|
|
Co-expression analysis of small RNAs and untranslated regions in Rhodospirillum rubrum
Heřmánková, Kristýna ; Sedlář, Karel
Bacterial small RNAs (sRNAs) are regulatory elements often mentioned in the context of stress response. So are polyhydroxyalkanoates (PHAs), a possible replacement for conventional plastics, are frequently produced by bacteria facing stress conditions. PHAs then serve as the source of the carbon as well as the defense mechanism against further stress. Here, we present sRNA analysis of PHA-producing bacterium Rhodospirillum rubrum, especially the co-expression analysis of inferred sRNA candidates from RNA-Seq data. Weighted correlation network analysis (WGCNA) was used to compute clusters of genes with similar expression profiles, resulting in 28 modules. Further, the functional annotation of genes in each module was applied and the overall functional profiles were mentioned using a ‘guilt by association’ approach. Additionally, functional enrichment of modules was obtained through overrepresentation analysis (ORA). These results provide an overview of regulatory elements and their predicted functions in R. rubrum, which further unveil its dynamic properties and can help with the assessment of its industrial application.
|
|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Genomová sekvence je důležitým zdrojem informací v oblasti biologie, a proto je neustálým předmětem zájmu vědeckého výzkumu. Na práci s genomem a jeho analýzu nabízí bioinformatika různé výpočetní metody. Tato práce se věnuje bakteriálnímu genomu, jeho organizaci, základním vlastnostem a následně popisuje jeho anotaci. Zaměřuje se hlavně na funkční anotaci (popis biologické funkce predikovaných genů) na základě přiřazení takzvaných klastrů ortologních genů (COG) s využitím sekvenční homologie. Popisuje nejpoužívanější nástroje a databáze, které se využívají pro COG anotaci a poté několik z nich porovnává při anotaci sedmi bakteriálních genomů. Jejím hlavním cílem je navrhnout metodu, která vylepší COG anotaci a zjednoduší její výslednou vizualizaci.
|
|
|
Analysis of single-cell genomic data of Saccinobaculus sp.
Gajdošová, Petra ; Treitli, Sebastian Cristian (advisor) ; Kolísko, Martin (referee)
The progress of single-cell genomics and metagenomics techniques allows us to explore the uncultured organisms in greater depth. In this work, we focused on the genome assembly and genetic code of the oxymonad Sacinobaculus ambloaxostylus, which inhabits the hindgut of wood-eating cockroaches from the genus Cryptocercus. Using single cell picking and whole genome amplification we obtained sequencing data from three cells of S. ambloaxostylus. The obtained data was used to generate a single-cell genome assembly using SPAdes. The assembly was further binned and decontaminated to remove any potential bacterial or eukaryotic contaminants. After decontamination and re-assembly, we obtained a genome assembly with a total length of ∼417Mbp distributed to ∼185 thousand scaffolds. Despite its low completeness of 13.71%, we attempted to determine the genetic code used by S. ambloaxostylus. For this we manually modeled 33 genes from various metabolic pathways. Aligning these gene models with homologs from closely related oxymonads, we calculated the usage of stop codons as sense codons with focus on conserved positions. Our results suggest that the stop codons UAA and UAG act as sense codons and most probably they encode glutamine. Our 18S rRNA phylogeny was unable to answer the question if the ciliate...
|
|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Genomová sekvence je důležitým zdrojem informací v oblasti biologie, a proto je neustálým předmětem zájmu vědeckého výzkumu. Na práci s genomem a jeho analýzu nabízí bioinformatika různé výpočetní metody. Tato práce se věnuje bakteriálnímu genomu, jeho organizaci, základním vlastnostem a následně popisuje jeho anotaci. Zaměřuje se hlavně na funkční anotaci (popis biologické funkce predikovaných genů) na základě přiřazení takzvaných klastrů ortologních genů (COG) s využitím sekvenční homologie. Popisuje nejpoužívanější nástroje a databáze, které se využívají pro COG anotaci a poté několik z nich porovnává při anotaci sedmi bakteriálních genomů. Jejím hlavním cílem je navrhnout metodu, která vylepší COG anotaci a zjednoduší její výslednou vizualizaci.
|
|
|
Limitations of variant consequence predictors
Břicháčková, Kateřina ; Daněček, Petr (advisor) ; Kolář, Michal (referee)
Thanks to numerous large-scale sequencing projects, the number of discovered genomic variants is increasing. The key step in analyzing the variant data is the functional annotation, since it helps researchers and clinicians to categorize, filter and prioritize the variants for further research. This thesis discusses five commonly-used variant consequence predictors, offers advice on how to use them and briefly goes through the algorithms they employ. Moreover, various data formats as well as the human reference genome and different genome annotations are described in the thesis. The correctness of the reference is of great importance as all the predictors rely on it. This thesis highlights some situations in which the results given by different predictors can vary. All the tests were made using the Ensembl gene annotation (release 92) and the GRCh38 reference assembly.
|
guest ::
