|
|
Metody diagnostiky viru SARS-CoV-2
HELMICHOVÁ, Eva
Tato bakalářská práce se zabývá studiem diagnostiky viru SARS-CoV-2. Jedná se o RNA koronavirus, který způsobuje onemocnění COVID-19. Bylo objeveno koncem roku 2019 v Číně a poté se onemocnění rozšířilo po celém světě. Toto onemocnění se projevuje těžkým kašlem, ztrátou chuti a čichu. V horších případech se projevuje zápalem plic. Diagnostika viru SARS-CoV-2 se provádí pomocí PCR testu, antigenních testů a testů na protilátky. Vyšetření antigenními testy je určeno pro rychlý screening přítomnosti viru. Test na průkaz protilátek je vhodný pro ověření prodělání nemoci, popř. jim zjistíme účinnost očkování a odolnost proti němu. Tyto vzorky se získají stěrem z nosohltanu, úst ze slin nebo krve. Odběr by měl být správný a důkladný pro analýzu viru SARS-CoV-2. Metoda PCR je pokládána za nejspolehlivější metodu pro diagnostiku viru SARS-CoV-2. Metoda nám umožňuje detekci viru na základě známých sekvencí a při použití vhodných primerů dojde k rozlišení jednotlivých variant virů. V práci je popsána morfologie, diagnostika viru SARS-CoV-2 a metodika PCR s přesným navržením primerů pro detekci SARS-CoV-2. Pomocí softwaru je provedeno srovnání genomů SARS-CoV-2 v dané mutované oblasti a vytipovaná místa, ve kterých se vzájemně liší.
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Optimalizace detekce klíčových genů biosyntetických drah alkaloidů u máku
BRÁZDOVÁ, Sára
Tato diplomová práce se zabývá vytvořením schéma biosyntetické dráhy vybraných alkaloidů máku setého, návrhem primerů pro vybrané geny a optimalizací PCR reakce těchto genů pro amplifikaci a následné sekvenování co nejdelších fragmentů. Optimalizace PCR reakce byla provedena pro geny 7OMT, TMNT a CODM, které se podílejí na biosyntetické dráze morfinu, kodeinu, papaverinu, noskapinu a sanguinarinu. Každý gen byl rozdělen na polovinu a primery byly navrženy samostatně pro každou polovinu genu. Celkem bylo navrhnuto 13 párů primerů. Optimalizováno bylo pět párů primerů pomocí gradientové PCR a gelové elektroforézy. Tyto primery byly použity pro sekvenační analýzu.
|
|
|
Detekce a monitoring potenciálně toxických sinicových lipopeptidů
BÁRTOVÁ, Marie
Cílem práce bylo designování a optimalizace PCR primerů pro detekci potenciálních sinicových producentů cytotoxických lipopeptidů puwainaphycinů a minutissamidů v environmentálních vzorcích. Na základě předchozích dat byly testovány vzorky ze dvou různých lokalit. První sada odebraných vzorků se skládala ze sinicových půdních biofilmů z pastvin ovcí, postižených onemocněním Alveld v Norsku. Druhá část vzorků obsahuje vzorky planktonních sinicových květů v CHKO Třeboňsko a okolí. Pro hodnocení přítomnosti lipopeptidů sinic byly použity tři různé postupy: mikroskopie, PCR s navrženými primery a analýza kapalinovou chromatografií - hmotnostní spektrometrií. Výsledky této studie potvrdily specificitu nově navržených PCR primerů. Na obou testovaných lokalitách byla prokázána přítomnost producentů puwainaphycinů / minutissamidů.
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Návrh a testování multiplex-PCR primerů pro detekci původců bakteriální skvrnitosti rajčete
STEHLÍKOVÁ, Dagmar
Předmětem této práce je vývoj metody multiplex-PCR pro specifickou detekci komplexu fytopatogenních bakterií rodu Xanthomonas, způsobujících bakteriální skvrnitost rajčete. V rámci této práce byly vyvinuty PCR primery pro detekci skupin A (X. euvesicatoria), B (X. vesicatoria), C (X. perforans) a D (X. gardeneri). Na základě sekvencí DNA získaných sekvenováním a z databáze GenBank (NCBI) byly navrženy 4 páry primerů - Xe_shotgun_104, Xe_shotgun_1819, Xv_atpD_403 a Xp_efP_202, které následně byly důkladně testovány a optimalizovány pro paralelní detekci uvedených bakterií. Specificita primerů byla testována na rozsáhlém souboru bakteriálních kmenů patogenních pro rajče a příbuzné plodiny. Dodržením popsaného protokolu lze rychle a spolehlivě identifikovat bakterie X. vesicatoria, X. euvesicatoria, X. perforans a X. gardneri v jediné reakci multiplex-PCR.
|
host ::
RSS.