|
|
Structure and function of ubiquitin-activating enzyme UBA1
Pánska, Dominika ; Vávra, Jiří (vedoucí práce) ; Onhajzer, Jakub (oponent)
Ubiquitín-aktivačný enzým, označovaný aj ako UBA1, je esenciálny enzým v procese aktivácie ubiquitínu vo všetkých eukaryotických bunkách a jeho strata či úplná nefunkčnosť je nezlúčiteľná so životom. U človeka sa vyskytuje ako jadrová (UBA1a) a cytoplazmatická (UBA1b) izoforma. Ubiquitinylácia, na počiatku ktorej stojí práve UBA1, je proces dôležitý pre proteazomálnu degradáciu proteínov, prechod bunečným cyklom, opravy poškodení DNA, fertilizáciu či antivírusovú odpoveď organizmu. Jeho nesprávna funkcia je príčinou viacerých onkologických a neurodegeneratívnych ochorení, ako aj len nedávno popísaného autoinflamačného syndrómu VEXAS. Práca zhŕňa základné a aktuálne poznatky o UBA1, jeho štruktúre, funkciách v bunke a patológiach s ním spojených. Kľúčové slová: UBA1, ubiquitín, katalytický cysteín, proteazomálna degradácia, VEXAS
|
|
|
DNA damage-inducible protein: interakce s proteinovými partnery a potenciální role v proteasomální degradaci proteinů
Belza, Jan ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Proteiny podobné Ddi1 ( z angl. "DNA damage-inducible proteins") byly zatím nejlépe charakterisovány v kvasince (protein Ddi1 ze Saccharomyces cerevisiae), v octomilce (protein Rngo z D. melanogaster) a nedávno i v člověku (protein Ddi2). Podle své doménové architektury jsou přiřazovány k proteasomálním adaptorovým proteinům, jejichž funkcí je dopravovat ubikvitinylované substráty k degradaci do proteasomu. Obsahují totiž domény podobné ubikvitinu (UBL) zodpovědné za vazbu na proteasom a domény asociované s ubikvitinem (UBA), zodpovědné za vazbu na ubikvitinované proteiny. Vedle toho však zřejmě mají v organismu i další funkce. Kvasinkový homolog Ddi1 je zapojen do řízení buněčného cyklu, hraje roli při degradaci HO endonukleasy a pravděpodobně také jako negativní regulátor exocytosy. Buněčné funkce nedávno identifikovaného lidského homologu Ddi2 zatím nejsou známy. Abychom přispěli k pochopení fysiologických funkcí lidského proteinu Ddi2, rozhodli jsme se identifikovat možné interakční partnery tohoto proteinu. Připravili jsme proto DNA konstrukty pro expresi proteinu Ddi2 v savčích buňkách HEK293 ve fúzi s afinitními značkami FLAG, HA a Myc, umožňujícími jejich snadnou visualizaci a purifikaci. Afinitní chromatografií spřaženou s hmotnostní spektrometrií (AP-MS) jsme identifikovali několik...
|
host ::
RSS.