|
|
The Interaction of Graphene Oxide with Humic Acids, a Computational Study
FERLIN, Stefan
This study was focused on the interactions of Graphene oxide with humic acids in aqueous solutions. Additionally, to this work, Graphene oxide and water interactions with and without the addition of ions were studied. The behavior of a fulvic acid in the presence of Graphene oxide has been investigated as well. The study was performed using computer simulations that were achieved by Molecular Dynamics simulations. These simulations provided useful data on a nanometer scale.
|
|
|
Molekulární podstata selekce spermií v rámci pohlavního traktu samic savců
Šrámková, Adéla ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Postlerová, Pavla (oponent)
Pro všechny savce je typické vnitřní oplození. Samec přenese spermie do samičího reprodukčního traktu. Ty se následně musí dostat až k oocytu, který zpravidla jedna z nich oplodní. Samičí reprodukční trakt tak musí být uzpůsoben k tomu, aby spermiím zajistil vhodné prostředí pro přežití do okamžiku fertilizace, ale zároveň musí být schopen zajistit selekci vývojově kompetentních spermií, které se nakonec dostanou do blízkosti oocytu a ostatním v tomto kroku zabránit. Aby docházelo k jisté komunikaci mezi spermiemi a pohlavním traktem samic, interagují spolu povrchové molekuly spermií a receptory epitelů vystýlající samičí pohlavní trakt na dvou úrovních: fyzické a molekulární. Ukazuje se, že právě tyto interakce jsou nutné ke klíčovým přeměnám, jak na povrchu spermie, tak i v buňkách samičího reprodukčního traktu, kde dochází k ovlivnění genové exprese. V důsledku těchto změn je k oplození vajíčka vybrána vhodná spermie se všemi požadovanými vlastnostmi umožňujícími fyziologický průběh fertilizace.
|
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
host ::
RSS.