|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
|
Molekulární variabilita a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides (Bacillariophyceae)
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Bešta, Tomáš (oponent)
Použití molekulárních metod k přezkoumání taxonomicky problematických druhů rozsivek upozornilo na nedostatečnost morfologického druhového konceptu. Vymezení druhů pouze na základě křemičité schránky často vedlo k příliš širokému pojetí druhů a nutně i k chybným závěrům ohledně jejich ekologie a biogeografie. To, že bylo mnoho druhů rozsivek v minulosti považováno za kosmopolitní generalisty, vedlo k vytvoření teorie, že jejich šíření není limitováno geografickou vzdáleností. Zejména v poslední době však roste počet studií, které ukazují, že šíření rozsivek podléhá podobným pravidlům jako šíření makroorganizmů. Předkládaná diplomová práce se věnuje problematice diverzity a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides sensu lato v Evropě a na Novém Zélandě. Výsledky práce ukázali, že: (1) objevená molekulární variabilita v tomto komplexu nese jasný ekologický a biogeografický signál, ale nekoreluje s morfologií. Toto zjištění je dalším důkazem, že je nezbytně nutné přehodnotit tradiční druhový koncept. (2) Značně nevyrovnaný poměr celkové diverzity druhů rodu Frustulia nalezených na ekologicky podobných lokalitách v Evropě a na Novém Zélandě potvrzuje, že i šíření rozsivek je omezené a že je tedy nutné se zabývat i jejich biogeografií.
|
|
|
Species concept in the genus Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta): a combination of molecular and morphological approaches
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Hodač, Ladislav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na problematiku druhového konceptu zelené aerofytické řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Tento rod byl intenzivně studován již od 18. století. Po více než 200 let byly druhy rodu Trentepohlia tradičně určovány na základě morfologických znaků. Nedávné molekulární studie však ukázaly, že toto tradiční pojetí má řadu nedostatků. Mým cílem proto bylo detailně morfologicky prostudovat druhy rodu Trentepohlia v Evropě a pomocí následné sekvenace rbcL genu zhodnotit jejich fylogenetickou pozici. Během let 2013-2015 jsem detailně prostudovala nejstarší zmínky o druzích rodu Trentepohlia a sestavila určovací klíč pro evropské druhy. Na základě tohoto výzkumu jsem došla k závěru, že by bylo vhodné synonymizovat druh T. odorata s T. jolithus, a též T. uncinata s T. arborum. Též jsem provedla odběry vzorků druhů rodu Trentepohlia v rámci Evropy a jejich morfologii jsem pečlivě prostudovala a popsala. V rámci molekulárních analýz jsem využila klonování a odhalila častou přítomnost směsi jednotlivých druhů rodu Trentepohlia v jinak na první pohled homogenních nárostech. Fylogenetické analýzy založené na rbcL potvrdily rozpory mezi molekulárně a morfologicky určenými druhy a existenci kryptických druhů. Bude vhodné provést revizi na druhové i rodové úrovni a uspořádat tak...
|
|
|
Species concept in the genus Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta): a combination of molecular and morphological approaches
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Hodač, Ladislav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na problematiku druhového konceptu zelené aerofytické řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Tento rod byl intenzivně studován již od 18. století. Po více než 200 let byly druhy rodu Trentepohlia tradičně určovány na základě morfologických znaků. Nedávné molekulární studie však ukázaly, že toto tradiční pojetí má řadu nedostatků. Mým cílem proto bylo detailně morfologicky prostudovat druhy rodu Trentepohlia v Evropě a pomocí následné sekvenace rbcL genu zhodnotit jejich fylogenetickou pozici. Během let 2013-2015 jsem detailně prostudovala nejstarší zmínky o druzích rodu Trentepohlia a sestavila určovací klíč pro evropské druhy. Na základě tohoto výzkumu jsem došla k závěru, že by bylo vhodné synonymizovat druh T. odorata s T. jolithus, a též T. uncinata s T. arborum. Též jsem provedla odběry vzorků druhů rodu Trentepohlia v rámci Evropy a jejich morfologii jsem pečlivě prostudovala a popsala. V rámci molekulárních analýz jsem využila klonování a odhalila častou přítomnost směsi jednotlivých druhů rodu Trentepohlia v jinak na první pohled homogenních nárostech. Fylogenetické analýzy založené na rbcL potvrdily rozpory mezi molekulárně a morfologicky určenými druhy a existenci kryptických druhů. Bude vhodné provést revizi na druhové i rodové úrovni a uspořádat tak...
|
|
|
Molekulární diverzita a druhový koncept aerofytické zelené řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta)
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Štifterová, Anna (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o zelených aerofytických řasách rodu Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Nejprve se v ní zabývám obecným popisem čeledi Trentepohliaceae a rodu Trentepohlia, zejména morfologií, ultrastrukturou a rozmnožováním. Dále shrnuji poznatky z dostupné literatury o druzích rodu Trentepohlia, které rostou v České republice. Zabývám se též problematikou symbiotických vztahů těchto řas s různými organismy, i zvláštnostmi jejich růstu, které jsou spojené nejen s ekologickými důsledky. Nakonec v rešerši uvádím problematiku určování druhů pomocí tradičních morfologických metod a metod molekulárních. Z rešerše plyne, že rod Trentepohlia jsou zelené chlorofytní řasy v řadě aspektů zvláštní - zejména co do přítomnosti různých struktur v buňce (jako plasmodesmy, MLS, karotenoidy, atd.). Také se naskytl problém určování jednotlivých druhů. Druhy byly bezmála dvě stě let určovány podle morfologických znaků. Nicméně molekulární metody jsou s těmito tradičními metodami často v rozporu. Bude proto nutná reorganizace již na úrovni rodů. Klíčové je nalezení fylogeneticky relevantních morfologických určovacích znaků.
|
|
|
Molekulární metody v taxonomii a epidemiologii dermatofyt
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hamal, Petr (oponent)
V bakalářské práci jsem se zabývala úlohou a aplikací molekulárních metod v taxonomii a epidemiologii dermatofyt a otázkou jejich druhového konceptu. V první části jsem se věnovala zhodnocení výhod a nevýhod současných druhových konceptů a jejich problematickou aplikací u skupiny dermatofyt. V druhé části jsem se zaměřila na molekulární metody používající genetické markery ke studiu fylogenetických vztahů a diskriminaci dermatofyt, např. metodu PCR-RFLP, PCR-fingerprintové metody a sekvenaci, kde jsem se věnovala především cílovým genům a jejich rozlišovací schopnosti. V poslední části práce jsem zmapovala molekulární metody užívané k typizaci izolátů na nižší než druhové úrovni, mezi které patří např. analýza mikrosatelitů, PCR-fingerprintové metody, multilokusová sekvenční typizace a jejich konkrétní případy využití v epidemiologii.
|
|
|
Pojetí druhu u medvědovitých (Ursidae): praktická, historická a teoretická perspektiva
Wagner, Jan ; Fejfar, Oldřich (vedoucí práce) ; Sabol, Martin (oponent) ; Musil, Rudolf (oponent)
Předkládaná disertace se zabývá taxonomickou diverzitou a fylogenezí medvědovitých (Mammalia, Ursidae) a otázkami vlivu měnících se teoretických a metodických konceptů v taxonomii na její praktické uskutečňování a naopak. Tato otázka je řešena z různých pohledů. Podávám kritický přehled názorů na druhovou a infraspecifickou klasifikaci u medvědovitých od r 1758 po současnost a zabývám se vzájemným ovlivňováním této klasifikace a teoretického konceptu druhu platného v daném období. Praktická část je prezentována studiemi taxonomického a fyletického postavení vybraných druhů medvědů od pliocénu po střední pleistocén, založených na studiu fosilního dentálního materiálu. Výsledkem těchto studií je, vedle revize některých tradičních taxonomických konceptů, také model popisující druhovou diverzifikaci u ursinních medvědů. V předevolučním období byly druhy medvědů chápány jako přirozené neměnné taxony. Byly chápany většinou poměrně široce a jejich vnitrodruhová variabilita byla popisována pomocí variet (ty většinou nelze jednoznačně identifikovat s poddruhy či infrasubspecifickými taxony tak, jak je chápeme dnes), které však byly považovány za kvalitativně odlišné od druhu. V post-Darwinovském období se koncept druhu příliš nemění (přinejmenším v synchronním pohledu). Významnou změnu však prodělal koncept...
|
|
| |
|
|
Molekulární variabilita a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides (Bacillariophyceae)
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Bešta, Tomáš (oponent)
Použití molekulárních metod k přezkoumání taxonomicky problematických druhů rozsivek upozornilo na nedostatečnost morfologického druhového konceptu. Vymezení druhů pouze na základě křemičité schránky často vedlo k příliš širokému pojetí druhů a nutně i k chybným závěrům ohledně jejich ekologie a biogeografie. To, že bylo mnoho druhů rozsivek v minulosti považováno za kosmopolitní generalisty, vedlo k vytvoření teorie, že jejich šíření není limitováno geografickou vzdáleností. Zejména v poslední době však roste počet studií, které ukazují, že šíření rozsivek podléhá podobným pravidlům jako šíření makroorganizmů. Předkládaná diplomová práce se věnuje problematice diverzity a rozšíření druhového komplexu Frustulia rhomboides sensu lato v Evropě a na Novém Zélandě. Výsledky práce ukázali, že: (1) objevená molekulární variabilita v tomto komplexu nese jasný ekologický a biogeografický signál, ale nekoreluje s morfologií. Toto zjištění je dalším důkazem, že je nezbytně nutné přehodnotit tradiční druhový koncept. (2) Značně nevyrovnaný poměr celkové diverzity druhů rodu Frustulia nalezených na ekologicky podobných lokalitách v Evropě a na Novém Zélandě potvrzuje, že i šíření rozsivek je omezené a že je tedy nutné se zabývat i jejich biogeografií.
|
|
|
Molecular phylogeny and taxonomic revision of chaetophoralean algae (Chlorophyta)
CAISOVÁ, Lenka
Since the human inclination to estimate and trace natural diversity, usable species definitions as well as taxonomical systems are required. As a consequence, the first proposed classification schemes assigned the filamentous and parenchymatous taxa to the green algal order Chaetophorales sensu Wille. The introduction of ultrastructural and molecular methods provided novel insight into algal evolution and generated taxonomic revisions based on phylogenetic inference. However, until now, the number of molecular phylogenetic studies focusing on the Chaetophorales s.s. is surprisingly low. To enhance knowledge about phylogenetic relationships among taxa within the order, the nuclear?encoded SSU rDNA sequences from 30 strains covering all three chaetophoralean families have been investigated. All revealed monophyletic groupings were further screened for molecular non-homoplasious synapomorphies within the Viridiplantae. To address the question of the correspondence between morphological characters traditionally used for taxonomical delimitation of the Chaetophorales and the tree topology favored by molecular data, the list of morphological/ ultrastructural/ecological characters was elaborated and further analyzed. In addition, to obtain a close-up view into the evolution of Compensatory Base Changes (CBCs) of the second internal transcribed spacer (ITS2) which is currently often used to delimit putative biological species, 86 newly obtained/published sequences of ITS2 for five families of the order Ulvales were analyzed. Furthermore, a detailed comparative study of all ITS2 substitutions has been done. Subsequently all revealed CBCs and hemi- CBCs have been mapped upon the ITS2 phylogenetic tree topology. Finally, CBCs/hCBCs taxonomic inference in the Ulvales has been discussed.
|
host ::
RSS.