|
|
Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS)
PODRÁBSKÁ, Kateřina
Sekvenování nové generace je moderní metoda aplikovaná v rostlinné virologii k citlivé detekci již charakterizovaných a nových patogenů bez jejich jakékoliv předešlé znalosti.V této studii byly detekovány tři nové a dva již popsané viry de-novo skládáním single- end čtení z NGS Illumina (Hi-Seq 2500 systém) z celkové poly(A) obohacené RNA nemocného jetele lučního (Trifolium pratense) a indikátorové rostliny tabáku (Nicotiana occidentalis 37B).Kompletní sekvence genomu nového viru Red clover carlavirus A byla určena ze čtení z NGS Illumina,5´,3´RACE, klonováním, RT-PCR a sangerovo sekvenováním.Přítomnost viru Red clover carlavirus A byla také potvrzena v mechanicky inokulovaném tabáku.
|
|
|
Optimalizovaná biologická metoda pro zjištění vnímavosti odrůd jetele lučního k infekci virem mozaiky jetele bílého (White clover mosaic virus, WClMV) a virem strakatosti jetele lučního (Red clover mottle virus, RCMV) v klimatických podmínkách České republiky
Jakešová, H. ; Fránová, Jana
Jetel luční je nezastupitelnou pícninou v osevním postupu na orné půdě, v dočasných i trvalých jetelotravních porostech. Vytrvalost jetelů je negativně ovlivněna škůdci a chorobami, které napadají kořenové i nadzemní části rostlin. V průběhu studia výskytu virových onemocnění (2007-2011) byly v porostech jetelovin na území České republiky nejčastěji detekovány virus mozaiky jetele bílého (White clover mosaic virus, WClMV, rod Potexvirus, čeleď Alphaflexiviridae) a virus strakatosti jetele lučního (Red clover mottle virus, RCMV, rod Comovirus, čeleď Secoviridae). RCMV výrazně snižoval výnosy i vytrvalost porostu jetele lučního. Vzhledem k tomu, že doposud neexistuje žádná přímá ochrana proti těmto virům, jako perspektivní se jeví zejména šlechtění rostlin se zvýšenou odolností k WClMV i RCMV. Oba viry jsou mechanicky přenosné.
|
|
|
Identifikace vláknitého viru infikující jetel luční (\kur{Trifolium pratense})
BEČKOVÁ, Martina
Vzorky jetele lučního, vyznačující se zakrslostí rostliny, byly prozkoumány pomocí transmisní elektronové mikroskopie. Nejčastěji se ve vzorcích vyskytovaly vláknité částice dlouhé 300 až 800 nm. Byla izolována nukleová kyselina, přepsána a amplifikována pomocí PCR s potexvirovými a potyvirovými specifickými primery 353G1, 353G2 (Petrzik, K., nepublikované údaje), P9502, P0502 (Revers et al., 1999) a Poty2/P4 (Gibbs and Mackenzie, 1997). Úspěšná amplifikace s potexvirovými specifickými primery, sekvenace a porovnání se sekvencemi v databázi GenBank odhalilo virus mozaiky jetele plazivého (WClMV, White clover mosaic virus). Amplifikací byl získán gen obalového proteinu toho viru a porovnán s kompletní sekvencí WClMV z GenBank. Virus byl identifikován jako kmen O.
|
host ::
RSS.