|
|
Optimalizace a aplikace nelineárního spektrálního unmixingu v průtokové cytometrii
Nemec, Matěj ; Musil, Jan (vedoucí práce) ; Stuchlý, Jan (oponent)
Pokroky v oblasti prtokové cytometrie umoují její vyuití pro high-througput zpracování single-cell vzork a mení relativn velkého mnoství odliných marker. Pro efektivní vyuití této technologie je ale nezbytné unmixovat zmená bunná spektra a tím se zptn dobrat interpretovatelných výsledk. K eení unmixo- vacího problému se v souasnosti typicky vyuívají lineární dekonvoluní algo- ritmy, jak napíklad metoda nejmeních tverc, které ale mají problémy s opti- málním zpracováním variabilních zdroj umu pi mení vzorku. Cílem této práce je porovnat novou nelinearní unmixovací metodu nougad, která vyuíva algo- ritmus graidentního sestupu. Pro objektivní porovnání metod jsme vytvoili model, který generuje realistická data se známou 'pravdou', naimplemento- vali paralelizovanou verzi algoritmu nougad a Bayesovsky zoptimalizovali pís- luné hyperparametry. Algoritmy jsme porovnali prostednitvím nkolik rzných metrik. Ze srovnání jasn vyplívá, e nougad typicky podává lepí výsledky ne testované lineární algoritmy. Nougad se tedy zdá být lepí volbou pro praktické vyuití a zárove slibným kandidátem pro dalí optimalizaci a vývoj. 1
|
|
|
Characterization of biological and functional features of a new type of CD27- memory B lymphocytes.
Bajzíková, Martina ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Šinkora, Marek (oponent)
V periferní krvi pacientů s běžným variabilním imunodeficitem (CVID) v porovnání se zdravými dárci byly pozorovány zvýšené frekvence dvou nových B buněčných populací definovaných jako IgM+ CD19+ CD27- CD21low CD38low CD24+ a IgM+ CD19+ CD27- CD21low CD38low CD24- . Cílem studie bylo nalezení takových B buněk u pacientů s revmatoidní artritidou (RA), jejich následná charakterizace a vzájemné porovnání. Produkce imunoglobulinové mRNA u jednotlivých B lymfocytů byla analyzována pomocí průtokové cytometrie s následným tříděním jednotlivých buněk, RT-PCR na úrovni jedné buňky, IgVH-specifické PCR amplifikace, cyklického sekvenování a statistické analýzy. Zaměřili jsme se na analýzu variabilních oblastí těžkého řetězce imunoglobulinů a zjistili jsme významné rozdíly v zastoupení VH, DH a JH genových segmentů, mutační frekvenci, distribuci tichých a záměnných mutací, délce a složení CDR3 oblastí, klonální příbuznosti a expresi RAG genů mezi výše zmíněnými B buněčnými populacemi. Analyzované populace byly považovány za naivní a to zejména z důvodu absence povrchové CD27 molekuly považované za marker B lymfocytů, které prošly antigenně řízenou germinální reakcí. Nicméně rozložení a typ mutací naznačují, že tyto buňky představují nový typ paměťových/antigenně zkušených B lymfocytů (u CVID méně diferencovaných)...
|
|
|
Characterization of biological and functional features of a new type of CD27- memory B lymphocytes.
Bajzíková, Martina ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Šinkora, Marek (oponent)
V periferní krvi pacientů s běžným variabilním imunodeficitem (CVID) v porovnání se zdravými dárci byly pozorovány zvýšené frekvence dvou nových B buněčných populací definovaných jako IgM+ CD19+ CD27- CD21low CD38low CD24+ a IgM+ CD19+ CD27- CD21low CD38low CD24- . Cílem studie bylo nalezení takových B buněk u pacientů s revmatoidní artritidou (RA), jejich následná charakterizace a vzájemné porovnání. Produkce imunoglobulinové mRNA u jednotlivých B lymfocytů byla analyzována pomocí průtokové cytometrie s následným tříděním jednotlivých buněk, RT-PCR na úrovni jedné buňky, IgVH-specifické PCR amplifikace, cyklického sekvenování a statistické analýzy. Zaměřili jsme se na analýzu variabilních oblastí těžkého řetězce imunoglobulinů a zjistili jsme významné rozdíly v zastoupení VH, DH a JH genových segmentů, mutační frekvenci, distribuci tichých a záměnných mutací, délce a složení CDR3 oblastí, klonální příbuznosti a expresi RAG genů mezi výše zmíněnými B buněčnými populacemi. Analyzované populace byly považovány za naivní a to zejména z důvodu absence povrchové CD27 molekuly považované za marker B lymfocytů, které prošly antigenně řízenou germinální reakcí. Nicméně rozložení a typ mutací naznačují, že tyto buňky představují nový typ paměťových/antigenně zkušených B lymfocytů (u CVID méně diferencovaných)...
|
|
| |
host ::
RSS.