Original title: Charakterizace vybraného proteinu aktivujícího RAB GTPázy (RAB GAP) z Arabidopsis thaliana
Translated title: Characterization of selected RAB GTPase activating protein (RAB GAP) of Arabidopsis thaliana
Authors: Metlička, Jáchym ; Hála, Michal (advisor) ; Eliáš, Marek (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
9 ABSTRAKT Rab GTPázy (Raby) jsou nejpočetnější rodinou eukaryotické super-rodiny Ras GTPáz. V aktivní GTP-vázající formě slouží jako nástroje vymezující proměnlivou identitu membrán a skrz rozličné efektory regulují utváření, transport, proměnu a fúzi membránových váčků. To je zásadní pro udržení kompartmentalizované struktury charakteristické pro eukaryotické buňky a pro zajištění endo- a exocytózy. K deaktivaci Rabů dochází skrz vazbu Rab GAPů, tj. proteinů disponujících schopností výrazně urychlit hydrolýzu GTP vázaného v Rabech. Tímto procesem mohou Rab GAPy omezovat rozsah aktivity Rabů a vytyčovat časoprostorové ohraničení odlišných populací Rab GTPáz. V této práci jsem se pokusil popsat Rab GAP, označený jako GAP2, který je zřejmě nutný pro standardní vývoj rostlin huseníčku rolního. Kromě charakteristické katalytické TBC domény obsahuje GAP2 (produkt genu At2g39280) C-terminální coiled-coil strukturní motiv, který byl už dříve pozorován v interakcích s konkrétními Rab GTPázami. Provedl jsem experimenty, jejichž cílem mělo být komplementování T-DNA inzerčního mutanta v genu GAP2, zjištění vnitrobuněčné lokalizace GAP2 proteinu, nalezení dosud nepopsaných interaktorů a popis interakce s Raby objevenými v pilotních experimentech. Výsledky nasvědčují, že GAP2 je primárně cytoplasmatický protein a jeho... 8 ABSTRACT Rab GTPases (Rabs) are the most populous branch of eukaryotic Ras GTPase superfamily. In active GTP-binding conformation, they serve as key instruments in defining transient membrane identity and through various effectors regulate formation, transport, conversion, and fusion of membrane vesicles. This is important for upkeep of compartmentalized structure of eukaryotic cells and for facilitating both endo- and exocytic processes. Rabs are converted into GDP-binding conformation by interactions with Rab GTPase activating proteins (Rab GAPs) that possess ability to significantly speed up weak intrinsic GTP hydrolytic activity of Rabs. Through this process, Rab GAPs can limit scope of the Rabs' activity and lay out spatiotemporal boundaries for varying Rab populations. In this thesis, I tried to characterize a Rab GAP, GAP2, seemingly necessary for standard development of thale cress plants. Besides TBC catalytic domain, GAP2 (product of At2g39280 gene) possesses a C-terminal coiled-coil motif, which was previously found to interact with Rab GTPases. Experiments aiming to complement T-DNA insertion mutant in GAP2, elucidate GAP2 intracellular localization, novel interacting partners, and character of interaction with the Rabs discovered in the pilot study were undertaken. The results suggest that...
Keywords: Arabidopsis thaliana; exocytosis; RAB GAP; RAB GTPases; Arabidopsis thaliana; exocytosa; RAB GAP; RAB GTPázy

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/73782

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-343106


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses