|
|
Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Streptococcus pneumoniae
Čížová, Kateřina ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Bakterie Streptococcus pneumoniae je v současnosti jedním ze závažných patogenních mikroorganismů ohrožujících děti do věku 5 let, zejména v rozvojových zemí. Nástrojem v boji s tímto patogenním mikroorganismem je vhodná metoda detekce. Předkládaná bakalářská práce se zabývá porovnáním molekulárně-biologických metod detekce bakterie Streptococcus pneumoniae, konkrétně kvantitativní polymerasovou řetězovou reakcí a izotermální amplifikací DNA pomocí smyček. Byl zaveden standardní protokol pro detekci bakterie Streptococcus pneumoniae pomocí "zlatého standardu" molekulární diagnostiky, tedy kvantitativní polymerasovou řetězovou reakcí. Alternativou detekce pomocí kvantitativní polymerasové řetězové reakce, bylo praktické zavedení metody izotermální amplifikace DNA pomocí smyček využívající publikované "primery". S cílem rozšířit diagnostické okno metody izotermální amplifikace pomocí smyček, a bojovat s falešnou pozitivitou negativní kontroly, byla navržena a testována sada nových "primerů" pro detekci bakterie Streptococcus pneumoniae. Výsledkem práce byl nový, rychlý a spolehlivý protokol detekce bakterie Streptococcus pneumoniae, využívající kombinaci nově navržených a publikovaných "primerů". Novým protokolem detekce jsme optimalizovali diagnostické okno a metoda během několika minut bezpečně...
|
|
|
Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Haemophilus influenzae
Smrčka, Tomáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Haemophilus influenzae patří mezi hlavní původce meningitidy a zápalu plic u dětí. Zavedení rychlé, levné a přístrojově nenáročné metody detekce tohoto patogenu by zásadní měrou přispělo k včasné a cílené léčbě pacientů. Rozvoj amplifikačních metod v posledních dekádách umožňuje, krom běžně používané metody PCR, aplikaci alternativních přístupů, mezi něž patří i metoda LAMP. Předmětem zájmu této bakalářské práce proto bylo studium alternativní metody LAMP jakožto nástroje pro detekci Haemophilus influenzae. LAMP metoda byla pro Haemophilus influenzae úspěšně zavedena, nicméně se potýkala s falešnou pozitivitou negativní kontroly v případě delších inkubačních časů. Byla proto navržena optimalizovaná metoda LAMP v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu a uracil-DNA glykosylasy. Jejím cílem bylo za pomocí inkorporace uracilů do amplifikovaných úseků DNA a následného odštěpení uracilů působením uracil-DNA glykosylasy pozměnit strukturu amplifikačních produktů, zabránit tak jejich replikaci při případné kontaminaci reakčních směsí při dalších stanoveních a tím snížit riziko falešné pozitivity negativních kontrol na minimum. Byla optimalizována koncentrace deoxyuridintrifosfátu v reakční směsi pro výše uvedené účely. Zásadním přispěním předkládané bakalářské práce k optimalizaci LAMP metody pro detekci...
|
host ::
RSS.