Home > Conference materials > Papers > Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells
Original title:
Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells
Translated title:
Klastrování genů s podobným regulačním mechanismem během monocytární a garanulocytární diferenciace buněk HL-60
Authors:
Koutná, I. ; Faltýsková, E. ; Krontorád, P. ; Svoboda, Z. ; Pavlík, T. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Michal ; Kozubek, Stanislav Document type: Papers Conference/Event: Biophysics of the Genome, Brno (CZ), 2004-10-12 / 2004-10-13
Year:
2004
Language:
eng Abstract:
[eng][cze] In the present study, a high density-microarrays of human cDNA containing 19,000 genetic elements were used to search for differences in gene expression of human promyelic leukaemia cell line HL-60 during monocyte (MD) and granulocyte differentiation (GD). For differentiation to monocytes (granulocytes), the TPA, 12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate (DMSO) were used, respectively. A total number of 4625 (4760) genes were found to be regulated during MD (GD). The genes have been divided into groups according to their kinetics of regulation (R-groups). The genes of the same group are not distributed randomly throughout the genome but form clusters on chromosomes (R-clusters). Thus, functionally interconnected genes are frequently localized near to each other on the DNA molecule.V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů (MD) a granulocytů (GD). Jako diferenciační činidlo pro monocytární diferenciaci bylo použito TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate) a pro granulocytární proces DMSO. Studiem expresních profilů bylo zjištěno že v průběhu MD signifikantně měnilo expresi 4625 genů a v průběhu GD 4760 genů. Geny obou diferenciací byly rozděleny do podle typu kinetiky s jakou se účastní diferenciace do tzv. R-skupin. Bylo zjištěno, že geny z jednotlivých R-skupin nejsou nenáhodně rozprostřeny na chromosomových teritorií, ale formují na chromosomech klastry. Skupiny genu s podobnou kinetikou regulace tedy můžeme najít na chromosomech blízko sebe.
Keywords:
cDNA; gene expression; leukaemia cell line HL60 Project no.: CEZ:AV0Z5004920 (CEP), 1A8241 (CEP), GP301/04/P136 (CEP) Funding provider: GA MZd, GA ČR Host item entry: Biophysics of the Genome: Proceedings of the Workshop Held at Brno, ISBN 80-210-3560-9
Institution: Institute of Biophysics AS ČR
(web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences. Original record: http://hdl.handle.net/11104/0015618