|
|
Methods of processing Oxford Nanopore sequencing data for metagenomics
Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (referee) ; Kupková, Kristýna (advisor)
The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.
|
|
|
Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome
Barilíková, Lujza ; Demko, Martin (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Hlavným cieľom tejto práce je návrh nového algoritmu k spracovaniu unikátnych molekulárnych indexov bez mapovania na referenčný genóm. O tieto náhodné oligonukleotidové sekvencie neustále vzrastá záujem, pretože uľahčujú rozpoznávať PCR chyby a skresľovanie údajov. Keďže používanie technológií sekvenovania novej generácie neustále rastie, je vynaložené veľké úsilie vyvíjať nástroje pre analýzu produkovaných dát. V súčasnosti sú nástroje na riešenie týchto chýb relatívne časovo náročné a zložité z dôvodu výpočtovo náročného zarovnania. Najdôležitejšie obmedzenie týchto nástrojov spočíva v skutočnosti, že pri spracovávaní duplikátov sú povolené multi-mapované čítania. Tieto čítania sú zvyčajne ignorované, čo môže viesť k zníženiu kvantitatívnej presnosti a spôsobiť zavádzajúcu interpretáciu výsledkov daného sekvenovania. V snahe vyriešiť tento problém je v tejto práci uvedený nový prístup, ktorý umožňuje odhad absolútneho počtu jedinečných molekúl s relatívne rýchlym a spoľahlivým spôsobom.
|
|
|
My_Umi_Tool: Processing Of Unique Molecular Identifiers Without Mapping To A Reference Genome
Barilíková, Lujza
The presented paper describes a novel algorithm for processing unique molecular identifiers (UMIs) without mapping to a reference genome. For the past few years, there has been a rapid rise in the use of sequencing technologies and progress in bioinformatics tools. However, available tools for processing UMIs are usually relative computationally demanding and time-consuming which led us to design and develop a new algorithm as well as to implement some available software to provide an effective estimation of the total number of unique molecules. My_UMI_tool performs four major steps: preprocessing of an input file, clustering by UMIs, clustering by sequence similarity, and marking duplicates to generate final file.
|
|
|
Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome
Barilíková, Lujza ; Demko, Martin (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Hlavným cieľom tejto práce je návrh nového algoritmu k spracovaniu unikátnych molekulárnych indexov bez mapovania na referenčný genóm. O tieto náhodné oligonukleotidové sekvencie neustále vzrastá záujem, pretože uľahčujú rozpoznávať PCR chyby a skresľovanie údajov. Keďže používanie technológií sekvenovania novej generácie neustále rastie, je vynaložené veľké úsilie vyvíjať nástroje pre analýzu produkovaných dát. V súčasnosti sú nástroje na riešenie týchto chýb relatívne časovo náročné a zložité z dôvodu výpočtovo náročného zarovnania. Najdôležitejšie obmedzenie týchto nástrojov spočíva v skutočnosti, že pri spracovávaní duplikátov sú povolené multi-mapované čítania. Tieto čítania sú zvyčajne ignorované, čo môže viesť k zníženiu kvantitatívnej presnosti a spôsobiť zavádzajúcu interpretáciu výsledkov daného sekvenovania. V snahe vyriešiť tento problém je v tejto práci uvedený nový prístup, ktorý umožňuje odhad absolútneho počtu jedinečných molekúl s relatívne rýchlym a spoľahlivým spôsobom.
|
|
|
Methods Of Processing Oxford Nanopore Sequencing
Data For Metagenomics
Barilíková, Lujza
The presented paper describes a new method of processing data produced by revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION, which holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite of the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data and that is the reason, why a new method of processing such data should be created. In this study such method is created based on dimensionality reduction for data visualization.
|
|
|
Methods of processing Oxford Nanopore sequencing data for metagenomics
Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (referee) ; Kupková, Kristýna (advisor)
The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.
|
guest ::
