|
|
Zpracování a visualizace hmotnostních spekter
Beneš, Ondřej ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedna z nových technik v oblasti analytické chemie, které nalézá stále více uplatnění v praxi, je zobrazovací hmotnostní spektrometrie. Díky její schopnost zaznamenat zastoupení látek ve vzorku při analýze tkáně však vznikají až GB dat a tyto data je nutné zpracovávat programově. Cílem této práce je vytvořit aplikaci pro zpracování a vizualizaci dat z nového standardu imzML. Součástí práce je stručný úvod do problematiky hmotnostní spektrometrie, konkrétněji pak typu MALDI TOF a jsou zde popsány některé metody předzpracování hmotnostně spektrometrických dat. V práci je také nahlédnuto na současný stav existující software a na základě požadavků spolupracující laboratoře je navržena a implementována nová aplikace nejen umožňující zobrazení dat, ale i jejich předzpracování jako jsou například metody vyhlazování dat Savitzky-Golay, interní kalibrace či vyhledávání píků pomocí spojité vlnkové transformace. K závěru jsou i některé ukázky vizualizovaných dat z reálných experimentů.
|
|
|
Development and applications of ambient mass spectrometry techniques
Rejšek, Jan ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Lemr, Karel (oponent) ; Klejdus, Bořivoj (oponent)
(CZ) Ambientní hmotnostní spektrometrie zahrnuje širokou skupinu metod umožňujících analýzu povrchu tuhých látek a kapalin v otevřeném prostoru vně hmotnostního spektrometru, kdy je vzorek přístupný k vnějšímu zásahu i během analýzy. Ambientní hmotnostní spektrometrie je dynamicky se rozvíjející oblastí analytické chemie. Umožňuje rychlou přímou analýzu objektů vně přístroje bez předchozí úpravy vzorku. V této práci byla studována desorpční ionizace elektrosprejem (DESI) a desorpční fotoionizace za atmosférického tlaku (DAPPI) se softwarově ovládanou polohou držáku vzorku. Tyto metody využívají sprejování rozpouštědel k desorpci a ionizaci analytu z pevného substrátu a jsou vhodné pro zobrazovací hmotnostní spektrometrii nízkomolekulárních organických sloučenin, kde je chemická identita molekul na povrchu analyzovaného objektu zkoumána jako funkce prostorové distribuce. Tento projekt se zabývá aplikacemi a instrumentálním vývojem. Pokud jde o aplikace, byla studována poloha hmyzích obranných žláz, separace lipidů v reálných vzorcích pomocí tenkovrstvé chromatografie (TLC), nebo metabolity steroidů v ženské moči v průběhu těhotenství. Ohledně instrumentálního vývoje, nejdůležitějším bodem byla konstrukce nového iontového zdroje pro ambientní zobrazovací hmotnostní spektrometrii neplanárních objektů....
|
|
|
Development and applications of ambient mass spectrometry techniques
Rejšek, Jan
(CZ) Ambientní hmotnostní spektrometrie zahrnuje širokou skupinu metod umožňujících analýzu povrchu tuhých látek a kapalin v otevřeném prostoru vně hmotnostního spektrometru, kdy je vzorek přístupný k vnějšímu zásahu i během analýzy. Ambientní hmotnostní spektrometrie je dynamicky se rozvíjející oblastí analytické chemie. Umožňuje rychlou přímou analýzu objektů vně přístroje bez předchozí úpravy vzorku. V této práci byla studována desorpční ionizace elektrosprejem (DESI) a desorpční fotoionizace za atmosférického tlaku (DAPPI) se softwarově ovládanou polohou držáku vzorku. Tyto metody využívají sprejování rozpouštědel k desorpci a ionizaci analytu z pevného substrátu a jsou vhodné pro zobrazovací hmotnostní spektrometrii nízkomolekulárních organických sloučenin, kde je chemická identita molekul na povrchu analyzovaného objektu zkoumána jako funkce prostorové distribuce. Tento projekt se zabývá aplikacemi a instrumentálním vývojem. Pokud jde o aplikace, byla studována poloha hmyzích obranných žláz, separace lipidů v reálných vzorcích pomocí tenkovrstvé chromatografie (TLC), nebo metabolity steroidů v ženské moči v průběhu těhotenství. Ohledně instrumentálního vývoje, nejdůležitějším bodem byla konstrukce nového iontového zdroje pro ambientní zobrazovací hmotnostní spektrometrii neplanárních objektů....
|
|
|
Development and applications of ambient mass spectrometry techniques
Rejšek, Jan
(CZ) Ambientní hmotnostní spektrometrie zahrnuje širokou skupinu metod umožňujících analýzu povrchu tuhých látek a kapalin v otevřeném prostoru vně hmotnostního spektrometru, kdy je vzorek přístupný k vnějšímu zásahu i během analýzy. Ambientní hmotnostní spektrometrie je dynamicky se rozvíjející oblastí analytické chemie. Umožňuje rychlou přímou analýzu objektů vně přístroje bez předchozí úpravy vzorku. V této práci byla studována desorpční ionizace elektrosprejem (DESI) a desorpční fotoionizace za atmosférického tlaku (DAPPI) se softwarově ovládanou polohou držáku vzorku. Tyto metody využívají sprejování rozpouštědel k desorpci a ionizaci analytu z pevného substrátu a jsou vhodné pro zobrazovací hmotnostní spektrometrii nízkomolekulárních organických sloučenin, kde je chemická identita molekul na povrchu analyzovaného objektu zkoumána jako funkce prostorové distribuce. Tento projekt se zabývá aplikacemi a instrumentálním vývojem. Pokud jde o aplikace, byla studována poloha hmyzích obranných žláz, separace lipidů v reálných vzorcích pomocí tenkovrstvé chromatografie (TLC), nebo metabolity steroidů v ženské moči v průběhu těhotenství. Ohledně instrumentálního vývoje, nejdůležitějším bodem byla konstrukce nového iontového zdroje pro ambientní zobrazovací hmotnostní spektrometrii neplanárních objektů....
|
|
|
Development and applications of ambient mass spectrometry techniques
Rejšek, Jan ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Lemr, Karel (oponent) ; Klejdus, Bořivoj (oponent)
(CZ) Ambientní hmotnostní spektrometrie zahrnuje širokou skupinu metod umožňujících analýzu povrchu tuhých látek a kapalin v otevřeném prostoru vně hmotnostního spektrometru, kdy je vzorek přístupný k vnějšímu zásahu i během analýzy. Ambientní hmotnostní spektrometrie je dynamicky se rozvíjející oblastí analytické chemie. Umožňuje rychlou přímou analýzu objektů vně přístroje bez předchozí úpravy vzorku. V této práci byla studována desorpční ionizace elektrosprejem (DESI) a desorpční fotoionizace za atmosférického tlaku (DAPPI) se softwarově ovládanou polohou držáku vzorku. Tyto metody využívají sprejování rozpouštědel k desorpci a ionizaci analytu z pevného substrátu a jsou vhodné pro zobrazovací hmotnostní spektrometrii nízkomolekulárních organických sloučenin, kde je chemická identita molekul na povrchu analyzovaného objektu zkoumána jako funkce prostorové distribuce. Tento projekt se zabývá aplikacemi a instrumentálním vývojem. Pokud jde o aplikace, byla studována poloha hmyzích obranných žláz, separace lipidů v reálných vzorcích pomocí tenkovrstvé chromatografie (TLC), nebo metabolity steroidů v ženské moči v průběhu těhotenství. Ohledně instrumentálního vývoje, nejdůležitějším bodem byla konstrukce nového iontového zdroje pro ambientní zobrazovací hmotnostní spektrometrii neplanárních objektů....
|
|
|
Hmotnostně-spektrometrické zobrazování metforminu v řezech vybraných tkání
Strnad, Štěpán ; Sýkora, D. ; Vrkoslav, Vladimír ; Cvačka, Josef ; Maletínská, Lenka ; Pirník, Zdenko
Cílem této práce byla optimalizace postupu přípravy vzorku a následné hmotnostně spektrometrické zobrazení metforminu v tkáňových řezech ledvin. Byla nalezena vhodná matrice DHB, která poskytovala dostatečnou mez detekce, a zároveň nedocházelo k interferenci iontů analytu s matričními ionty. Tato matrice byla na řezy nanášena sublimací. Při MALDI MSI analýzách na reálných vzorcích myší, kterým byl perorálně podán metformin, bylo zjištěno, že v ledvinách byla nejvyšší relativní koncentrace metforminu ve vnitřní zóně dřeně 30 min po podání léčiva. Jednu hodinu po podání se již koncentrace metforminu začala snižovat. Pro potvrzení těchto výsledků bude tato studie dále rozšířena o kvantifikaci metforminu v ledvinách, která bude provedena analýzou homogenátů tkání ledvin pomocí LC-MS.
|
|
|
Zpracování a visualizace hmotnostních spekter
Beneš, Ondřej ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedna z nových technik v oblasti analytické chemie, které nalézá stále více uplatnění v praxi, je zobrazovací hmotnostní spektrometrie. Díky její schopnost zaznamenat zastoupení látek ve vzorku při analýze tkáně však vznikají až GB dat a tyto data je nutné zpracovávat programově. Cílem této práce je vytvořit aplikaci pro zpracování a vizualizaci dat z nového standardu imzML. Součástí práce je stručný úvod do problematiky hmotnostní spektrometrie, konkrétněji pak typu MALDI TOF a jsou zde popsány některé metody předzpracování hmotnostně spektrometrických dat. V práci je také nahlédnuto na současný stav existující software a na základě požadavků spolupracující laboratoře je navržena a implementována nová aplikace nejen umožňující zobrazení dat, ale i jejich předzpracování jako jsou například metody vyhlazování dat Savitzky-Golay, interní kalibrace či vyhledávání píků pomocí spojité vlnkové transformace. K závěru jsou i některé ukázky vizualizovaných dat z reálných experimentů.
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.