|
|
Vývoj syntetické metodiky pro přípravu pokročilých cykloarenů a jejich analogů
Bambas, Daniel ; Stará, Irena (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
Tato Bakalářská práce se zabývá návrhem struktury a pokusy o přípravu vhodných stavebních bloků pro výstavbu makrocyklu s dalším využitím v syntéze cykloarenů. V Teoretickém úvodu jsou shrnuty dosavadní pokroky v přípravě [n]cirkulenů a látek na bázi kekulenu s důrazem na "kruhotvorné" reakce, které je možné použít ve finálních krocích jejich přípravy. V části Výsledky a diskuze jsou představeny snahy o přípravu vybraného stavebního bloku jako výchozí látky pro vybudování makrocyklu, jehož transformace s využitím [2+2+2] cyclotrimerizace jako "kruhotvorné reakce" by měla vést k vybranému cykloarenu. Část Navrhované alternativy syntéz a diskuze o dalším postupu předkládá návrhy, kam by se mohla tato studie dále ubírat. Experimentální část podává praktické informace o provedených experimentech a charakterizaci připravených sloučenin.
|
|
|
Simulation of processes in cellular membranes
Melcr, Josef ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce)
Simulace of procesů v buněčných membránách Abstrakt Mnoho důležitých procesů v buňkách probíhá prostřednictvím iontů. Například fúze synaptických váčků s membránami nervových buněk je kontrolována dvojmocným kationtem Ca2+ , zatímco výměna Na+ a K+ řídí rychlý elek- trický přenos vzruchů neurony. Vyšetřili jsme modelové fosfolipidové membrány a jejich interakce s těmito biologicky relevantními ionty. S použitím molekulárně dynamických simulací jsme přesně určili jejich vzájemé afinity vůči neutrálním a negativně nabitým fosfolipidovým dvojvrstvám. K tomu bylo nutné vyvi- nout nové vylepšené modely fosfolipidů nazvané ECC-lipids, které obsahují polarizaci elektronů pomocí korekce na elektronové kontinuum implemento- vané přeškálováním nábojů. Naše simulace s tímto novým silovým polem poprvé dosahují kvantitativní shody s experimentálně zjištěným konceptem lipidového elektrometru pro POPC a i pro POPS se všemi studovanými ka- tionty. Kromě toho jsme také zkoumali vliv transmembránového napětí na fosfolipidové dvojvrstvy. Elektrické pole indukované napětím se vyskytuje výhradně v hydrofóbní části membrány, kde má téměř konstantní intenzitu. Toto pole ovlivňuje strukturu blízkých molekul...
|
|
|
Synthesis of cyclodextrin derivatives for organocatalysis
Chena Tichá, Iveta
Syntéza cyklodextrinových derivátů pro organokatalýzu Tato disertační práce se zabývá přípravou nových cyklodextrinových (CD) derivátů vhodných pro organokatalýzu. Cílem této práce je připravit monosubstituované a disubstituované CD prekurzory a deriváty jako organokatalyzátory, které by bylo možné použít v různých enantioselektivních reakcích, provedených potenciálně ve vodě. V případě disubstituovaných CD derivátů bylo též nezbytné uvažovat o případných regioisomerech a pseudoenantiomerech těchto derivátů. Práce je tedy rozdělena do několika částí - příprava CD prekurzorů a derivátů pro organokatalýzu, příprava a separace regioisomerů a pseudoenantiomerů disubstituovaných CD derivátů a finální aplikace CD derivátů v různých enantioselektivních reakcích. Navíc je tato práce doplněna o molekulové modelování připravených CD derivátů a jejich katalytické aktivity in silico. První část práce se zabývá přípravou nových disubstituovaných CD prekurzorů jako čistých regioisomerů pro organokatalýzu, zejména se zabývá vývojem metody pro přípravu heterodisubstituovaného AC regioisomeru na primární straně α-CD. Tato část také zahrnuje stanovení poměru jednotlivých regioisomerů běžně používaných disubstituovaných α-CD intermediátů s ohledem na jejich možné využití jako prekurzorů v organokatalýze. Druhá část...
|
|
|
Simulation of processes in cellular membranes
Melcr, Josef ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce)
Simulace of procesů v buněčných membránách Abstrakt Mnoho důležitých procesů v buňkách probíhá prostřednictvím iontů. Například fúze synaptických váčků s membránami nervových buněk je kontrolována dvojmocným kationtem Ca2+ , zatímco výměna Na+ a K+ řídí rychlý elek- trický přenos vzruchů neurony. Vyšetřili jsme modelové fosfolipidové membrány a jejich interakce s těmito biologicky relevantními ionty. S použitím molekulárně dynamických simulací jsme přesně určili jejich vzájemé afinity vůči neutrálním a negativně nabitým fosfolipidovým dvojvrstvám. K tomu bylo nutné vyvi- nout nové vylepšené modely fosfolipidů nazvané ECC-lipids, které obsahují polarizaci elektronů pomocí korekce na elektronové kontinuum implemento- vané přeškálováním nábojů. Naše simulace s tímto novým silovým polem poprvé dosahují kvantitativní shody s experimentálně zjištěným konceptem lipidového elektrometru pro POPC a i pro POPS se všemi studovanými ka- tionty. Kromě toho jsme také zkoumali vliv transmembránového napětí na fosfolipidové dvojvrstvy. Elektrické pole indukované napětím se vyskytuje výhradně v hydrofóbní části membrány, kde má téměř konstantní intenzitu. Toto pole ovlivňuje strukturu blízkých molekul...
|
|
|
Modelling Binding of Insulin Variants toward Insulin Receptor Based on Recent Structural Breakthroughs
Černeková, Michaela ; Lepšík, Martin (vedoucí práce) ; Biedermannová, Lada (oponent)
Inzulínový receptor je dimérny signálny proteín skladajúci sa z mnoho domén. Pozostáva z mimobunkovej časti, transmembránoveho úseku a vnútrobunkovej kinázovej domény. Počas väzby inzulínu k inzulínovému receptoru dochádza ku konformačným zmenám u oboch z nich, čo spúšťa signálnu kaskádu skrz kinázovú doménu. Poruchy vo funkcii inzulínu a inzulínového receptoru spôsobujú diabetes mellitus, celosvetovo rozšírené ochorenie, ktoré môže vznikať ako následok genetických faktorov, ale aj životného štýlu a prejavuje sa zvýšenou hladinou glukózy v krvi. Bežnou formou liečby diabetes mellitus je podávanie inzulínových analógov s rôznymi molekulárnymi vlastnosťami. Interakcie medzi inzulínom a inzulínovým receptorom vo väzobnej kapse sa rozdeľujú na dve skupiny nazývané "site1" a "site2". Zatiaľ čo molekulárne detaily interakcií v site1 sú už známe, reziduá patriace k site2 sa ešte nepodarilo celkom objasniť. Je teda dôležité ozrejmiť väzobné vlastnosti inzulínu a inzulínového receptoru, najmä interakcie v site2, keďže to by mohlo prispieť k zlepšenému návrhu nových inzulínových analógov. V tejto práci sme využili nedávne prelomy v štruktúrnej biológii inzulínového receptoru, na to aby sme študovali väzobné interakcie metódami výpočtovej chémie. Takto bolo možné pozorovať nekovalentné interakcie a...
|
|
|
Synthesis of cyclodextrin derivatives for organocatalysis
Chena Tichá, Iveta
Syntéza cyklodextrinových derivátů pro organokatalýzu Tato disertační práce se zabývá přípravou nových cyklodextrinových (CD) derivátů vhodných pro organokatalýzu. Cílem této práce je připravit monosubstituované a disubstituované CD prekurzory a deriváty jako organokatalyzátory, které by bylo možné použít v různých enantioselektivních reakcích, provedených potenciálně ve vodě. V případě disubstituovaných CD derivátů bylo též nezbytné uvažovat o případných regioisomerech a pseudoenantiomerech těchto derivátů. Práce je tedy rozdělena do několika částí - příprava CD prekurzorů a derivátů pro organokatalýzu, příprava a separace regioisomerů a pseudoenantiomerů disubstituovaných CD derivátů a finální aplikace CD derivátů v různých enantioselektivních reakcích. Navíc je tato práce doplněna o molekulové modelování připravených CD derivátů a jejich katalytické aktivity in silico. První část práce se zabývá přípravou nových disubstituovaných CD prekurzorů jako čistých regioisomerů pro organokatalýzu, zejména se zabývá vývojem metody pro přípravu heterodisubstituovaného AC regioisomeru na primární straně α-CD. Tato část také zahrnuje stanovení poměru jednotlivých regioisomerů běžně používaných disubstituovaných α-CD intermediátů s ohledem na jejich možné využití jako prekurzorů v organokatalýze. Druhá část...
|
|
|
Synthesis of cyclodextrin derivatives for organocatalysis
Chena Tichá, Iveta ; Jindřich, Jindřich (vedoucí práce) ; Lhoták, Pavel (oponent) ; Šindelář, Vladimír (oponent)
Syntéza cyklodextrinových derivátů pro organokatalýzu Tato disertační práce se zabývá přípravou nových cyklodextrinových (CD) derivátů vhodných pro organokatalýzu. Cílem této práce je připravit monosubstituované a disubstituované CD prekurzory a deriváty jako organokatalyzátory, které by bylo možné použít v různých enantioselektivních reakcích, provedených potenciálně ve vodě. V případě disubstituovaných CD derivátů bylo též nezbytné uvažovat o případných regioisomerech a pseudoenantiomerech těchto derivátů. Práce je tedy rozdělena do několika částí - příprava CD prekurzorů a derivátů pro organokatalýzu, příprava a separace regioisomerů a pseudoenantiomerů disubstituovaných CD derivátů a finální aplikace CD derivátů v různých enantioselektivních reakcích. Navíc je tato práce doplněna o molekulové modelování připravených CD derivátů a jejich katalytické aktivity in silico. První část práce se zabývá přípravou nových disubstituovaných CD prekurzorů jako čistých regioisomerů pro organokatalýzu, zejména se zabývá vývojem metody pro přípravu heterodisubstituovaného AC regioisomeru na primární straně α-CD. Tato část také zahrnuje stanovení poměru jednotlivých regioisomerů běžně používaných disubstituovaných α-CD intermediátů s ohledem na jejich možné využití jako prekurzorů v organokatalýze. Druhá část...
|
|
|
Simulation of processes in cellular membranes
Melcr, Josef ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Otyepka, Michal (oponent) ; Tarek, Mounir (oponent)
Simulace of procesů v buněčných membránách Abstrakt Mnoho důležitých procesů v buňkách probíhá prostřednictvím iontů. Například fúze synaptických váčků s membránami nervových buněk je kontrolována dvojmocným kationtem Ca2+ , zatímco výměna Na+ a K+ řídí rychlý elek- trický přenos vzruchů neurony. Vyšetřili jsme modelové fosfolipidové membrány a jejich interakce s těmito biologicky relevantními ionty. S použitím molekulárně dynamických simulací jsme přesně určili jejich vzájemé afinity vůči neutrálním a negativně nabitým fosfolipidovým dvojvrstvám. K tomu bylo nutné vyvi- nout nové vylepšené modely fosfolipidů nazvané ECC-lipids, které obsahují polarizaci elektronů pomocí korekce na elektronové kontinuum implemento- vané přeškálováním nábojů. Naše simulace s tímto novým silovým polem poprvé dosahují kvantitativní shody s experimentálně zjištěným konceptem lipidového elektrometru pro POPC a i pro POPS se všemi studovanými ka- tionty. Kromě toho jsme také zkoumali vliv transmembránového napětí na fosfolipidové dvojvrstvy. Elektrické pole indukované napětím se vyskytuje výhradně v hydrofóbní části membrány, kde má téměř konstantní intenzitu. Toto pole ovlivňuje strukturu blízkých molekul...
|
|
|
Intramolecular and intermolecular interactions in proteins
Fačkovec, Boris ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
česky Volná energie sbalení proteinu představuje pozoruhodnou rovnováhu mezi stabilizujícími a destabilizujícími nekovalentními interakcemi. V této práci stabilizující energii rozkládáme na fyzikálne smysluplné příspěvky, které by jsme následne dokázali složit do konzistentního transferabilního obrazu teplotní stability. Empririckým potenciálem vypočteme interakční energie mezi fragmenty klasifikovanými na základe jejich fyzikálních vlastností na skupine 1200 neredundantních struktur z PDB databáze. Výsledkem práce je lepší pochopení vztahu mezi interakčními energiemi vypočenými metodami teoretické chemie a příspěvkami jednotlivých interakcí na této rovnováze. 1
|
|
| |
host ::
RSS.