Original title: Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells
Translated title: Klastrování genů s podobným regulačním mechanismem během monocytární a garanulocytární diferenciace buněk HL-60
Authors: Koutná, I. ; Faltýsková, E. ; Krontorád, P. ; Svoboda, Z. ; Pavlík, T. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Michal ; Kozubek, Stanislav
Document type: Papers
Conference/Event: Biophysics of the Genome, Brno (CZ), 2004-10-12 / 2004-10-13
Year: 2004
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
In the present study, a high density-microarrays of human cDNA containing 19,000 genetic elements were used to search for differences in gene expression of human promyelic leukaemia cell line HL-60 during monocyte (MD) and granulocyte differentiation (GD). For differentiation to monocytes (granulocytes), the TPA, 12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate (DMSO) were used, respectively. A total number of 4625 (4760) genes were found to be regulated during MD (GD). The genes have been divided into groups according to their kinetics of regulation (R-groups). The genes of the same group are not distributed randomly throughout the genome but form clusters on chromosomes (R-clusters). Thus, functionally interconnected genes are frequently localized near to each other on the DNA molecule. V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů (MD) a granulocytů (GD). Jako diferenciační činidlo pro monocytární diferenciaci bylo použito TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate) a pro granulocytární proces DMSO. Studiem expresních profilů bylo zjištěno že v průběhu MD signifikantně měnilo expresi 4625 genů a v průběhu GD 4760 genů. Geny obou diferenciací byly rozděleny do podle typu kinetiky s jakou se účastní diferenciace do tzv. R-skupin. Bylo zjištěno, že geny z jednotlivých R-skupin nejsou nenáhodně rozprostřeny na chromosomových teritorií, ale formují na chromosomech klastry. Skupiny genu s podobnou kinetikou regulace tedy můžeme najít na chromosomech blízko sebe.
Keywords: cDNA; gene expression; leukaemia cell line HL60
Project no.: CEZ:AV0Z5004920 (CEP), 1A8241 (CEP), GP301/04/P136 (CEP)
Funding provider: GA MZd, GA ČR
Host item entry: Biophysics of the Genome: Proceedings of the Workshop Held at Brno, ISBN 80-210-3560-9

Institution: Institute of Biophysics AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0015618

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-20427


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Biophysics
Conference materials > Papers