|
|
Gloves with motion sensors
Findejsová, Anna ; Cicková, Pavlína (referee) ; Janoušek, Oto (advisor)
Bachelors thesis deals with design and realization of a glove with flex sensors. This thesis summarizes problematics of resistive sensors, describes their principles and using. Then deals with brief upper limb anatomy and degrees of freedom. Theoretical base is stated in chapter one and then used in chapters two, three and four, that describe the design and realization of hardware and software. The principle is based on capturing the flection of the fingers by using flex sensors connected to the Arduino development board and their visualization. The output of this thesis is a laboratory task for teaching senzorics, which is designed for using one flex sensor.
|
|
|
Synonymous codon usage bias in mitochondrial genomes
Urbanová, Hedvika ; Cicková, Pavlína (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
This Bachelors thesis deals with synonymous codon usage bias in mitochondrial genomes. This thesis covers basic terms of bioinformatics and genetics. Codon usage bias is introduced together with parameters that characterize it. Practical part of the thesis is dealing with programs that are designed to calculate parameters of codon usage bias. Programs that are described in this thesis are relative synonymous codon usage, relative adaptation index, codon adaptation index, homozygosity of codons, and effective number of codons. Synonymous codon usage bias in mitochondrial genome of Homo sapiens is analysed.
|
|
| |
|
|
Interactions of drugs used to treat schizophrenia and their accompanying symptoms
Musilová, Jana ; Janoušek, Oto (referee) ; Cicková, Pavlína (advisor)
The thesis studies interactions and side effects of antipsychotic drugs. It describes the drug discovery and related scientific fields - especially the field of biological network analysis. The thesis also describes schizophrenia and its treatment. The aim of the work is creating script in R language for automatic data download from open source databases and a search of the most significant drug interactions in data from the open source databases, based on the visualisation and analysis of networks with Cytoscape software and its plugins, and a specification of similar pharmacological features of the most important medicaments.
|
|
|
Methods for Predicting Drug Side Effects in Silico
Cicková, Pavlína ; Lexa,, Matej (referee) ; Berka,, Karel (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Vývoj a výzkum léčiv je oblastí současné vědy, jejíž nedílnou součástí je i využití výpočetních metod. Z důvodu nákladnosti a časové náročnosti laboratorních přístupů, metody in silico sehrávají svou významnou roli. I přes rychlý vývoj výpočetních technik využívaných při vývoji léků, však není drtivá většina zkoumaných molekul v procesu vývoje úspěšná a do schvalovací fáze nepostoupí. Nejen proto se nejmodernější strategie návrhu potenciálních nových léčiv zaměřují na opětovné zkoumání již schválených léků a berou do úvahy i analýzu podobností. Tato práce popisuje vývoj a aplikaci souboru několika workflow, jež byl vytvořen v rámci analytické platformy KNIME a jež implementuje metody strojového učení za účelem predikce nežádoucích účinků léčiv. Součástí prezentovaných workflow je získání dat, jejich předzpracování, výpočet metrik podobností a provedení explorační analýzy. Následně je využito klasifikačních modelů k predikci specifických nežádoucích účinků léčiv. Tato predikce vychází z principů technik založených na podobnosti. K natrénování modelů rozhodovacích stromů pro predikci potenciální asociace nežádoucích účinků s léčivy byly využity strukturní a jiné podobnosti schválených molekul léčiv. Hlavní přínos práce spočívá především v přenositelnosti použitých metod. Soubor workflow je určen k využití jako vhodný nástroj k řešení výzkumných otázek ohledně podobnosti léčiv a jelikož analytická platforma KNIME poskytuje uživatelsky přívětivé grafické rozhraní, není nutné, aby měli uživatelé pokročilé zkušenosti v oblasti strojového učení nebo programování, aby mohli soubor navržených workflow v rámci této platformy pro své analýzy využít.
|
|
|
Synonymous codon usage bias in mitochondrial genomes
Urbanová, Hedvika ; Cicková, Pavlína (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
This Bachelors thesis deals with synonymous codon usage bias in mitochondrial genomes. This thesis covers basic terms of bioinformatics and genetics. Codon usage bias is introduced together with parameters that characterize it. Practical part of the thesis is dealing with programs that are designed to calculate parameters of codon usage bias. Programs that are described in this thesis are relative synonymous codon usage, relative adaptation index, codon adaptation index, homozygosity of codons, and effective number of codons. Synonymous codon usage bias in mitochondrial genome of Homo sapiens is analysed.
|
|
|
Gloves with motion sensors
Findejsová, Anna ; Cicková, Pavlína (referee) ; Janoušek, Oto (advisor)
Bachelors thesis deals with design and realization of a glove with flex sensors. This thesis summarizes problematics of resistive sensors, describes their principles and using. Then deals with brief upper limb anatomy and degrees of freedom. Theoretical base is stated in chapter one and then used in chapters two, three and four, that describe the design and realization of hardware and software. The principle is based on capturing the flection of the fingers by using flex sensors connected to the Arduino development board and their visualization. The output of this thesis is a laboratory task for teaching senzorics, which is designed for using one flex sensor.
|
|
|
Interactions of drugs used to treat schizophrenia and their accompanying symptoms
Musilová, Jana ; Janoušek, Oto (referee) ; Cicková, Pavlína (advisor)
The thesis studies interactions and side effects of antipsychotic drugs. It describes the drug discovery and related scientific fields - especially the field of biological network analysis. The thesis also describes schizophrenia and its treatment. The aim of the work is creating script in R language for automatic data download from open source databases and a search of the most significant drug interactions in data from the open source databases, based on the visualisation and analysis of networks with Cytoscape software and its plugins, and a specification of similar pharmacological features of the most important medicaments.
|
|
| |
guest ::
