|
|
Interaction of Metal Cations in Bioorganic Environment. Computational Study Using Quantum Mechanics and Molecular MechanicsTools.
Futera, Zdeněk ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Bouř, Petr (oponent) ; Clark, Tim (oponent)
Interakce kovových iontů v bioorganickém prostředí kvantově-chemická a molekulově-mechanická výpočetní studie Zdeněk Futera Biologicky významné interakce piano-stool Ru(II) komplexů s DNA jsou v této práci studovány QM/MM výpočetní metodou. Reakční mechanismus je rozdělen do tří částí - hydratace [RuII (η6 -benzene)(en)Cl]+ komplexu, následné navázání na DNA a vytvoření můstku mezi dvěma guaniny na stejném vlákně. Profily volné energie všech studovaných reakcí jsou spočteny metodou umbrella sampling z QM/MM MD simulací během nichž byl Ru(II) komplex popsán na úrovni DFT. Pro tento účel byl vytvořen QM/MM soft- ware, který umožňuje provázat programy Gaussian a Amber. Spočtené en- ergetické bariéry hydratační reakce a procesu navázání Ru(II) komplexu na DNA jsou v souladu s experimentálně změřenými rychlostními konstantami těchto reakcí. Vytvoření můstků bylo předpovězeno jako uskutečnitelné z termodynamického i kinetického hlediska.
|
|
|
Příprava rutheniových komplexů obsahujících deriváty ibuprofenu
Ráliš, Václav ; Štěpnička, Petr (vedoucí práce) ; Schulz, Jiří (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra anorganické chemie Autor: Václav Ráliš Vedoucí práce: prof. RNDr. Petr Štěpnička, Ph.D., DSc. Konzultant: Mgr. Jiří Pinkas, Ph.D Název bakalářské práce: Příprava rutheniových komplexů obsahujících deriváty ibuprofenu Cp* arenové komplexy ruthenia s obecným vzorcem [(η6 -aren)RuCp*]X (kde Cp* je pentamethylcyklopentadienyl a X je anion ve vnější koordinační sféře) se v poslední době staly předmětem vývoje nových protinádorových léčiv. Cílem této práce byla příprava dvou komplexů, které ve své struktuře zahrnují ibuprofen (ve formě racemické směsi). Byly zvoleny dva syntetické postupy k navázání ibuprofenu, jednak přímo η6 -vazbou a dále esterovou vazbou na komplex [(η6 -BnOH)RuCp*]Cl (3), kde Bn znamená benzyl. Byl připraven komplex [(η6 -ibuprofen)RuCp*]PF6 (1HPF6). U zwitteriontové formy tohoto komplexu [(η6 -ibuprofen-)RuCp*] (1) byla zaznamenána nečekaná dekarboxylace za vzniku komplexu [(η6 -1-ethyl-4-isobutylbenzen)RuCp*]HCO3 (2), která dle našich nejlepších znalostí, nebyla pro tento typ látek zatím popsána. Komplex [(η6 -BnOibuprofen)RuCp*]Cl (4) byl připraven reakcí acylchloridu ibuprofenu s komplexem 3. Připravené látky byly charakterizovány 1 H, 13 C{1 H} NMR, IR spektroskopií, ESI-MS+ a body tání. Molekulová struktura látky 3∙H2O byla...
|
|
|
Interaction of Metal Cations in Bioorganic Environment. Computational Study Using Quantum Mechanics and Molecular MechanicsTools.
Futera, Zdeněk ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Bouř, Petr (oponent) ; Clark, Tim (oponent)
Interakce kovových iontů v bioorganickém prostředí kvantově-chemická a molekulově-mechanická výpočetní studie Zdeněk Futera Biologicky významné interakce piano-stool Ru(II) komplexů s DNA jsou v této práci studovány QM/MM výpočetní metodou. Reakční mechanismus je rozdělen do tří částí - hydratace [RuII (η6 -benzene)(en)Cl]+ komplexu, následné navázání na DNA a vytvoření můstku mezi dvěma guaniny na stejném vlákně. Profily volné energie všech studovaných reakcí jsou spočteny metodou umbrella sampling z QM/MM MD simulací během nichž byl Ru(II) komplex popsán na úrovni DFT. Pro tento účel byl vytvořen QM/MM soft- ware, který umožňuje provázat programy Gaussian a Amber. Spočtené en- ergetické bariéry hydratační reakce a procesu navázání Ru(II) komplexu na DNA jsou v souladu s experimentálně změřenými rychlostními konstantami těchto reakcí. Vytvoření můstků bylo předpovězeno jako uskutečnitelné z termodynamického i kinetického hlediska.
|
host ::
RSS.