|
|
Mechanismy biogeneze železo-sirných klastrů u eukaryot
Temešinko, Tomáš ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Malych, Ronald (oponent)
Mnoho esenciálních proteinů v buňce využívá železo-sirné (Fe-S) klastry jako své kofaktory. Tyto proteiny slouží například jako enzymy, komponenty elektron-transportního řetězce nebo vnitrobuněčné sensory. Před vložením do proteinu musí být klastr nejprve sestaven, respektive syntetizován de novo. Eukaryotické buňky k tomu využívají celkem čtyři odlišné dráhy: ISC, CIA, SUF a NIF. Všechny dráhy jsou navíc schopny klastr doručit specifickému akceptorovému proteinu a tím ho maturovat. Porucha biosyntézyFe-Sklastrůjeproeukaryotickoubuňkučastoletálníavedek selhánívývojemnohobuněčných organismů.Přestozůstávajízákladní principytěchtodrahneobjasněnéajejichstudium stáleprobíhá.Tato bakalářská práce shrnuje dosavadní poznatky o mechanismech biogeneze Fe-S klastrů u eukaryot, tedy poznatky ze savčích buněk, včetně lidí a z modelových organismů jako Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana a nakonec také parazitického prvoka Giardia intestinalis.
|
|
|
Quantitative Analysis of Gene Ancestry in Euglenoidea
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Burki, Fabien (oponent) ; Horák, Aleš (oponent)
Geny, jakozťo jednotky geneticke' informace, jsou prěda'va'ny z jednoho jedince na jine'ho, obvykle v ra'mci te'hozˇ druhu - z rodicˇu˚ na potomky. Cˇas od cˇasu mohou by't geny prěda'ny i jedincu˚m jiny'ch druhu˚ prostrědnictvı'm procesu zvane'ho horizonta'lnı' prěnos genu˚ (HGT). Endosymbio'za je proces, prˇi ktere'm jeden organismus pohltı' jiny' organismus a geny jsou prěda'va'ny mezi obeˇma symbionty prostrědnictvı'm procesu zvane'ho endosymbioticky' prěnos genu˚ (EGT), jenzˇ jest podtypem HGT. Cˇasem se mu˚zě endosymbiont sta't i organelou, jakou je mitochondrie nebo plastid. Kra'snoocˇka (Euglenoidea) jsou jednobunečňa' eukaryota s ru˚znorody'mi zpu˚soby vy'zˇivy - fagot- rofiı' (naprˇ. Peranema), osmotrofiı' (naprˇ. Rhabdomonas), mixotrofiı' (fagotrofiı' a fototrofiı' u rodu Rapaza) a fototrofiı' (s plastidy; naprˇ. Eutreptiella). Historie endosymbio'z zeleny'ch rˇas (zejme'na skupiny Chlo- rophyta) a prědku˚ kra'snoocěk trˇı'dy Euglenophyceae (vcětneˇ rodu Rapaza) je komplexnı'. Ve sve' pra'ci jsem provedl kvantitativnı' analy'zu genealogie genu˚ (QAGA) zalozěnou na transkrip- tomicky'ch datech kra'snoocˇka sťı'hle'ho (Euglena gracilis), ktere' ukazujı' na vy'znamny' prˇı'speˇvek blı'zce prˇı'buzny'ch bicˇivek (Kinetoplastea; 1 420 genu˚, 3,88 % transkriptu˚ prěneseny'ch...
|
|
|
Evolution of euglenid plastid proteome
Novák Vanclová, Anna ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Gruber, Ansgar (oponent) ; Maier, Uwe (oponent)
Vznik plastidů endosymbiózou a jejich horizontální šíření je široce rozšířený evoluční jev a jedna z významných hnacích sil evoluce eukaryot. Integrace nové organely je doprovázena změnami v její struktuře, genovém obsahu, biogenezi a importu proteinů a propojením jejích metabolických drah s drahami hostitele. Studium těchto procesů v různých skupinách sekundárních řas a srovnávání mezi nimi je důležité pro porozumění obecným principům evoluce plastidů. Krásnoočka (Euglenophyta) získala své plastidy od zelených řas po poměrně dlouhém období heterotrofie. V této práci jsem se podílela na analýze nově vygenerovaných sekvenčních datasetů: transkriptomů Euglena gracilis a Euglena longa a plastidového proteomu E. gracilis determinovaného pomocí hmotnostní spektrometrie, a to s ohledem na potenciální inovace související se získáním a integrací plastidu. Ve výsledných publikacích jsme se zaměřili zvláště na složení a evoluci systému pro targeting a import jaderně kódovaných proteinů do plastidu a zjistili, že plastidy krásnooček obsahují extrémně redukovaný TIC a zcela postrádají TOC komplex. Na základě plastidového proteomu jsme identifikovali několik nových potenciálních translokáz odvozených od proteinů endomembránového systému a popsali některé dříve nepovšimnuté vlastnosti N-terminálních...
|
|
|
Ztráty mitochondrií a plastidů v evoluci eukaryot
Trokšiar, David ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Hadariová, Lucia (oponent)
- 4 - Abstrakt: Mitochondrie i plastidy byly získány endosymbiotickou událostí, při které došlo k pohlcení prokaryotického organismu předky dnešních eukaryot. V evoluci plastidů je známo více endosymbiotických událostí. Při primární endosymbióze došlo k pohlcení sinice heterotrofním eukaryotickým organismem. Při následujících sekundárních, terciérních a kvartérních endosymbiótických událostech, došlo k pohlcení eukaryotické buňky jiným eukaryotem. Mitochondrie vznikla pohlcením α-proteobakterie. V evoluci eukaryot došlo u mnohých druhů k redukcím mitochondrie, které umožnili život v anaerobním prostředí. Nejméně redukovanou formou jsou anaerobní mitochondrie, které si společně s aerobní mitochondrií a vodík produkující mitochondrií zachovaly genom. Hydrogenosomy a nejvíce redukované mitosomy si genom nezachovaly. Opakované redukce plastidů v mnohých liniích vedly ke ztrátě schopnosti fotosyntetizovat. V posledních letech přibývá dokladů o organismech, které semiautonomní organelu zcela ztratily. Ke ztrátě plastidu došlo minimálně u dvou parazitických zástupců alveolát, Cryptosporidium parvum a Hematodinium sp., a ke ztrátě mitochondrie u endobioticky žijící oxymonády Monocercomonoides sp.. Semiautonomní organely se staly u těchto druhů postradatelné, jelikož tyto organizmy dokázaly jejich metabolismus...
|
|
|
Diverzita prasinofytních řas příbuzných plastidu euglen
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Horák, Aleš (oponent)
Euglenophyceae představují skupinu jednobuněčných eukaryotických organismů, které v evoluci získaly schopnost fotosyntézy. Jejich plastidy vznikly sekundární endosymbiózou s primární zelenou řasou. Fylogenetické studie pátrající po původu této organely ukázaly na zelenou řasu Pyramimonas parkeae ze skupiny Prasinophyta jako nejbližšího známého příbuzného plastidům euglen. Plastidové genomy Pyramimonas parkeae a Euglena sdílí unikátní pořadí určitých genů sdružených do genových klastrů, což také ukazuje na skupinu Pyramimonadales jako donora plastidu. Není nicméně vyloučené, že se v prostředí vyskytují organismy, které by byly plastidům euglen ještě příbuznější než P. parkeae. Ve své diplomové práci jsem se proto zaměřila na zkoumání diverzity Pyramimonadales a Euglenophyceae v environmentálních vzorcích. Použila jsem k tomu několik přístupů. Pomocí specifické PCR jsem amplifikovala části plastidového genomu v environmentálních vzorcích a určila jsem jejich pozici na fylogenetickém stromu. Provedla jsem také několik rozsáhlých fylogenetických analýz založených na 16S rRNA a 18S rRNA sekvencích z dostupných zástupců Euglenophyceae, Prasinophyta a environmentálních vzorků. Výsledky odhalily přítomnost velkého množství environmentálních sekvencí spadajících mezi Pyramimonadales, organismy příbuznější...
|
|
|
Membránový proteom plastidu euglenidů
Vanclová, Anna ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Füssy, Zoltán (oponent)
Euglenophyta jsou monofyletická podskupina euglenidů vymezená přítomností zeleného, třemi membránami obaleného plastidu nabytého sekundární endosymbiózou s chlorophytní řasou. Mechanismus, jímž jsou do těchto plastidů transportovány jaderně-kódované proteiny, je dosud velmi málo probádán. Bylo zjištěno, že k vnější membráně putují proteiny ve váčcích postupujících z ER přes Golgi, neví se však, na jakém principu tyto rozeznávají cílovou membránu a splývají s ní. Translokační systém vnitřních dvou membrán je zcela neznámý, na základě srovnání s ostatními plastidy se nabízí možnost přítomnosti homologů komplexů TOC a TIC. V rámci této práce byla analyzována sekvenční data z proteomu izolovaných membrán plastidu modelového organismu Euglena gracilis a transkriptomu E. gracilis a jejího vzdáleného příbuzného, Eutreptiella gymnastica. Bylo zkoumáno, zda se v nich nacházejí proteiny potenciálně zapojené do transportu a homology proteinů transportních systémů známých z plastidů jiných organismů (TOC/TIC, "ERAD-like" transport, SNARE). Veškeré naše výsledky jsou však negativní. Je těžké určit, zda toto zjištění naznačuje možnou nepřítomnost komplexů TOC a TIC v plastidu euglenidů, či spíše nedostatečnost použitých dat. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Analýza vývoje klíčních transgenních rostlin Arabidopsis thaliana nadprodukující cytokinin-glukosid specifické ß-glukosidasy Zm-p60.1
Štuříková, Helena
V této bakalářské práci byla studována lokalizace exprese kukuřičné beta-glukosidázy Zm-p60.1 v transgenních liniích Arabidopsis pomocí metod histochemického barvení a konfokální mikroskopie. Zm-p60.1 hraje významnou roli v části cytokininového metabolismu, kde se účastní zpětné aktivace zeatinu z inaktivní zásobní formy, zeatin-O-glukosidu. Histochemické barvení prokázalo expresi Zm-p60.1 v kořenových špičkách, pletivech listů a cévních svazcích. Následně bylo v těchto oblastech díky konfokální mikroskopii a fluorescenčnímu značení GFP ve zkoumaných rostlinách specifikováno umístění signálu do chloroplastů, plastidů (v kořenových špičkách) a xylému cévních svazků. Lokalizace Zm-p60.1 v chloroplastech a plastidech u Arabidopsis koreluje s předchozími studiemi kukuřice (Kristoffersen et al., 2000) a tabáku (Kiran et al., 2006), což dokazuje stabilitu lokalizace Zm-p60.1. Exprese Zm-p60.1 v cévních svazcích je naopak nečekaný poznatek, případné objasnění je možné v dalším výzkumu.
|
host ::
RSS.