|
| |
|
|
Molekulární diagnostika fungálních patogenů z klinických vzorků
CIMICKÁ, Jana
Tato studie je zaměřena na optimalizaci a použití molekulárních metod v mykologické diagnostice. Pacientův život často závisí na včasné diagnostice, kterou běžné kultivační metody nemohou poskytnout. Řešením jsou pan-fungální primery ITS oblasti a sekvenování nové generace (NGS). Tyto metody byly použity pro fungální detekci z FFPE vzorků tkání od pacientů s ulcerózní kolitidou (UK), Crohnovou chorobou (CD) a 10 kontrol bez chronických zánětlivých změn ve střevní sliznici. Výsledky této studie mají tři úrovně. Za prvé, proces optimalizace upozornil na důležitost sterilní izolace DNA v laminárním boxu, který může zabránit kontaminaci fungálním rodem Malassezia spp. Za druhé, hrubá data ukázala vyvážený poměr Askomycet a Basidiomycet u CD vzorků podobný poměrům v negativních kontrolách, zatímco UC vzorky ukázaly vyšší zastoupení Askomycet oproti ostatním skupinám. Za třetí, podrobná data zobrazila fungální rody Malassezia, Cladosporium a Toninia ve všech skupinách vzorků, zatímco rod Candida byl nalezen jen v UC vzorcích a rody Engyodontium a Ramularia byly nalezeny v CD vzrocích. Závěrem, mykobiom hraje roli v idiopatických střevních onemocněních; ačkoliv jeho složení je stále diskutabilní. Optimalizace pan-fungální nested PCR a NGS pomohla se zavedením mykologické diagnostiky z FFPE vzorků v Bioptické laboratoři s.r.o. a nyní se používá pro diferenciální diagnostiku.
|
|
|
Mykobionti vegetativních orgánů dominantní středomořské trávy posidonie Neptunovy
Soperová, Beáta ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Kohout, Petr (oponent)
Posidonie Neptunova je dominantní mořskou travou Středozemního moře a její mykobiom je zejména v posledních letech studován stále intenzivněji. Byly již popsány desítky hub asociovaných s kořeny, oddenky nebo listy, zcela však chybí studie mykobiomu listových pochev. Jedním z mykobiontů asociovaných s kořeny je i Posidoniomyces atricolor, který dosud nebyl izolován z žádného jiného orgánů. Tato práce se snažila popsat mykobiom vegetativních orgánů p. Neptunovy dvěma různými metodickými přístupy. Mikroskopické pozorování potvrdilo výskyt houbové kolonizace ve všech vegetativních orgánech s výjimkou listů. Závěry z mikroskopické části se následně podařilo ověřit izolací a identifikací celé řady endomykobiontů, včetně P. atricolor, který byl poprvé izolován také z oddenků a listových pochev. Mykobiom listových pochev byl pak popsán vůbec poprvé.
|
host ::
RSS.