|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.
|
|
|
Development and analysis of a database of reactions catalyzed by cytochrome P450 enzymes for machine learning applications
Komorníková, Natália ; Pluskal, Tomáš (advisor) ; Berka, Karel (referee)
Cytochrome P450 enzymes are hemoproteins showing extraordinary di- versity in the reactions they catalyze. We developed a database containing all the needed data to provide a comprehensive data source on reactions cat- alyzed by cytochrome P450 enzymes. This data mainly includes information about the substrates, products of characterized reactions, and the sequence of these enzymes. The database was developed by collecting data from reliable protein and reaction databases like UniProt and RHEA. The work presents an in-depth analysis of the created database of reactions catalyzed by cy- tochrome P450 enzymes. This database can be utilized for future machine learning approaches to predict the function of uncharacterized cytochrome P450s.
|
|
|
Structure- and sequence-based identification of functionally important amino acids in a protein family
Peclinovská, Iveta ; Novotný, Marian (advisor) ; Pleskot, Roman (referee)
A group of small GTPases consist of over twenty protein families in the super class P-loop. It has a very diverse cell functions. Small GTPases regulate the formation of vesicular follicles, cytoskeleton and nuclear transport. They participate also on cell proliferation and signaling. The aim of my work is to find important amino acids that define family and distinguish each other. I focus on families Arf, Rab, Ran, Ras and Rho. At the Rho family I am also devoted to classes Rho, Rac and Cdc42. Amino acids are identified using bioinformatic programs selected Consurf and Sca5. The objective is also to test P2RANK specialized tool developed at the Charles University in Prague that predict ligand binding sites from protein structure in different families. Founding amino acids can have a big role in the functional divergence of individual families and classes of small GTPases and can be the basis for future study example for the proliferation of cancerous cells. 1.1 Keywords Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.
|
guest ::
