|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
|
Induction of endogenous RNAi in mammalian cells
Demeter, Tomáš ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Dvojvláknová RNA, je unikátna štruktúra s mnohými biologickými účinkami. Je tvorená z dvoch protichodných komplementárnych RNA vlákien, ktoré môžu byť produkované samotnými bunkami alebo sa do nich môžu dostať z vonkajších zdrojov. Existujú štyri hlavné mechanizmy jej vzniku: transkripcia z obrátených repetícií, konvergentná transkripcia, komplementárne párovanie (in trans) a syntéza sprostredkovaná RNA dependetnou RNA polymerázou. Rôzne mechanizmy produkcie určujú ďalšie štruktúrne vlastnosti dvojvláknových RNA, napríklad ich konce, chybne zaradenie nukleotidových báz a iné. Štruktúrne vlastnosti môžu ovplyvňovať to, akým spôsobom bunka odpovedá na prítomnosť dvojvláknových RNA. Táto odpoveď môže byť sekvenčne-špecifická alebo sekvenčne- nešpecifická. Hlavnou sekvenčne-špecifickou odpoveďou na prítomnosť dvojvláknovej RNA v bunke je RNA interferencia. Naša skupina študovala mechanizmus indukcie RNA interferencie v cicavčích bunkách pomocou špecifického typu dvojvláknovej RNA. Táto dvojvláknová RNA vytvára vlásenku s dlhými jednovláknovými presahmi na oboch koncoch. Predpokladali sme, že dvojvláknové RNA substráty s inými štruktúrami môžu byť efektívnejšie ako ten, ktorý sme požívali v našich experimentoch od roku 2002. Hlavným cieľom mojej diplomovej práce bolo porovnať účinnosť rôznych...
|
host ::
RSS.