|
|
Defects of pre-mRNA splicing causing retitinis pigmentosa
Pakhomova, Yelyzaveta ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Vaňková Hausnerová, Viola (oponent)
Retinitis pigmentosa je genetická porucha postihující sítnici. Progrese onemocnění vede ke ztrátě zraku. Tato práce se zaměřuje na příčinu autozomálně dominantní retinitis pigmentosa. Konkrétněji, je nastíněna druhá největší zodpovědná skupina mutací. Výše uvedená skupina genových mutací je zodpovědná za tvorbu mutantních variant jejich odpovídajících sestřihových proteinů. Tyto proteiny a důsledky jejich mutací jsou v práci shrnuty a prezentovány. Pro každý mutovaný protein je uveden přehled dopadu mutace na sítnici. Dotyčné proteiny jsou: PRPF8, PRPF31, PRPF3, PRPF4, PRPF6, SNRNP200, DHX38 (výjimka, způsobující autozomálně recesivní retinitis pigmentosa), PAP-1, CWC27 (výjimka, způsobující autozomálně recesivní retinitis pigmentosa). Přehled literatury umožnil tezi dospět k závěru, že sestřihové proteiny s vysokou pravděpodobností hrají rozhodující roli ve zdraví sítnice. Kromě toho jsou stručně představeny některé další pozoruhodné poznatky. Například, zjištění týkající se nedostatku údajů o některých mutacích. Dalším příkladem takového zjištění je, že stále zůstává neznámé, proč tyto mutace způsobují takový tkáňově specifický fenotyp. Klíčová slova: sestřih, retinitis pigmentosa, snRNP, sítnice, autozomálně dominantní retinitis pigmentosa, sestřihové proteiny
|
|
|
Svařování speciálních optických vláken
Hlavatý, Václav ; Holík, Milan (oponent) ; Mikel, Břetislav (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je navrhnout svařovací procesy pro speciální optická vlákna. V textu jsou popsány postupy úprav základního svařovacího procesu pro tři vlnové délky PM vláken. Pro každý typ vlákna byl vytvořen specifický svařovací proces. Každý takto optimalizovaný svařovací proces byl otestován z hlediska reprodukovatelnosti.
|
|
|
Statické řešení podzemního podlaží bytového domu v Oslavenech
Šafránková, Vendula ; Švaříčková, Ivana (oponent) ; Zich, Miloš (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce je návrh a statické řešení podzemní garáže, která je součástí bytového domu. Tato nová zástavba se bude nacházet v Oslavenech. Podkladem pro práci byla výkresová dokumentace objektu se základními půdorysnými a výškovými rozměry. V rámci práce je vypracován statický výpočet a výkresová dokumentace. Statický výpočet je řešen kombinací ručního výpočtu a výpočtu pomocí softwarů. Pro analýzu vnitřních sil je použit program SCIA Engineer 22.0. Návrh smykové výztuže je proveden za pomoci programu Schöck Bole. Součástí statického výpočtu je návrh a posouzení lokálně podepřené stropní desky a sloupů s hlavicemi. Konstrukce je navržena dle platných norem ČSN EN.
|
|
|
Úloha cyklofilinů v sestřihu
Cit, Zdeněk ; Půta, František (vedoucí práce) ; Novotný, Ivan (oponent)
Sestřih je proces nezbytný pro správné fungování eukaryotických buněk. Jedná se o velice složitý a dynamický děj, na němž se podílí velké množství proteinů, které plní různorodé funkce buď přímo uvnitř sestřihového komplexu, nebo i mimo něj. Mezi proteiny, které v sestřihu plní důležitou úlohu, patří nepochybně i cyklofiliny. Ty pravděpodobně způsobují konformační změny ostatních komponentů sestřihového komplexu, nebo je udržují v požadovaných konformacích, čímž přispívají k dynamice spliceosomu. Tato práce poskytuje přehled cyklofilinů, u nichž byl potvrzen podíl na sestřihu pre-mRNA, a shrnuje návrhy možných funkcí, jež tyto proteiny mohou v sestřihu zastávat.
|
|
|
Structural characterisation of Prp45 and its interaction partners
Kulhánková, Lucie ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kostovčíková, Klára (oponent)
Prp45 je SNW protein, který je součástí spliceozomu, a tedy se účastní sestřihu pre-mRNA na mRNA. Ve spliceozomu se Prp45 přidává před sestřihovými reakcemi jako součást NTC komplexu. Prp45 má několik známých interakčních partnerů (například U2AF, Cyp2, Prp5, Prp22, Clf1 a Cwc3). Tyto proteiny mají ve spliceozomu mnoho funkcí od jeho stabilizování po regulaci sestřihových reakcí. Spliceozom se skládá z několika desítek proteinů a několika RNA a při vykonávání své funkce prochází masivními strukturními proměnami. O struktuře spliceozomu bylo až do nedávna známo velice málo, nicméně nedávné studie nám poskytují pohled do interakční sítě toho komplexu. V této práce jsme se soustředili na identifikaci jak dříve navržených tak nových interakčních partnerů Prp45. S využitím dostupných spliceozomálních struktur jsme se pokusily tyto proteiny popsat strukturně a funkčně. Klíčová slova: sestřih, Prp45, 3D struktura, spliceozom, vazební partneři
|
|
|
Působení SR-like proteinů při maturaci a vedení mRNA do cytoplazmy
Hájková, Karolína ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Mezi skupinu proteinů účastnících se sestřihu transkriptů u metazoí patří tzv. SR proteiny. Jedná se o RNA-vazebné proteiny, pro které je charakteristická přítomnost domény bohaté na serin a arginin. Kvasinka Saccharomyces cerevisiae kóduje geny pro proteiny, které jsou svým aminokyselinovým složením a strukturou podobné skupině SR proteinů a jsou proto označovány jako SR-like proteiny. Jedná se o tři proteiny s doménou RS: Npl3, Gbp2 a Hrb1. Ukazuje se, že tyto proteiny zastávají více funkcí, mezi něž kromě sestřihu patří i kontrola kvality sestřižených mRNA a jejich export z jádra do cytoplazmy. Tato bakalářská práce se bude zabývat právě těmito třemi kvasinkovými proteiny a jejich rolí v sestřihu, exportu a degradaci.
|
|
|
Extraribosomální funkce ribosomálních proteinů
Gredová, Alexandra ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Význam ribosomálních proteinů není relevantní pouze z hlediska umožnění proteosyntézy, jejich funkce se projevují i mimo kontext ribosomu ve smyslu extraribosomálních funkcí. Tato práce je zaměřena především na extraribosomální funkce proteinů vyšších eukaryot. Konkrétněji rozebírá tři ribosomální proteiny, L13a, L22 a S3, které ilustrují několik zajímavých aspektů extraribosomálních funkcí. Přehledně shrnuje mechanismy působení těchto proteinů a jejich projevy na různých úrovních genové exprese. Klíčová slova: extraribosomální funkce, L13a, L22, S3, p53, NF - κB, sestřih
|
|
|
Structural characterisation of Prp45 and its interaction partners
Kulhánková, Lucie ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kostovčíková, Klára (oponent)
Prp45 je SNW protein, který je součástí spliceozomu, a tedy se účastní sestřihu pre-mRNA na mRNA. Ve spliceozomu se Prp45 přidává před sestřihovými reakcemi jako součást NTC komplexu. Prp45 má několik známých interakčních partnerů (například U2AF, Cyp2, Prp5, Prp22, Clf1 a Cwc3). Tyto proteiny mají ve spliceozomu mnoho funkcí od jeho stabilizování po regulaci sestřihových reakcí. Spliceozom se skládá z několika desítek proteinů a několika RNA a při vykonávání své funkce prochází masivními strukturními proměnami. O struktuře spliceozomu bylo až do nedávna známo velice málo, nicméně nedávné studie nám poskytují pohled do interakční sítě toho komplexu. V této práce jsme se soustředili na identifikaci jak dříve navržených tak nových interakčních partnerů Prp45. S využitím dostupných spliceozomálních struktur jsme se pokusily tyto proteiny popsat strukturně a funkčně. Klíčová slova: sestřih, Prp45, 3D struktura, spliceozom, vazební partneři
|
|
| |
|
|
Vliv sekvencí intronů na efektivitu sestřihu v Saccharomyces cerevisiae.
Oplová, Michaela ; Půta, František (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Sestřih pre-mRNA je vysoce regulovaným buněčným procesem. Regulace tohoto procesu vyplývá ze současné souhry spliceosomu a dalších sestřihových faktorů, které dokážou interpretovat cis-elementy molekuly pre-mRNA. Krátké konzervované sestřihové sekvence intronu představují základní a nezbytné elementy pro vystřižení intronových sekvencí z primárního transkriptu, přesto ale nejsou dostatečnými prvky intronu pro efektivní proces sestřihu. Další vlastnosti molekuly pre-mRNA zasahují do složité regulace sestřihu. Ve své práci se zabývám vlivem sekvencí intronů z genů ACT1 a MAF1 na efektivitu sestřihu v buňkách s narušeným spliceosomem (prp45(1-169)). Výsledky ukazují regulační úlohu oblasti intronu genu ACT1 mezi místem větvení (BP) a 3' sestřihovým místem (3'ss), která udržuje efektivní sestřih v mutantních buňkách. Konkrétní element intronu genu ACT1 v oblasti BP-3'ss však nebyl identifikován. Ve své práci dále ukazuji, že alternativní BP sekvence nacházející se v intronu genu ACT1, která je lokalizována mimo oblast BP-3'ss, je dalším elementem, který moduluje efektivitu sestřihu u kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Práce se dále věnuje sestřihovým faktorům, které by mohly figurovat v mechanismu výběru 3'ss. Na umisťování 3'ss do aktivního centra spliceosomu se významně uplatňuje heterodimer proteinů...
|
host ::
RSS.