|
|
Regulace pre-mRNA sestřihu v prostředí buněčného jádra
Hnilicová, Jarmila ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Dvořák, Michal (oponent)
Eukaryotní geny obsahují nekódující sekvence - introny, které jsou z pre-mRNA odstraňovány sestřihovými komplexy. Sestřihové komplexy se skládají z pěti RNA-proteinových podjednotek (U1, U2, U4/U6 a U5), které postupně nasedají na pre-mRNA a jsou společně s dalšími bílkovinami nutné pro vystřižení intronu. Mutace v bílkovinách důležitých pro RNA sestřih mohou způsobovat vážná onemocněním, například mutace zvaná AD29 vedoucí k záměně jediné aminokyseliny v proteinu hPrp31 (tato bílkovina je součástí U4/U6 sestřihového komplexu) je příčinou nemoci retinitis pigmentosa, která často končí úplnou slepotou. Ukázali jsme, že hPrp31 AD29 mutant je nestabilní a není řádně začleněný do sestřihových komplexů. Přesto vadný hPrp31 zřejmě má vliv na metabolismus buňky, protože zpomaluje buněčný růst a dělení, což by mohlo vysvětlit, proč tato mutace vede k retinitis pigmentosa. Dále se zaměřujeme na roli buněčného jádra v pre-mRNA sestřihu. Nové U4/U6·U5 snRNP částice jsou přednostně skládány v nemembránových jaderných strukturách - Cajalových tělíscích. Zjistili jsme, že Cajalova tělíska jsou také důležitá pro recyklaci U4/U6·U5 snRNP. Vedle toho jsme se zaměřili na roli chromatinu (především acetylace histonů) při regulaci alternativního sestřihu. Pomocí inhibitorů histonových deacetylázy jsme změnili...
|
|
|
Formování sestřihových snRNP v buněčném jádře
Novotný, Ivan ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Cmarko, Dušan (oponent) ; Forstová, Jitka (oponent)
1 ABSTRAKT V eukaryotickém buněčném jádře existuje mnoho struktur, suborganel a tělísek. Tyto struktury poskytují jádru mnoho specifických funkcí. Jadérko se specializuje na skládání ribozomů, jaderné "speckles" nebo též SFC, hrají důležitou roli v úpravách RNA a nejlépe prostudovaná jaderná tělíska, Cajalova tělíska (CB), jsou zapojená do maturace snRNP částic. Bezmembránové kompartmenty nejsou unikátní jen pro buněčné jádro, cytoplasmatická tělíska zvaná P bodies jsou pravděpodobně důležitými místy v dráze degradace mRNA. Tato práce je souborem čtyř projektů zaměřených na bezmembránové buněčné struktury, jmenovitě jaderné CB a cytoplasmatické P bodies. Oba druhy buněčných struktur, CB i P bodies, jsou dynamické struktury, které stále vyměňují své součásti se svým okolím. CB je obecně akceptováno jako místo biogeneze snRNP. My jsme ukázali, že v CB jsou snRNP také regenerovány po sestřihu. CB tedy hraje důležitou roli v recyklaci snRNP částic. Kombinací kinetických experimentů a matematického modelování jsme vytvořili kinetický model formování tri-snRNP komplexu v CB na základě kterého jsme určili kinetické parametry skládání tri-snRNP. Podle našeho modelu se v CB skládá tri- snRNP 11x efektivněji než v nukleoplasmě. Identifikovali jsme specifický faktor pro cílení a lokalizaci tri-snRNP komponent do CB....
|
host ::
RSS.