|
|
Molecular identification of probiotic bacteria in milk products form commercial yoghurt cultures
Horňan, Samuel ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Lactic acid bacteria are considered as an important group of bacteria with probiotic effects, which are being widely used in the food industry or pharmacology. Identification and characterization of important probiotic strains play an essential role in the validation of probiotic products for commercial purposes. Their identification using molecular-biology techniques (most commonly PCR method) is one of the standard tools in commercial operations and services. The aim of this bachelor thesis is a literature review of probiotics and probiotic strains as well as a summary of current knowledge about the use of molecular biology techniques for identification of these bacteria with probiotic properties in dairy products. The experimental part of this work verifies the presence of probiotic bacteria declared on selected commercial dairy products using the polymerase chain reaction (PCR) method.
|
|
|
Využití metody PCR pro identifikaci probiotických baktérií v mléčných potravinových výrobcích
Klaška, Dominik ; Brázda, Václav (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
V rámci práce byla izolována DNA z komerčně dostupného bílého jogurtu. Izolovaná DNA, která byla získána dvěma rozdílnými metodami, byla pomocí spektrofotometru podrobena analýze. Obě metody poskytly dostatečně koncentrovanou i kvalitní DNA pro další analýzu pomocí PCR. Přesně dané úseky izolované DNA byly využitím specifických primerů amplifikovány. Prostřednictvím gelové elektroforézy byla dokázána přítomnost domény Bacteria a při rodově specifické amplifikace také přítomnost bakterií rodu Lactobacillus.
|
|
|
Využití magnetických mikročástic pro izolaci a průkaz probiotické bakteriální DNA v masných výrobcích
Vašíček, Roman ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o izolaci probiotické DNA z masných výrobků a jejím stanovení pomocí metod PCR. V práci je vyvinuta metoda homogenizace vzorků salámů kopistem, příprava hrubých lyzátů buněk salámů a izolace DNA z lyzátů buněk pomocí a magnetických mikročástic. DNA byla izolována z hrubých lyzátů salámů pomocí magnetických mikročástic. Izolovaná DNA pak byla amplifikována v rodově i druhově specifických PCR. V testovaných výrobcích byla prokázána přítomnost DNA domény Bacteria, rodů Lactobacillus a Bifidobacterium. V jednom výrobku byla prokázána DNA druhů Lactobacillus acidophilus a Bifidobacterium.
|
|
|
Příprava vzorků pro analýzu DNA v potravinách rostlinného původu
Silná, Renata ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Izolace vysoce kvalitní rostlinné DNA je nezbytná pro mnoho aplikací molekulární biologie. Nicméně, rostlinná DNA a potraviny rostlinného původu obsahují velké množství polysacharidů, polyfenolů a jiných sekundárních metabolitů, které snižují výtěžnost a kvalitu izolované DNA. Cílem této diplomové práce byla příprava vzorků a různých potravinových matric pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Jednalo se o 5 druhů zeleniny a 10 druhů různě zpracovaných zeleninových potravinových výrobků. Homogenizace matric byla provedena v CTAB pufru. Izolace rostlinné DNA byla provedena magnetickými částicemi s navázanými karboxylovými skupinami. Veškerá DNA byla izolována v kvalitě vhodné pro konvenční PCR, testována dvěma sadami primerů umožňujících amplifikaci 700 bp amplikonů, u tepelně zpracovaných výrobků na 220 bp a pro PCR v reálném čase. Byla srovnána účinnost separace magnetických částic s navázanou DNA pomocí magnetického separátoru a magnetické jehly. DNA vyšší čistoty byla izolována magnetickou jehlou. Mikrometoda izolace rostlinné DNA z homogenátů s CTAB pomocí magnetických částic je vhodná pro různě zpracované potraviny.
|
|
|
Evaluation of a micromethod for isolation of DNA from plant leaf, fruit and fruit products
Balažovičová, Nikola ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
The thesis has been focused on testing of micromethod of DNA isolation from leaves, fruits and fruit products. Jams were selected for the analysis of plant DNA in technologically processed foods. Plant leaves, fruits, and jams were homogenized using plastic copist in a lysis buffer containing 2% cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) with 2.5M sodium chloride (NaCl). Microisolation of plant DNA was performed using poly(hydroxyethylmethacrylate-co-glycidylmethacrylate) – P(HEMA-co-GMA)microparticles. Isolated the DNA concentration and purity were assessed by UV light aborbance using a spectrophotometer. After that, amplification of the DNA was tested in PCR. Primers specific for plant ribosomal DNA: 18S_for a 5,8S_rev (PCR product - 700bp), 26S_for a 26S_rev (PCR product - 220 bp), 18S_for a 18¬S_rev (PCR product - 263 bp) were used. The PCR conditions were optimized and the effect of the amplicon length on its detection was followed. PCR products were detected by agarose gel electrophoresis. It was shown that DNA isolated from almost all of leaves using magnetic particles was in PCR-ready quality in contrary to the fruits. DNA amplified in PCR with primers giving short PCR products was isolated from almost all tested jams. The method must be optimalised, yet.
|
|
|
Izolace DNA z vybraných zeleninových výrobků (paprika)
Gőghová, Sabína ; Kuderová,, Alena (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá mikroizolací rostlinné DNA z 10 různých technologicky zpracovaných potravinových výrobků obsahujících papriku (Capsicum annum). DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována z homogenátů připravených v lyzačním roztoku s CTAB pomocí magnetických částic PGMA funkcionalizovaných karboxylovými skupinami. Kvantita a kvalita DNA byla stanovena spektrofotometricky a ověřena metodami PCR s primery specifickými pro rostlinnou rDNA. Kvalita izolované DNA se lišila v závislosti na technologickém zpracování výrobků. DNA izolovaná z uzené mleté papriky a z tepelně ošetřených výrobků (s výjimkou jednoho výrobku) byla degradovaná a amplifikovala se jen s primery F_26S a R_26S (produkt PCR o velikosti 220 bp) na rozdíl od primerů F_18S a R_5.8S (produkt PCR 700 bp). DNA izolované z dalších potravinových výrobků se amplifikovaly s primery F_18S a R_5.8S (produkt PCR 700bp). PCR produkt z jedné mleté papriky (Žitavská paprika) byl klonován a sekvencován.
|
|
|
Optimalizace nové mikrometody izolace DNA z potravin
Surá, Tereza ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na optimalizaci mikrometody izolace DNA v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR) pomocí magnetických mikročástic z potravin rostlinného původu. Pro analýzu byla vybrána červená řepa (čerstvá, mražená, sušená, sterilovaná) a potravinové výrobky obsahující červenou řepu. Byly porovnávány a optimalizovány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenáty byly připraveny v lyzačním pufru s cetyltrimethylamonium bromidem (CTAB) s různým množstvím NaCl bez a s přídavkem organického extrakčního činidla chloroform-oktanolu a isopropanolu. Mikroizolace DNA byla provedena pomocí magnetických částic P(GMA). Byla testována koncentrace NaCl a polyethylenglykolu (PEG) 6000 v separačních směsích. Byl porovnáván vliv na výtěžek a čistotu izolované DNA a navržen optimální poměr množství NaCl v CTAB pufru a koncentrace PEG 6000 v separační směsi. Optimální separační směs pro izolaci DNA z červené řepy byla aplikována na potravinové výrobky obsahující červenou řepu. Amplifikovatelnost DNA byla testována v konvenční PCR, kde byly použity specifické primery pro rostlinnou DNA. Produkty PCR o velikosti asi 700 bp byly detegovány pomocí agarózové gelové elektroforézy.
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z vybraných tepelně zpracovaných výrobků rostlinného původu
Hronová, Aneta ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na testování mikroizolace DNA za pomocí magnetických částic z tepelně zpracovaných potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Pro analýzu byly vybrány rybízové džemy. Ty byly homogenizovány s použitím plastového kopistu a stomacheru v lyzačním roztoku s cetyltrimetylammonium bromidem (CTAB). Při přípravě homogenátů byl testován vliv chloroform-oktanolu a isopropanolu. Homogenáty byly použity pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Po odstředění komplexů CTAB s proteiny, polyfenoly a polysacharidy byla hrubá frakce DNA purifikována vazbou na magnetické částice. Byly testovány dva druhy magnetických částic: mikročástice poly(hydroxyethylmethakrylát-co-glycidylmethakrylát) - P(HEMA-co-GMA) a nanočástice oxidů železa pokryté poly(L-lysinem) - PLL. Izolovaná DNA byla podrobena spektrofotometrické analýze, kde byla zjišťována její koncentrace a kontaminace polyfenoly a proteiny. Poté byla testována amplifikovatelnost DNA v PCR. Pro amplifikaci byly použity primery specifické pro rostlinnou ribosomální DNA. Produkty PCR s očekávanou délkou 700 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Bylo zjištěno, že z džemů lze pomocí testovaných magnetických nosičů izolovat DNA v kvalitě vhodné pro PCR.
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z výrobků z obilovin
Starenkova, Anastasiia ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na testování mikroizolace DNA za pomocí magnetických částic z ereálních výrobků v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Pro analýzu byly vybrány cereální sušenky a výrobky pro děti. Vzorky byly homogenizovány s použitím plastového kopistu v lyzačním roztoku s cetyltrimetylammonium bromidem (CTAB). Homogenáty byly purifikovány směsí chloroform-oktanol. Při přípravě homogenátu byl také testován vliv isopropanolu. Homogenáty byly použity pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Byly testovány dva spůsoby separace magnetických částic s navázanou DNA (magnetický separátor a magnetická jehla). Izolovaná DNA byla analyzována spektrofotometricky - byla zjišťována její koncentrace a čistota. Poté byla ověřována amplifikovatelnost DNA v PCR. Pro amplifikaci byly použity dvě sady primerů specifických pro rostlinnou ribosomální DNA. Produkty PCR s očekávanou délkou 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Bylo zjištěno, že DNA izolovaná ze zrn cereálií, nakličených zrn a cereálních výrobků pomocí testovaných magnetických nosičů byla v kvalitě vhodné pro PCR.
|
|
|
Studium vlivu kosmetických přípravků na mikrobiom lidské kůže pomocí molekulárních technik
Alexová, Adéla ; Kovalčík, Adriána (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základním popisem fyziologie kůže, lidského mikrobiomu a stručného přehledu míst, kde se jednotlivé mikroorganismy vyskytují. Dále je uveden přehled použitých analytických a mikrobiologických metod, použitých v diplomové práci. Praktická část se v úvodu zabývá stanovením antimikrobiálních účinků vybraných kosmetických výrobků pomocí mikrobiálních testů. Byl stanoven inhibiční a antimikrobiální účinek vybraných kosmetických výrobků na v diplomové práci zkoumané mikroorganismy pomocí spektrofotometrického stanovení přístrojem ELISA reader. Dále je praktická část diplomové práce zaměřena na izolaci mikrobiální DNA v kvalitě vhodné pro amplifikaci v PCR. Byla provedena optimalizace způsobů izolace mikrobiální DNA nacházející se na kůži testovaných dobrovolnic. Pomocí metody PCR byla sledována přítomnost vybraných mikroorganismů nacházejících se na kůži před a po použití kosmetických výrobků. Produkty PCR byly následně detekovány za použití gelové elektroforézy. Ze získaných dat je patrné, že po používání kosmetických přípravků došlo k výrazné změně množství sledovaných mikroorganismů.
|
host ::
RSS.