|
|
Blood vessel tree segmentation of the mouse liver in CT data
Smékalová, Veronika ; Odstrčilík, Jan (referee) ; Kolář, Radim (advisor)
The methodology of visualization of soft tissue is in biology and medicine a topic for many years. During this period there were approving many techniques how to achieve accurate and authentic image of the researched object or structure. X-ray computed tomography is very helpful to get this goal but is necessary to improve contrasting techniques as well as the techniques of image post-processing. This thesis deals with imaging soft tissue. Specifically, it focuses on mouse liver contrasting with the artificial resin Microfil. Thesis also describes image processing technique (thresholding and region growing) for the data of the measurement with the goal of the visualization of the sample in 3D.
|
|
|
Segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos from X-ray computed microtomography data
Janštová, Michaela ; Harabiš, Vratislav (referee) ; Chmelík, Jiří (advisor)
This diploma thesis deals with a segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos in Matlab. Segmentation of soft tissues of mouse embryos was not fully automated and every case needs a specific solution. Solving parts of this issues can provide valuable data for evolutionary biologists. Issues about staining and segmentation techniques are described. On the basis of accessible literature otsu thresholding, region growing, k-means clustering and segmentation with atlas were tested. In the end of this paper are those methods tested and evaluated on 3D microtomography data.
|
|
|
Influence of Geometrical Parameters on Rupture Risk of Abdominal Aortic Aneurysm
Zemánek, Miroslav ; Janíček, Přemysl (referee) ; Tonar,, Zbyněk (referee) ; Holeček, Miroslav (referee) ; Burša, Jiří (advisor)
Tato práce je zaměřena na problematiku výpočtového a experimentálního modelování deformačně napjatostních stavů měkkých tkání se zaměřením na riziko ruptury u výdutě břišní aorty (AAA). V první části (kap. 1) je stručně nastíněn současný stav dané problematiky. Tato část shrnuje důležité poznatky publikované v dostupné literatuře. Pozornost je věnována zejména klíčovým faktorům pro stanovení rizika ruptury AAA. V další kapitole (kap. 2) je stručně popsána histologie cévní stěny a její výsledné mechanické chování, jakož i její patologie, především AAA. Druhá část práce (kap.3) je věnována experimentálnímu vyhodnocování deformačně napjatostního chování měkkých tkání, které je nutným předpokladem k věrohodnému výpočtovému modelování tohoto chování. V této kapitole je stručně popsáno experimentální zařízení speciálně vyvinuté pro testování měkkých tkání a typy zkoušek, které lze na tomto zařízení provádět. Dále jsou shrnuty klíčové faktory ovlivňující deformačně napjatostní chování měkkých tkání a experimentální ověření těchto faktorů na vzorcích z prasečích hrudních aort. V závěru této kapitoly jsou shrnuty nové poznatky vyplývající z experimentálního testování. Třetí část disertační práce (kap.4) je zaměřena na matematický popis deformačně napjatostního chování měkkých tkání, stručný popis používaných konstitutivních vztahu a postup při identifikaci parametrů pro tyto konstitutivní modely určované na základě provedených experimentálních zkoušek. Poslední část disertační práce (kap.5) je věnována výpočtovému modelování deformačně napjatostního chování AAA. V této kapitole jsou nejdříve shrnuty klíčové faktory a předpoklady pro vytváření modelů a pro vyhodnocování výsledku a dále jsou uvedeny materiálové parametry pro konstitutivní modely implementované do programu ANSYS. Byly provedeny testovací výpočty při použití hypotetické zjednodušené geometrie AAA, na kterých byly vyhodnoceny vlivy změny geometrie a vliv změny konsitutivního modelu na extrémní napětí ve stěně AAA. U reálné geometrie AAA byla navržena a otestována metoda výpočtu nezatížené geometrie z reálných CT snímků. Dále byl testován vliv zvýšení vnitřního tlaku jako rizika ruptury AAA. V závěru práce jsou shrnuty poznatky a možnosti výpočtového modelování a návrhy na další práce.
|
|
| |
|
|
Optimization of laser ablation of soft tissues
Bischofová, Hana ; Kuchyňka,, Michaela (referee) ; Pořízka, Pavel (advisor)
Laser-induced breakdown spectroscopy (LIBS) is an analytical method which is used in many fields and also for elemental analysis of soft tissues. It is necessary to optimize the soft tissue laser ablation to achieve the highest possible intensity of the wavelength spectrum. Mouse kidneys were ablated in the experimental part of this master thesis. The samples of the kidneys were prepared in two different ways, by embedding in paraffin and by preparing cryo-sections. The femto- and the nano- second lasers with different wavelengths, energies and pulse counts were used for ablation.
|
|
|
Effect of electrical stimulation on soft tissue healing
Fošumpaur, Karel ; Jeníček, Jakub (advisor) ; Angerová, Yvona (referee)
First and last name: Karel Fošumpaur Supervisor: Mgr. Jakub Jeníček, Ph.D. Opponent of the thesis: Name of the thesis: Effect of electrical stimulation on soft tissue healing Abstract of the thesis: This bachelor thesis summarizes the current state of knowledge regarding the effectiveness of electrical stimulation on soft tissue healing by providing an overview of the issue. The aim of the thesis is to describe the current level of research on the subject in terms of its completeness, current stage and limitations. Fifteen peer-reviewed, relevant articles were included and analyzed through a systematic search. Through analytical analysis and evaluation of the studies, it is determined whether and under what conditions electrical stimulation is effective for soft tissue healing. The articles presented include studies testing the effectiveness of electrical stimulation for healing structurally damaged muscle, tendon, skin and ligament. The work provides a largely positive conclusion regarding the healing effect of electrical stimulation. Key words: electrical stimulation, healing, soft tissue, muscle, tendon, skin, connective tissue, ligament, regeneration, reparation, electrotherapy
|
|
|
Segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos from X-ray computed microtomography data
Janštová, Michaela ; Harabiš, Vratislav (referee) ; Chmelík, Jiří (advisor)
This diploma thesis deals with a segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos in Matlab. Segmentation of soft tissues of mouse embryos was not fully automated and every case needs a specific solution. Solving parts of this issues can provide valuable data for evolutionary biologists. Issues about staining and segmentation techniques are described. On the basis of accessible literature otsu thresholding, region growing, k-means clustering and segmentation with atlas were tested. In the end of this paper are those methods tested and evaluated on 3D microtomography data.
|
|
|
Blood vessel tree segmentation of the mouse liver in CT data
Smékalová, Veronika ; Odstrčilík, Jan (referee) ; Kolář, Radim (advisor)
The methodology of visualization of soft tissue is in biology and medicine a topic for many years. During this period there were approving many techniques how to achieve accurate and authentic image of the researched object or structure. X-ray computed tomography is very helpful to get this goal but is necessary to improve contrasting techniques as well as the techniques of image post-processing. This thesis deals with imaging soft tissue. Specifically, it focuses on mouse liver contrasting with the artificial resin Microfil. Thesis also describes image processing technique (thresholding and region growing) for the data of the measurement with the goal of the visualization of the sample in 3D.
|
|
|
Influence of Geometrical Parameters on Rupture Risk of Abdominal Aortic Aneurysm
Zemánek, Miroslav ; Janíček, Přemysl (referee) ; Tonar,, Zbyněk (referee) ; Holeček, Miroslav (referee) ; Burša, Jiří (advisor)
Tato práce je zaměřena na problematiku výpočtového a experimentálního modelování deformačně napjatostních stavů měkkých tkání se zaměřením na riziko ruptury u výdutě břišní aorty (AAA). V první části (kap. 1) je stručně nastíněn současný stav dané problematiky. Tato část shrnuje důležité poznatky publikované v dostupné literatuře. Pozornost je věnována zejména klíčovým faktorům pro stanovení rizika ruptury AAA. V další kapitole (kap. 2) je stručně popsána histologie cévní stěny a její výsledné mechanické chování, jakož i její patologie, především AAA. Druhá část práce (kap.3) je věnována experimentálnímu vyhodnocování deformačně napjatostního chování měkkých tkání, které je nutným předpokladem k věrohodnému výpočtovému modelování tohoto chování. V této kapitole je stručně popsáno experimentální zařízení speciálně vyvinuté pro testování měkkých tkání a typy zkoušek, které lze na tomto zařízení provádět. Dále jsou shrnuty klíčové faktory ovlivňující deformačně napjatostní chování měkkých tkání a experimentální ověření těchto faktorů na vzorcích z prasečích hrudních aort. V závěru této kapitoly jsou shrnuty nové poznatky vyplývající z experimentálního testování. Třetí část disertační práce (kap.4) je zaměřena na matematický popis deformačně napjatostního chování měkkých tkání, stručný popis používaných konstitutivních vztahu a postup při identifikaci parametrů pro tyto konstitutivní modely určované na základě provedených experimentálních zkoušek. Poslední část disertační práce (kap.5) je věnována výpočtovému modelování deformačně napjatostního chování AAA. V této kapitole jsou nejdříve shrnuty klíčové faktory a předpoklady pro vytváření modelů a pro vyhodnocování výsledku a dále jsou uvedeny materiálové parametry pro konstitutivní modely implementované do programu ANSYS. Byly provedeny testovací výpočty při použití hypotetické zjednodušené geometrie AAA, na kterých byly vyhodnoceny vlivy změny geometrie a vliv změny konsitutivního modelu na extrémní napětí ve stěně AAA. U reálné geometrie AAA byla navržena a otestována metoda výpočtu nezatížené geometrie z reálných CT snímků. Dále byl testován vliv zvýšení vnitřního tlaku jako rizika ruptury AAA. V závěru práce jsou shrnuty poznatky a možnosti výpočtového modelování a návrhy na další práce.
|
guest ::
