|
|
Bonding and non-bonding interaction potentials for simulations of coarse-grained protein models
Pavlíková, Markéta ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Bačová, Petra (oponent)
Skládáníproteinůje proces transformace aminokyselinového řetězce do unikátní 3D struktury. Struktura proteinu je dána jeho aminokyselinovou sekvencí. Porozuměníprocesu skládáníproteinůa proteinové dynamiky je klíčové, protože funkce proteinu je úzce spjata s jeho strukturou a dynamikou. Tyto procesy lze zkoumat pomocí molekulárních simulací. Zhrubené modely, které se používají v molekulárních simulacích, nabízejí výhodný kompromis mezi výpočetní efektiv- itou a přesností. Pro použití těchto modelů je nezbytný dobře nastavený force field neboli silové pole. Silové pole zahrnuje jak vazebné, tak nevazebné inter- akčnípotenciály, které jsou odvozeny z atomistických simulacínebo ze známých, experimentálně určených proteinových struktur. V rámci této bakalářské práce byly takové potenciály získány z více než 4500 struktur z databáze PDB. 1
|
|
|
Influence of aminoacid side-chain ionization on protein structure
Tomanová, Ema ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Muzdalo, Anja (oponent)
Protein folding je ovliňován různými typy interakcí. Krom hydrofobních sil a vodíkových vazeb při něm hrají důležitou roli také Coulombické síly. Jejich důležitost vyvstává hlavně v částečně rozvinutých stavech a regionů citlivých na změny v pH, tam může ionizace postranních řetězců aminokyselin způsobovat konformační změny. Lepší porozumění funkci ionizovatelných postranních řetězců v protein foldingu otevírá nové příležitosti v designu proteinů a modifikacích zlepšujících jejich vlastnosti.
|
|
|
Počítačové simulace struktury proteinů pomocí zhrubených modelů
Halda, Miloš ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Limpouchová, Zuzana (oponent)
Hlavní částí této bakalářské práce je funkční program pro simulace zhrubených modelů proteinů, vhodný pro testování funkcí potenciálu. Program využívá návrh stavu pomocí pivota a vyhodnocení nových stavů metodou Monte Carlo. Program také umožňuje využít metodu simulovaného žíhání s lineárním poklesem teploty a má zabudované základní nástroje pro vyhodnocení simulací (počítání průměrů a chyb blokovou metodou). Program byl otestován simulací několika reálných proteinů. Pro kratší proteiny (88 a méně aminokyselin) program fungoval podle očekávání, delší proteiny (111 a více aminokyselin) poukázaly na limity přístupu návrhu stavů pomocí pivota. Pro další vývoj bylo navrženo rozšíření možností návrhu nového stavu pro vylepšení simulací dlouhých řetězců. 1
|
host ::
RSS.