Original title: Identifikace vinných kvasinek metodou PCR-RFLP
Translated title: Identification of wine yeasts by PCR-RFLP method
Authors: Šuranská, Hana ; Vojtíšková, Marie (referee) ; Vránová, Dana (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2009
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek metodou PCR-RFLP. Identifikace a charakteristika kvasinek prodělala v posledních letech výrazné změny. Byly zavedeny nové metody taxonomického zařazování založené na molekulárních metodách, které směřují ke snadné a rychlé identifikaci. Jednou z těchto metod je metoda PCR-RFLP. Amplifikací oblasti 5•8S-ITS rDNA polymerázovou řetězovou reakcí za použití primerů ITS1 a ITS4 dojde k amplifikaci specifického úseku DNA. Takto namnožená DNA je po přečištění ethanolem a vysušení podrobena restrikční analýze. Použitím restrikčních endonukleáz dojde k naštípání DNA na specifické úseky charakteristické pro daný druh. Naštípané fragmenty lze oddělit v elektrickém poli v agarózovém gelu a následně vyhodnotit. V práci bylo použito 63 typových kvasinek, které byly analyzovány použitím sedmi restrikčních endonukleáz – HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, TaqI, AluI a MseI. Výsledný obraz štěpení typových kvasinek byl srovnán s výsledkem štěpení identifikovaných vinných kvasinek a tyto kvasinky byly následně taxonomicky zařazeny. Posouzení genetické podobnosti bylo provedeno pomocí programu BioNumerics a výsledkem jsou dendrogramy, k jejichž vytvoření byly využity Jaccardovy koeficienty. This thesis deals with identification of the wine yeasts by applying the PCR-RFLP method. The identification and characteristic of the yeasts has gone through substantial changes in recent years. There have been introduced new methods of taxonomic classifying based on the molecular methods, which are oriented to easy and fast identification. One of these methods is the PCR-RFLP method. The amplification of the 5•8S-ITS rDNA sequence by the polymerase chain reaction with use of the primers ITS1 and ITS4 leads to the amplification of the specific sequence of DNA. Such multiplied DNA is after repurifying by the ethanol and drying submitted to the restriction analysis. With use of the restriction endonuklases DNA is chopped into the specific segments typical for the particular genus. The chopped fragments can be separated in the electric field in the agarose gel and subsequently evaluated. In this thesis together 63 type yeasts were used. These yeasts were analysed by applying of the seven restriction endonuklases – HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, TaqI, AluI a MseI. The final image of type yeasts splitting was compared to the results of splitting of already identified wine yeasts and these yeasts were subsequently taxonomically classified. Evaluation of genetic similarity was conducted by program BioNumerics and as the results the dendrograms that were created with use of Jaccard‘s coefficients are obtained.
Keywords: dendrograms.; genetic similarity; identification; PCR-RFLP; Yeasts; dendrogramy.; genetická podobnost; identifikace; Kvasinky; PCR-RFLP

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/12363

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216494


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses