Název: Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR: metodika pro praxi
Překlad názvu: PCR based assay for detection garden pea lec gene
Autoři: Vráblík, Aleš ; Hodek, Jan ; Ovesná, Jaroslava
Typ dokumentu: Metodiky
Rok: 2012
Jazyk: cze
Nakladatel: Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Abstrakt: [cze] [eng]
Metodika popisuje detekci vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR a real-time PCR s využitím nově vyvinutých specifických primerů. Podstatou zkoušky je zjistit ve vzorku přítomnost nukleotidové sekvence specifické pro lektin, vnitřní gen hrachu setého. Vzhledem k tomu, že v řadě matric je DNA poškozena výrobními postupy, využívá se amplifikace krátkého úseku DNA. Po amplifikaci cílové DNA metodou PCR následuje elektroforetická separace PCR produktů v agarózovém gelu. V transiluminátoru se poté v UV světle vizualizuje hledaný PCR produkt v podobě proužku svítícího na gelu v předem určené pozici. Nově vyvinuté primery byly rovněž verifikovány pro metodu real-time PCR s využitím SYBR® Green detekce. U dané metody byla ověřena specificita a rovněž byl stanoven detekční a kvantifikační limit. The method was developed and verified by staff of National reference laboratory for GMO identification and DNA fingerprinting suited for governmental control laboratories and private laboratories that analyze food and feed derived from various plant matrices. Method can be applied for quantification of GM pea in a sample, when reference gene is used as a standard. The method describe internal garden pea specific gene, lektin in this case, detection using PCR and real-time PCR. The general principle of the assay relies on lektin specific sequence presence that represents a species specific gene of garden pea. In many matrices DNA is damaged so amplification of short stretches of DNA is used. After amplification of target exploiting newly developer species specific gene primers PCR products are separated by electrophoresis in agarose gel. Resulting band is visualized by UV light and its position is compare with size standard. Alternatively, real-time PCR and ABI platform in combination with SYBR® Green can be used. Reaction parameters are described and specificity of reaction was verified. LOD as well as LOQ was defined.
Klíčová slova: detekce; hrách setý; lektin; luskoviny; ultrafialové záření; garden pea; GMO; lectin; modulated signal detection; real-time PCR; SYBR Green; ultraviolet radiation; vegetable legumes
Číslo projektu: QI101B267 (CEP)
Poskytovatel projektu: Ministerstvo zemědělství ČR
Práva: Dílo je chráněno podle autorského zákona č. 121/2000 Sb.

Instituce: Výzkumný ústav rostlinné výroby (web)

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-124033


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Věda a výzkum > Veřejné výzkumné instituce > Výzkumný ústav rostlinné výroby
Analytické a metodické materiály > Metodiky