|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
|
Vliv numerických reprezentací DNA na úspěšnost molekulární taxonomie
Blaschová, Eliška ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce seznamuje s klasickou a molekulární taxonomií, které se používají ke klasifikaci organismů. Představuje směr DNA barcodingu jako možnost jak přiřadit neznámý vzorek organismu k známému druhu. Získané sekvence mitochondriální DNA při DNA barcodingu je třeba zpracovat vhodnou metodou numerické reprezentace, která bude správně informovat o příslušnosti neznámého organismu k druhům a dokáže jej tedy správně zařadit. V této práci jsou použity k porovnání sekvencí organismů celkem tři metody numerické reprezentace, a to 1. a 4. kvadrant, EIIP hodnoty a třívektorová reprezentace. V praktické části je naprogramována identifikační analýza, která přiřazuje testovaným organismům referenční organismus. Testování je provedeno na 4 referenčních souborech a 5 analyzovaných souborech. Práce shrnuje úspěšnost přiřazení správné reference pro vybrané metody numerické reprezentace.
|
|
|
Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů
Kosková, Markéta ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vlivem redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů. Na začátku teoretické části je popsán pojem druh, jeho vývoj a s ním související mutace. V další časti je uvedena taxonomie, především ta molekulární, a DNA barcoding spolu s popisem mitochondriální DNA a jeho využitím k identifikaci druhů. Na konci teoretické části se nachází informace o nukleotidových denzitních vektorech, na které navazuje praktická část. V ní je pomocí Matlabu provedena analýza ošetření okrajů denzitních vektorů na 188 sekvencích. S nejlepší hodnotou je následně provedena identifikační analýza organismů a její vyhodnocení při použití denzitních vektorů pro jednotlivé nukleotidy a jejich sumy. To pro 4 soubory referenčních a 5 souborů analyzovaných sekvencí stejných druhů.
|
|
|
Molekulární taxonomie pomocí mitochondriální DNA
Kalianková, Kateřina ; Babula, Petr (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá molekulární taxonomií pomocí mitochondriální DNA. V úvodu je popsána taxonomie obecná a molekulární. V teoretické části je dále popsána struktura a složení živočišné buňky, deoxyribonukleové kyseliny a mitochondriální deoxyribonukleové kyseliny. Další část obsahuje informace o DNA barcodingu a numerických metodách reprezentace genomických sekvencí. V praktické části je popsán program zvolené numerické metody pro zpracování genomických sekvencí a programy pro tvorbu a přiřazování sekvencí referenčním druhům.
|
|
|
Determinace plžů rodu Radix, mezihostitelů motolic
Mikešová, Kateřina ; Beran, Luboš (oponent)
Plži rodu Radix (Lymnaeidae) jsou běžnými sladkovodními měkkýši Evropy. V minulosti byly v ČR rozlišovány podle morfologie ulity druhy R. auricularia, R. peregra, R. ovata a R. ampla. Nicméně, současné studie zahrnující molekulární data odhalily, že determinace druhů založená na tradičních postupech využívajících morfologii ulit a gonád může být komplikovaná, matoucí a ne plně spolehlivá. Tvar ulity je ovlivněn konkrétními životními podmínkami plžů a ukazuje se jako velmi variabilní. Znaky na pohlavní soustavě závisí na fázi reprodukce plže, popřípadě na přítomnosti vývojových stádií motolic, která mohou způsobit parazitární kastraci. V současnosti je nejspolehlivějším přístupem molekulární taxonomie, především s využitím kombinací sekvencí DNA vybraných jaderných a mitochondriálních genů. Vzhledem k poměrné finanční i časové náročnosti molekulárních analýz se různí autoři snaží nalézt další morfologické znaky, které by mohly být použity při určování radixů v terénu, bez požadavku na náročné vybavení. Problémy v taxonomii a systematice zástupců rodu Radix mají i svůj praktický dopad při studiu životních cyklů motolic. Z pohledu humánní a veterinárními medicíny jsou nejdůležitějšími parazity spojovanými s těmito plži motolice čeledí Schistosomatidae (rody Trichobilharzia a Schistosoma) a Fasciolidae...
|
|
|
Vliv numerických reprezentací DNA na úspěšnost molekulární taxonomie
Blaschová, Eliška ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce seznamuje s klasickou a molekulární taxonomií, které se používají ke klasifikaci organismů. Představuje směr DNA barcodingu jako možnost jak přiřadit neznámý vzorek organismu k známému druhu. Získané sekvence mitochondriální DNA při DNA barcodingu je třeba zpracovat vhodnou metodou numerické reprezentace, která bude správně informovat o příslušnosti neznámého organismu k druhům a dokáže jej tedy správně zařadit. V této práci jsou použity k porovnání sekvencí organismů celkem tři metody numerické reprezentace, a to 1. a 4. kvadrant, EIIP hodnoty a třívektorová reprezentace. V praktické části je naprogramována identifikační analýza, která přiřazuje testovaným organismům referenční organismus. Testování je provedeno na 4 referenčních souborech a 5 analyzovaných souborech. Práce shrnuje úspěšnost přiřazení správné reference pro vybrané metody numerické reprezentace.
|
|
|
Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů
Kosková, Markéta ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vlivem redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů. Na začátku teoretické části je popsán pojem druh, jeho vývoj a s ním související mutace. V další časti je uvedena taxonomie, především ta molekulární, a DNA barcoding spolu s popisem mitochondriální DNA a jeho využitím k identifikaci druhů. Na konci teoretické části se nachází informace o nukleotidových denzitních vektorech, na které navazuje praktická část. V ní je pomocí Matlabu provedena analýza ošetření okrajů denzitních vektorů na 188 sekvencích. S nejlepší hodnotou je následně provedena identifikační analýza organismů a její vyhodnocení při použití denzitních vektorů pro jednotlivé nukleotidy a jejich sumy. To pro 4 soubory referenčních a 5 souborů analyzovaných sekvencí stejných druhů.
|
|
|
Molekulární taxonomie pomocí mitochondriální DNA
Kalianková, Kateřina ; Babula, Petr (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá molekulární taxonomií pomocí mitochondriální DNA. V úvodu je popsána taxonomie obecná a molekulární. V teoretické části je dále popsána struktura a složení živočišné buňky, deoxyribonukleové kyseliny a mitochondriální deoxyribonukleové kyseliny. Další část obsahuje informace o DNA barcodingu a numerických metodách reprezentace genomických sekvencí. V praktické části je popsán program zvolené numerické metody pro zpracování genomických sekvencí a programy pro tvorbu a přiřazování sekvencí referenčním druhům.
|
|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
host ::
RSS.