktivace z DNA izolované z krevních buněk a v některých případech také z bukálních stěrů pomocí methylačně senzitivní restrikce v lokusech AR, CNKSR2 a RP2. U 32 z těchto žen, u nichž bylo možné z krve izolovat celkovou RNA, jsme využili též metodu, která je založena na kvantifikaci transkriptu pomocí paralelního sekvenování, přičemž k analýze jsme použili polymorfismy LAMP2 c.156A>T, IDS c.438C>T a ABCD1 c.1548G>A. Nejvíce informativní metodou v námi studované skupině byla methylačně senzitivní restrikce v lokusu RP2 (71 %), a to i díky malému počtu "stutter" vrcholů vznikajících při PCR. Přibližně stejné množství žen (69 %) bylo informativních v lokusu AR. Při porovnání výsledků těchto dvou metod jsme však v některých případech zaznamenali... Skewed X chromosome inactivation has been often studied as a possible factor that influences manifestation of X-linked diseases in heterozygous women. Yet the association between phenotype and degree of skewing stays unclear for most disorders. Current works rely mostly on methods that are based on methyl-sensitive restriction while determining the X inactivation pattern and mainly the HUMARA assay which investigates the methylation profile in the AR gene. However those methods have some known disadvantages and therefore we are still seeking new methodical approaches. We used DNA isolated from whole blood and in some cases also buccal swabs to asses X inactivation patterns in 54 women using methylation-based methods for loci AR, CNKSR2 and RP2. Transcription-based assay was utilized to evaluate skewing of X inactivation in 32 of those women, whose samples were available for RNA extraction, using massive parallel sequencing and polymorphisms LAMP2 c.156A>T, IDS c.438C>T and ABCD1 c.1548G>A. Partly thanks to almost no stuttering during PCR the RP2 locus was the most informative in our study (71 % of women) and approximately the same number of women (69 %) were informative for the HUMARA assay. However when comparing the results of those two methods we determined difference greater than 10 % in...
Klíčová slova: HUMARA; inaktivace chromozomu X; paralelní sekvenování; zešikmení X inaktivace; chromosome X inactivation; HUMARA; massive parallel sequencing; skewed X inactivation

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/81113

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-350776


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce