| |
|
Vývoj meta-serveru pro předpověď vlivu mutací na funkci proteinu
Lisák, Peter ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat, konkrétně předpovědí vlivu mutací na funkci proteinů z jejich sekvence a terciární struktury. V teoretickém úvodu práce shrnuje základy genetiky a bioinformatiky. Ve výsledkové části se práce zaměřuje na predikční nástroje SIFT, MAPP a AUTO-MUTE. Navrhuje způsob jednotného rozhraní pro práci s těmito nástroji. Společné rozhraní umožňuje zadávat výpočty a sbírat výsledky různých nástrojů z jednoho místa. Ze získaných dat predikuje vlastní konsensuální výsledek s očekávanou vyšší přesností než jednotlivé nástroje. Závěr práce je věnovaný testování aplikace na skutečných datech a porovnání předpovědí s experimentálně získanými výsledky.
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
| |
|
Genetická variabilita koprofágních brouků na pastvinách.
VRBOVÁ, Kristýna
Cílem této práce byl výzkum genetické variability 8 populací koprofágních brouků za použití alozymových markerů. Následující populačně-genetické analýzy byly použity pro určení genetické struktury těchto populací: odhady heterozygotnosti, Wrightovy F-statistiky, odhady genového toku, Mantelův test, PCA, Neiho genetická vzdálenost, testování Hardy-Weinbergovy rovnováhy a vazebné nerovnováhy. Výsledky odhalily nízký tok genů, nedostatek heterozygotů a nerovnováhu uvnitř populací a mezi populacemi. Shlukovcí analýza ukázala, že populace z Tiché a Rychnova nad Malší-hřbitov jsou geneticky nejodlišnější od ostatních populací.
|
|
Morfologické typy vybraných údolí Vysokých Sudet
Košíková, Karin ; Křížek, Marek (vedoucí práce) ; Štěpančíková, Petra (oponent)
Údolí jako oblast, ve které je uložen záznam o dějích probíhajících v horní či dolní části území, je cenným zdrojem informací vhodných ke studiu, ze kterých je možno pochopit vývoj území a krajiny ležících i mimo údolí. Práce je nejprve zaměřena na utvoření klasifikace údolí dle geneze, kde byl popsán vývoj, vzhled a tvary vyskytující se v jednotlivých typech údolí a dále byly stanoveny charakteristiky, které lze především při studiu podélného profilu údolí sledovat. V prostředí GIS byly následně stanovené metriky studovány, konkrétně se jednalo o studium délek, šířek, sklonů a tvarů jednotlivých údolí Králického Sněžníku. Byla vytvořena korelační matice sledovaných metrik a dendrogram, pomocí kterého byly v zájmovém území vymezeny čtyři shluky údolí. Touto prací, kde byla použita komplexnější forma analýzy, je doložena dobrá použitelnost vybraných metrik, které je v budoucnu možné použít i v jiné zájmové oblasti. Klíčová slova: údolí, genetická typologie údolí, podélný profil, Králický Sněžník.
|
|
Forenzní šetření a hospodářská kriminalita
Švajnochová, Gabriela ; Müllerová, Libuše (vedoucí práce) ; Hótová, Renáta (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá forenzním šetřením a formami hospodářské kriminality, jež jsou při forenzním šetření odhalovány. První část práce se věnuje forenznímu šetření a jeho srovnání se statutárním auditem. Druhá část práce se zabývá analýzou výskytu forem hospodářské kriminality v České republice, střední a východní Evropě a celosvětově. V závěrečné kapitole jsou teoretické poznatky z předchozích částí práce přeneseny do praxe, a je zde popsáno forenzní šetření jednoho z nejznámějších projektů v České republice, projektu OpenCard.
|
|
Analýza vybraných genomových oblastí s dominantními supresory \kur{adgf-a} mutantního fenotypu u \kur{Drosophila melanogaster}
KADLECOVÁ, Jana
Adenosin je důležitou signální molekulou v mnoha fyziologických procesech u mnoha rozličných organismů. Aberantní regulace hladiny této molekuly vede k nejrůznějším patologickým efektům, jako je například těžká imunodeficience u člověka. V minulých letech byl vytvořen genetický model pro zkoumání účinků adenosinu na octomilce (Drosophila melanogaster) a pomocí tohoto modelu byl započat rozsáhlý genetický skríning na geny, modifikující odpověď na vysokou hladinu adenosinu. V této práci jsou prezentovány dílčí úkoly v rámci tohoto skríningu, které zahrnují detailnější analýzu vybraných oblastí, které byly identifikovány tímto skríningem jako oblasti obsahující dominantní supresory fenotypu spojeného se zvýšenou hladinou adenosinu. Prvním úkolem bylo vytvoření kratší, molekulárně definované delece v rámci původně objevené větší delece. Druhým úkolem bylo otestování supresorových účinku již existující kratší delece. Třetím úkolem bylo prověření úlohy potenciálního supresoru, což zahrnovalo ověření pozic P-elementů, které tento gen zasáhly a otestování účinků těchto inzercí. Posledním úkolem pak bylo zaklonování sekvence pro tvorbu próby, která by měla být využita pro charakterizaci exprese tohoto genu
|
|
Mezidruhová hybridizace u rákosníků rodu Acrocephalus
Majerová, Veronika ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Rákosníci rodu Acrocephalus prodělali během posledních několika milionů letadaptivní radiaci, která dala vzniknout třiceti jedna druhům obývajících předevšímEurasii, Afriku a Austrálii. Většina druhů je morfologicky velmi podobná, liší sevšak ekologickými nároky, migrační strategií a zpěvem. Mezi jednotlivými druhydochází v přírodě k hybridizaci a to nejen mezi sesterskými druhy, ale i mezifylogeneticky relativně vzdálenými. Hlavním cílem této studie bylo zjistit, jestlitato hybridizace vede ke genovému toku mezi druhy a jaké faktory míru genovéhotoku ovliňují. Za tímto účelem jsme provedli detailní populačně genetickou analýzuu tří evropských druhů rákosníků rodu Acrocephalus, podrodu Notiocichla:rákosníka obecného (A. scirpaceus), rákosníka zpěvného (A. palustris) a rákosníkapokřovního (A. dumetorum). Naše výsledky založené na analýze sekvenčních datz osmi jaderných lokusů ukazují, že ke genovému toku mezi studovanými druhydochází, ale vždy jen v jednom směru. Genový tok je vyšší mezi genetickypříbuznějšími druhy než mezi ekologicky podobnějšími druhy, kteří mají vícepříležitostí k hybridizaci. Odhadli jsem také, že rákosník obecný a rákosník zpěvnýdivergovali zhruba před 1,1 milionem let a rákosník pokřovní a předek rákosníkaobecného a rákosníka zpěvného zhruba před 2,5 miliony let. U dvou lokusů...
|
| |
host ::
