Název: Cílené vyhledávání genů sekundárního metabolismu ve streptomycetách.
Překlad názvu: The directed search of genes for secondary metabolites in streptomycetes.
Autoři: Bakal, Tomáš ; Najmanová, Lucie (vedoucí práce) ; Janderová, Blanka (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2011
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Objevy nových přírodních antibiotik jsou dnes již vzácností, proto se jako velmi perspektivní možnost zisku nových antibiotik a látek se zajímavou biologickou aktivitou jeví konstrukce kmenů produkujících hybridní látky. Tato práce je součástí širšího projektu zaměřeného na přípravu nových biologicky aktivních látek odvozených od antibiotika linkomycinu. Linkomycin se skládá z cukerné (MTL) a aminokyselinové (kyselina propylhygrová) složky spojených peptidovou vazbou. Je známo, že nejrůznější modifikace aminokyselinové části molekuly, zvláště pak bočního alkylového řetízku, vedou ke zlepšení antibiotických vlastností výsledné látky. Úzkým hrdlem syntézy takto modifikovaných látek je kondenzační enzym NDL-syntetáza a především jeho A-doména, která, stejně jako u nonribozomálních peptidových syntetáz (NRPS), specificky rozpoznává a aktivuje aminokyselinový prekurzor. V rámci této práce byla navržena sada degenerovaných primerů pro vyhledávání A-domén NRPS metodou PCR a byly optimalizovány podmínky reakce. Zdrojem genetické informace pro vyhledávání zajímavých A-domén NRPS, použitelných pro konstrukci hybridních biosyntetických shluků, bude v první fázi sbírka cca 800 půdních izolátů aktinomycet. Kmeny této sbírky byly charakterizovány taxonomicky (sekvenace 16S rDNA) a sbírka byla utříděna (byly vyloučeny... Discoveries of new natural antibiotics are now relatively rare, therefore the construction of strains producing hybrid substances seems to be a very promising opportunity to gain new interesting biologically active compounds. This work is part of a larger project focused on the preparation of new biologically active substances derived from the antibiotic lincomycin. Lincomycin is composed of saccharide (MTL) and amino acid (propylhygric acid) moieties condensed by amide bond. Various modifications of amino acid moiety, especially of the side alkyl chain, are known to improve the antibiotic properties of final molecule. The bottleneck of biosynthesis of such modified compounds is the condensing enzyme NDL-synthetase, and especially its A-domain, which, similarly to nonribosomal peptide synthetases (NRPS), specifically recognizes and activates the amino acid precursor. In this work a set of degenerate primers for PCR searching of NRPS A-domains was proposed and the conditions of PCR reaction were optimized. In the first step a collection approximately 800 isolates of soil actinomycetes will serve as a source of genetic information for search of interesting NRPS A-domains, applicable for the construction of hybrid biosynthetic clusters. The isolates of this collection have been also characterized taxonomically...
Klíčová slova: 16S ribozomální DNA; A-domény NRPS; aktinomycety; antibiotika; PCR; 16S ribosomal DNA; A-domain NRPS; actinomycetes; antibotics; PCR

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/48146

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-312432


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce