|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.
|
|
|
Prediction methods of protein hot spots
Duras, Jan ; Provazník, Ivo (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
This master's thesis deals with prediction of hot spots in proteins. The theorethical part describes compositions of proteins interfaces and hot spots. There are mentioned basic principles of hot spots prediction. In the practical part is selected method, using the S-Transform, designed to pseudocode and then implmented to Matlab software. Created program is tested on a sample of data and compared with available methods.
|
|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.
|
|
|
Prediction methods of protein hot spots
Duras, Jan ; Provazník, Ivo (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
This master's thesis deals with prediction of hot spots in proteins. The theorethical part describes compositions of proteins interfaces and hot spots. There are mentioned basic principles of hot spots prediction. In the practical part is selected method, using the S-Transform, designed to pseudocode and then implmented to Matlab software. Created program is tested on a sample of data and compared with available methods.
|
guest ::
