|
|
Inhibition of TET-1 protein by iron chelators
Antonyová, Veronika ; Jakubek, Milan (vedoucí práce) ; Mikula, Ivan (oponent) ; Gumulec, Jaromír (oponent)
SK Cieľom tejto práce bolo študovať nové syntetické chelátory železa a študovať ich potenciálne využitie pri inhibícii proteínu TET1. Epigenetické mechanizmy, ako je hydroxymetylácia DNA, sú sľubným cieľom pri mnohých závažných patológiách, vrátane onkologických ochorení. V tejto štúdii sme zamýšľali objaviť nové inhibítory skríningom malých knižníc heterocyklických molekúl, ako sú pyrolo[3,2-b]pyrolové deriváty s hydrazidovou (molekula 1) alebo hydrazónovou (molekuly 2-6) skupinou viažúcou železo a chelátory železa na báze hydrazónu (molekuly 7-10). V rámci tejto štúdie sme použili rôzne analytické a biochemické techniky na účely charakterizácie nových terapií rakoviny založených na inhibícii TET1 proteínu. Absorbancia a komplexácia testovaných zlúčenín s iónmi Fe(II) bola študovaná UV- Vis spektroskopiou. Inhibícia TET1 proteínu bola študovaná fluorometrickým testom na báze ELISA a ďalej podporená termoporézou v mikromeradle a in silico dokovaním. Cytotoxicita testovaných molekúl na rakovinových bunkových líniách bola meraná testom MTT a intracelulárna distribúcia bola stanovená zobrazovaním živých buniek. Táto štúdia predstavuje biochemickú analýzu potenciálnych inhibítorov TET1 proteínu a prináša významné poznatky, ktoré by mohli viesť k objavu inovatívnej protirakovinovej liečby založenej na...
|
|
|
Study and mechanism of new-generation heterocyclic cytostatic with an emphasis on IL-6 andIL-8
Talianová, Veronika ; Jakubek, Milan (vedoucí práce) ; Mikula, Ivan (oponent) ; Babula, Petr (oponent)
CZ Účelem této studie byl screening nových syntetických inhibitorů interleukinů IL-6 a IL- 8, které jsou slibnými cíli pro léčbu rakoviny. Malé molekuly jsou atraktivním přístupem k inhibici těchto signálních drah, o kterých je známo, že jsou důležité pro růst a přežití nádorových buněk. Cílem studie bylo objevit nové inhibitory signálních drah IL-6 a IL-8 screeningem malé knihovny chemických derivátů, včetně π-expandovaných derivátů naftalimidu, Trögerovy báze a pentamethiniových derivátů. Struktury sloučenin byly navrženy na základě studií in silico se zaměřením na blokování signálních drah IL-6 a IL-8. Studie zahrnovala použití různých analytických a bioanalytických metod pro in vitro analýzu nových potenciálních protinádorových léčiv. Sloučeniny byly testovány na cytotoxicitu a jejich účinek na buněčný růst za použití testu proliferace MTT. Jejich protinádorová aktivita byla pozorována u myší NuNu. Invazivita buněk byla monitorována pomocí testu hojení ran. Zobrazení živých buněk bylo použito k detekci distribuce látek na intracelulární úrovni. K detekci selektivity inhibitorů signálních drah IL-6 a IL-8 byly použity další metody, jako ELISA, termoforéza v mikroměřítku a predikce in silico. Absorpční a fluorescenční vlastnosti sloučenin byly také generovány a všechny výsledky byly analyzovány...
|
|
|
Eukaryotic and prokaryotic nitric oxide synthase - structure-function studies
Mikula, Ivan ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Entlicher, Gustav (oponent) ; Král, Vladimír (oponent)
Oxid dusnatý (NO) patří mezi nejdůležitější signální molekuly organismů, kde hraje zásadní roli v širokém spektru fyziologických a patologických procesů, včetně vazodilatace, přenosu nervového signálu a imunitní odpovědi organismu. Tato plynná molekula je produktem oxidační reakce katalyzované rodinou syntáz oxidu dusnatého (NOS).U savců byly identifikovány tři izoformy NOS, endoteliální (eNOS), neuronální (nNOS) a inducibilní, nebo také imunologická (iNOS). Některé bakterie nesou geny kódující proteiny homologní s oxygenázovou doménou savčích NOS a vykazující NO-syntázovou aktivitu in vitro. Předpokládá se, že NO tvořený patogenními organismy jako je B. anthracis nebo S. aureus by mohl hrát kritickou roli v patofyziologickém průběhu infekce. Komparativní studie bakteriálních "NOS-like" enzymů a savčích NOS prokázala jejich základní podobnost a zároveň rozdíly mezi jednotlivými bakteriálními proteiny i savčími izoformami při interakcích s různými analogy substrátu L-argininu a dalšími ligandy. Na základě výsledků měření kinetiky zpětné vazby NO byla predikována přítomnost druhého NO-vazebného místa v aktivním centru některých NOS. Dále byla popsána regulace dynamiky a uvolňování NO z proteinu NOS pomocí sítě vodíkových vazeb mezi hemovou prostetickou skupinou, substrátem a kofaktorem BH4. Nitrity (NO2 -)...
|
|
|
Eukaryotic and prokaryotic nitric oxide synthase - structure-function studies
Mikula, Ivan ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Entlicher, Gustav (oponent) ; Král, Vladimír (oponent)
Oxid dusnatý (NO) patří mezi nejdůležitější signální molekuly organismů, kde hraje zásadní roli v širokém spektru fyziologických a patologických procesů, včetně vazodilatace, přenosu nervového signálu a imunitní odpovědi organismu. Tato plynná molekula je produktem oxidační reakce katalyzované rodinou syntáz oxidu dusnatého (NOS).U savců byly identifikovány tři izoformy NOS, endoteliální (eNOS), neuronální (nNOS) a inducibilní, nebo také imunologická (iNOS). Některé bakterie nesou geny kódující proteiny homologní s oxygenázovou doménou savčích NOS a vykazující NO-syntázovou aktivitu in vitro. Předpokládá se, že NO tvořený patogenními organismy jako je B. anthracis nebo S. aureus by mohl hrát kritickou roli v patofyziologickém průběhu infekce. Komparativní studie bakteriálních "NOS-like" enzymů a savčích NOS prokázala jejich základní podobnost a zároveň rozdíly mezi jednotlivými bakteriálními proteiny i savčími izoformami při interakcích s různými analogy substrátu L-argininu a dalšími ligandy. Na základě výsledků měření kinetiky zpětné vazby NO byla predikována přítomnost druhého NO-vazebného místa v aktivním centru některých NOS. Dále byla popsána regulace dynamiky a uvolňování NO z proteinu NOS pomocí sítě vodíkových vazeb mezi hemovou prostetickou skupinou, substrátem a kofaktorem BH4. Nitrity (NO2 -)...
|
host ::
RSS.