|
|
Diverzita a druhový koncept u komplexu Vischeria/Eustigmatos (Eustigmatophyceae)
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Vischeria a Eustigmatos jsou blízce příbuzné rody vyskytující se v terestrických habitatech. Tyto rody byly rozlišeny na základě rozdílů ve struktuře buněčného povrchu (výrůstky a hrany různého tvaru, resp. hladký povrch). Doposud byly popsány tři druhy rodu Eustigmatos. V rámci rodu Vischeria bylo popsáno dvanáct druhů, z nichž devět však bylo od doby svého popisu pozorováno vzácně nebo dokonce vůbec. Tato práce je zaměřena na zhodnocení molekulární variability, diverzity a taxonomie komplexu Vischeria/Eustigmatos. Za tímto účelem bylo studováno devadesát sedm kmenů zahrnujících jak kmeny pocházející z veřejných řasových sbírek, tak kmeny nově izolované z lokalit z celého světa. Sbírkové kmeny zahrnovaly typové kultury dvou druhů rodu Eustigmatos a tří druhů rodu Vischeria. Fylogenetické analýzy ITS2 rDNA a rbcL sekvencí ukázaly, že rody Vischeria a Eustigmatos nejsou fylogeneticky separované. Každý z pěti typových kmenů představuje samostatou vývojovou linii. Některé z dalších nalezených linií svou morfologií odpovídají popisu Eustigmatos magnus. Některé z nově izolovaných kmenů jsou na základě zkoumaných genetických markerů nerozlišitelné od sbírkových kmenů, některé z nich naopak představují nové linie. Jen jedna z fylogenetických linií, ztotožnitelná s druhem Vischeria stellata, vykazuje dobře...
|
|
|
Biogeografie, diverzita a substrátová specificita aeroterestické zelené řasy rodu Klebsormidium (Streptophyta)
Ryšánek, David ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Mareš, Jan (oponent)
Vláknitá aeroterestrická řasa rodu Klebsormidium se nachází v širokém spektru prostředí, tj. od sladkovodního po terestrické. V poslední době používání molekulárních metod u tohoto rodu vedlo k zjištění, že diverzita je daleko větší, než se na základě morfologie předpokládalo a že druhový koncept založený na tradiční morfologii je nedostatečný. Proto jsem se pokusil jednotlivé fylogenetické linie vymezit, jak na základě biogeografického rozšíření, tak na základě ekologických preferencí. Dalším cílem mé práce bylo zjistit, zda i u aeroterestriké řasy platí ubikvitní teorie, protože doposud nebyla provedena žádná studie aerofytické řasy, která by se věnovala problematice biogeografického rozšíření protist. To jsem studoval na základě chloroplastového molekulární markeru rbcL. Na základě získaných dat jsem zjistil, že geografické vymezení u linií rodu Klebsormidium se ukazuje být nepoužitelné z důvodu kosmopolitního výskytu nalezených genotypů. Ale na získaných datech ze substrátové specificity se ukazuje, že v rámci rodu Klebsormidium určité ekologické preference existují a jejich použití k vymezení druhů se jeví vhodné.
|
|
|
Molekulární fylogeneze a genetická diverzita krytosemenných rostlin
Sobotková, Julie
Práce se zabývá molekulární analýzou jaderné oblasti ITS a chloroplastových oblastí matK a rbcL studované skupiny rostlin. Do experimentu byli zahrnuti zástupci čeledi Microteacae. Tato čeleď byla stanovena samostatnou v roce 2016 a náleží do řádu Caryophyllales. Z herbářových položek byla izolována DNA a následně byly pomocí PCR amplifikovány sledované oblasti. Automatickým sekvenováním byly získány výsledné sekvence, které byly poté editovány a statisticky vyhodnoceny. Ze získaných hodnot byla stanovena nejvariabilnější oblast ITS. Posledním krokem byla konstrukce fylogenetických stromů s využitím sekvencí všech oblastí. Bylo zjištěno, že rod Microtea je monofyletický a tvoří ho dvě vývojové linie (klady).
|
|
|
Biogeografie, diverzita a substrátová specificita aeroterestické zelené řasy rodu Klebsormidium (Streptophyta)
Ryšánek, David ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Mareš, Jan (oponent)
Vláknitá aeroterestrická řasa rodu Klebsormidium se nachází v širokém spektru prostředí, tj. od sladkovodního po terestrické. V poslední době používání molekulárních metod u tohoto rodu vedlo k zjištění, že diverzita je daleko větší, než se na základě morfologie předpokládalo a že druhový koncept založený na tradiční morfologii je nedostatečný. Proto jsem se pokusil jednotlivé fylogenetické linie vymezit, jak na základě biogeografického rozšíření, tak na základě ekologických preferencí. Dalším cílem mé práce bylo zjistit, zda i u aeroterestriké řasy platí ubikvitní teorie, protože doposud nebyla provedena žádná studie aerofytické řasy, která by se věnovala problematice biogeografického rozšíření protist. To jsem studoval na základě chloroplastového molekulární markeru rbcL. Na základě získaných dat jsem zjistil, že geografické vymezení u linií rodu Klebsormidium se ukazuje být nepoužitelné z důvodu kosmopolitního výskytu nalezených genotypů. Ale na získaných datech ze substrátové specificity se ukazuje, že v rámci rodu Klebsormidium určité ekologické preference existují a jejich použití k vymezení druhů se jeví vhodné.
|
|
|
Diverzita a druhový koncept u komplexu Vischeria/Eustigmatos (Eustigmatophyceae)
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Vischeria a Eustigmatos jsou blízce příbuzné rody vyskytující se v terestrických habitatech. Tyto rody byly rozlišeny na základě rozdílů ve struktuře buněčného povrchu (výrůstky a hrany různého tvaru, resp. hladký povrch). Doposud byly popsány tři druhy rodu Eustigmatos. V rámci rodu Vischeria bylo popsáno dvanáct druhů, z nichž devět však bylo od doby svého popisu pozorováno vzácně nebo dokonce vůbec. Tato práce je zaměřena na zhodnocení molekulární variability, diverzity a taxonomie komplexu Vischeria/Eustigmatos. Za tímto účelem bylo studováno devadesát sedm kmenů zahrnujících jak kmeny pocházející z veřejných řasových sbírek, tak kmeny nově izolované z lokalit z celého světa. Sbírkové kmeny zahrnovaly typové kultury dvou druhů rodu Eustigmatos a tří druhů rodu Vischeria. Fylogenetické analýzy ITS2 rDNA a rbcL sekvencí ukázaly, že rody Vischeria a Eustigmatos nejsou fylogeneticky separované. Každý z pěti typových kmenů představuje samostatou vývojovou linii. Některé z dalších nalezených linií svou morfologií odpovídají popisu Eustigmatos magnus. Některé z nově izolovaných kmenů jsou na základě zkoumaných genetických markerů nerozlišitelné od sbírkových kmenů, některé z nich naopak představují nové linie. Jen jedna z fylogenetických linií, ztotožnitelná s druhem Vischeria stellata, vykazuje dobře...
|
|
|
Využití molekulárních markerů pro studium genetické diverzity u vybraných zástupců Dracaena
Ostrá, Zuzana
Pomocí molekulárních markerů lze relativně snadno detekovat variabilitu v genetické informaci, kterou sledovaní jedinci nesou ve své DNA. V této práci byly v rámci rodu Dracaena studovány relativně více příbuzné druhy. Pro studium genetické diverzity u rostlin byly použity převážně nekódující oblasti cpDNA, spacer trnH -- psbA, regiony trnL -- trnF a trnS -- trnG -- trnG, které jsou variabilnější než oblasti kódující. Dále zde byly použity markery pro kódující oblasti matK a rbcL. Do rodu Dracaena patří xerofytické druhy, které se vyznačují svým typickým tvarem koruny stromu. V diplomové práci bylo použito 14 zástupců druhů rostoucích v tropických oblastech afrického kontinentu a přilehlých ostrovech a jihovýchodní části Arabského poloostrova. Jsou zajímavé tím, že to jsou jednoděložné stromy s netypickou vlastností druhotného tloustnutí kmene. Kmen je masivní a pevný a je možné jej potenciálně dřevařsky využít. Stromy jsou také velmi významné kvůli jejich červené pryskyřičné míze, která vytéká z poškozeného kmene. Pryskyřice je velmi cennou surovinou, která našla své uplatnění v mnoha oblastech (farmacii, tradičním lékařství, barvivech apod.) Stanovení genetické příbuznosti bylo provedeno metodou PCR, na základě amplifikace templátové cpDNA jednotlivých vzorků dračinců s primery pro studované oblasti. Po následném sekvenování byla získaná data vyhodnocena pomocí programů Multiple alignment ClustalX a Bioedit a použita k vytvoření dendrogramů příbuznosti. Podle výsledného fylogenetického stromu byla zjištěna vzájemná podobnost sledovaných druhů rodu Dracaena a vyhodnocena jejich příbuznost. Smyslem výzkumu bylo získání odpovědí k vysvětlení fylogenetických vztahů skupiny lesnicky využitelných stromů. Práce byla řešena v rámci spolupráce s Ústavem lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie, Lesnické a dřevařské fakulty Mendelovy univerzity v Brně.
|
host ::
RSS.