|
|
Genomic prediction and genome-wide association studies of metabolic networks
Schwarzerová, Jana ; Weckwerth, Wolfram (referee) ; Ramberger,, Benjamin (advisor)
Současný výzkum rozhraní bioinformatiky a ekologického inženýrství nabízí potenciál díky kombinaci laboratorní analýzy a pokročilých bioinformatických algoritmů. Tato práce zkoumá kombinaci metabolické analýzu GC-MS pro identifikaci a kvantifikaci metabolitů při narušení životního prostředí s pokročilými bioinformatickými přístupy celo-genomových asociačních studií (GWAS). Analýza se provádí pomocí genomové predikce založené na dvou různých podmínkách růstu souvisejících s teplotou shromážděného souboru dat z 241 přirozených přístupů (genotypů) Arabidopsis thaliany. Současné výzvy, které vyplývají ze změny klimatu a globálního znečištění, podporují základní výzkum adaptace organismů v důsledku vlivů na životní prostředí. Výzkum v této oblasti může hrát klíčovou roli při řešení souvisejících problémů životního prostředí. Zejména rostlin sloužících jako primární producenti našich nejdůležitějších zdrojů, potravin, zdraví a energie, představují v tomto ohledu nejdůležitější výzkumné subjekty. Výsledky prezentované v této práci odhalují jednotlivé strategie adaptace na stres rostliny chladem v závislosti na jejím původním prostředí. Kromě toho asociace metabolitů s GWAS odhalila potenciální genomové oblasti podílející se na adaptaci rostliny na chladnou teplotu. Zatímco jednoduchá pozorování odhalují pouze změny fenotypů, změny v genotypech organismů lze zachytit pomocí metabolické technologie GWAS uvedené v této práci s dalším možným využitím v průmyslové ekologii a biotechnologii. Závěrečná část práce je rozšířena o použití inverzní stochastické Lyapunovovy maticové rovnice pro získané výsledky pomocí zkoumání regulace metabolismu během adaptace na chladnou teplotu.
|
|
|
Modelling of Cell Colony Dynamics
Bělehrádek, Stanislav ; Škutková, Helena (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
The content of the thesis is a description of intracellular processes responsible for cell cycle regulation and reactions of cells to external and internal stimuli. Thoroughly described are important signaling pathways with appropriate methods, which can be used to simulate them in silico. From these cellular processes, a cell cycle model is created and implemented in a tool programmed in C ++ with OpenGL used for visualization. The model is then tested for various cell processes including HeLa cells growth. Finally, the results are compared with the behavior of living cells.
|
|
|
Functional genomic and pharmacogenomic analysis of metabolic syndrome aspects
Krupková, Michaela ; Šeda, Ondřej (advisor) ; Haluzík, Martin (referee) ; Polák, Jan (referee)
Metabolic syndrome is a prevalent disease characterized by concurrent manifestation of insulin resistance, obesity, dyslipidemia, hypertension and other hemodynamic and metabolic disorders. It has multifactorial type of inheritance and its resultant phenotype is determined by both environmental and genetic factors as well as their interactions. That is the main reason why comprehensive analysis of the genetic component of this syndrome is complicated in human population. Genetically designed experimental animal models are significant tools for analysis of genetic architecture of human complex conditions including the metabolic syndrome. The aim of this Thesis is utilization of functional and comparative genomic tools to uncover pathogenesis of metabolic syndrome aspects and their genetic determinants. We also studied pharmacogenetic interactions of these genetic determinants with drugs affecting particular components of the metabolic syndrome. Establishing and utilizing several genetically designed congenic rat strains, we undertook four different research projects focusing on pharmacogenetic interaction of all-trans retinoic acid and ondansetron with differential segment of rat chromosome 8, pharmacogenetic interaction of differential segment of rat chromosome 4 and dexamethasone, determining Plzf...
|
|
|
Functional genomic and pharmacogenomic analysis of metabolic syndrome aspects
Krupková, Michaela ; Šeda, Ondřej (advisor) ; Haluzík, Martin (referee) ; Polák, Jan (referee)
Metabolic syndrome is a prevalent disease characterized by concurrent manifestation of insulin resistance, obesity, dyslipidemia, hypertension and other hemodynamic and metabolic disorders. It has multifactorial type of inheritance and its resultant phenotype is determined by both environmental and genetic factors as well as their interactions. That is the main reason why comprehensive analysis of the genetic component of this syndrome is complicated in human population. Genetically designed experimental animal models are significant tools for analysis of genetic architecture of human complex conditions including the metabolic syndrome. The aim of this Thesis is utilization of functional and comparative genomic tools to uncover pathogenesis of metabolic syndrome aspects and their genetic determinants. We also studied pharmacogenetic interactions of these genetic determinants with drugs affecting particular components of the metabolic syndrome. Establishing and utilizing several genetically designed congenic rat strains, we undertook four different research projects focusing on pharmacogenetic interaction of all-trans retinoic acid and ondansetron with differential segment of rat chromosome 8, pharmacogenetic interaction of differential segment of rat chromosome 4 and dexamethasone, determining Plzf...
|
|
|
Modelling of Cell Colony Dynamics
Bělehrádek, Stanislav ; Škutková, Helena (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
The content of the thesis is a description of intracellular processes responsible for cell cycle regulation and reactions of cells to external and internal stimuli. Thoroughly described are important signaling pathways with appropriate methods, which can be used to simulate them in silico. From these cellular processes, a cell cycle model is created and implemented in a tool programmed in C ++ with OpenGL used for visualization. The model is then tested for various cell processes including HeLa cells growth. Finally, the results are compared with the behavior of living cells.
|
guest ::
