|
|
Identification and modeling of gene expression regulatory networks during streptomycetes germination
Straková, Eva ; Vohradský, Jiří (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Streptomycety jsou studovány především kvůli své schopnosti produkovat antibiotika, ale také jako modelový bakteriální organismus s komplexním buněčným cyklem. V této práci byl systémově studován proces klíčení (germinace) Streptomyces coelicolor za použití transkriptomických a proteomických metod. Klíčení představuje základní vývojový přechod z klidového období buňky do vegetativní fáze růstu. Během počátečních 5,5 h klíčení byly ve 13 časových bodech měřeny změny exprese mRNA a celková vnitrobuněčná koncentrace proteinů, včetně monitorování aktuání proteosyntézy. Pro kvantifikaci transkriptu byla použita metoda DNA mikročipů, proteiny byly měřeny pomocí dvourozměrné gelové elektroforézy. Modelováním genové expresse byly rekonstruovány genetické sítě a identifikovány funkční skupiny genů regulované určitými sigma faktory. Výstupem modelování byl soubor parametrů, který umožnil simulovat kinetiku regulace mezi sigma faktory a regulovanými geny. Bylo zjištěno, že klíčovou roli během procesu hrají sigma faktory SigR a HrdD, jejichž regulony byly identifikovány. Z transkriptomických i proteomických dat vyplývá, že nejintenzivnější odezva buňky na vnější prostředí probíhá během první hodiny germinace, aktivací různých regulačních mechanismů. Pro porovnání globálních trendů v expresi genů/proteinů byla...
|
|
|
Struktura a funkce invazního aparátu mikrosporidií
Dohnálek, Vít ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Vávra, Jiří (oponent)
Mikrosporidie jsou obligátní intracelulární parazité, kteří jsou významní z medicínského a hospodářského hlediska. Vyvinul se u nich vysoce specializovaný invazní aparát, který nemá u žádných jiných organismů obdoby. Při invazi dochází k uvolnění sporoplasmy z obalu spory a jejímu přenosu polární trubicí do cytoplasmy hostitelské buňky. Současný výzkum tohoto aparátu je zaměřen především na polární trubici, která je jeho nejviditelnější strukturou. Funkčně neméně významný polaroplast a posteriorní vakuola zůstávají mimo hlavní zájem výzkumu, přestože hrají klíčovou roli v aktivaci a exekuci invaze. Při optimální kombinaci vnějších faktorů dochází ke změnám v organizaci polaroplastu, zvětšování objemu posteriorní vakuoly a vystřelení polární trubice. Sporoplasma je následně vytlačena rostoucí posteriorní vakuolou skrze trubici do hostitelské buňky. Mechanismus tohoto procesu zatím není objasněn, ale existuje řada teorií snažících se průběh germinace vysvětlit. V této práci jsou shrnuty dosavadní poznatky a teorie o struktuře a funkci jednotlivých částí invazního aparátu. Klíčová slova: Mikrosporidie, invaze, polární trubice, intracelulární parazitismus, germinace
|
|
|
Invazní aparáty parazitických prvoků
Novotná, Veronika ; Petrů, Markéta (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Parazitický způsob života se v historii eukaryot vyvinul mnohokrát nezávisle na sobě. Adaptací na hostitele docházelo k redukci některých organel, a naopak vývoji specifických buněčných struktur. Mezi tyto struktury patří i invazní aparáty, které slouží k průniku do hostitelských buněk a úniku imunitnímu systému. V této bakalářské práci jsou shrnuty poznatky o invazních aparátech a způsobu invaze celkem čtyř vybraných zástupců z důležitých skupin jednobuněčných parazitů Apicomplexa, Microsporidia, Cryptomycota a Kinetoplastida. Dále jsou shrnuty obecné znalosti o parazitech, jejich stavbě a životním cyklu. Klíčová slova: Apicomplexa, Plasmodium, Microsporidia, Ichthyobodo, Rozella, merozoit, glideosom, pohyblivý těsný spoj, pólové vlákno, germinace, cytostom, zoospora, germinační trubice;
|
|
|
Struktura a funkce invazního aparátu mikrosporidií
Dohnálek, Vít ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Vávra, Jiří (oponent)
Mikrosporidie jsou obligátní intracelulární parazité, kteří jsou významní z medicínského a hospodářského hlediska. Vyvinul se u nich vysoce specializovaný invazní aparát, který nemá u žádných jiných organismů obdoby. Při invazi dochází k uvolnění sporoplasmy z obalu spory a jejímu přenosu polární trubicí do cytoplasmy hostitelské buňky. Současný výzkum tohoto aparátu je zaměřen především na polární trubici, která je jeho nejviditelnější strukturou. Funkčně neméně významný polaroplast a posteriorní vakuola zůstávají mimo hlavní zájem výzkumu, přestože hrají klíčovou roli v aktivaci a exekuci invaze. Při optimální kombinaci vnějších faktorů dochází ke změnám v organizaci polaroplastu, zvětšování objemu posteriorní vakuoly a vystřelení polární trubice. Sporoplasma je následně vytlačena rostoucí posteriorní vakuolou skrze trubici do hostitelské buňky. Mechanismus tohoto procesu zatím není objasněn, ale existuje řada teorií snažících se průběh germinace vysvětlit. V této práci jsou shrnuty dosavadní poznatky a teorie o struktuře a funkci jednotlivých částí invazního aparátu. Klíčová slova: Mikrosporidie, invaze, polární trubice, intracelulární parazitismus, germinace
|
|
|
Effect of heavy metal ions on Norway spruce embryos
?or?ević, Dragana
Cílem této práce je hodnocení vlivu mědi a arzenu na raná somatická embrya (RSE) smrku ztepilého. Byly použity různé koncentrace v průběhu 14ti dnů proliferační periody. Vliv nižších koncentrací mědi zvyšovala růst RSE na rozdíl od vyšších koncentrací, kde byl růst zpomalen. Arzen v koncentracích 50, 250 a 500 uM ukázal vysokou toxicitu a po 14 dnech veškerá embrya odumřela. V experimentech s nižšími koncentracemi (10 a 25 uM), kontrola vykazovala nejvyšší proliferační poměr, zatímco RSE měla nevýznamný rozdíl růstu. Buněčná linie I-1-3 měla vyšší poměr proliferace a vytvářena vice somatických embryi v průběhu maturace v porovnání s buněčnou linií III-3-3. Po maturaci bylo pozorováno určité množství abnormalit u kotelydonárních embryí. Smrk ztepilý jako jehličnan patří k nejvíce rozšířeným smrkům v Evropě s vysokým ekonomickým významem. Znečištění životního prostředí je velmi důležitým tématem, které nesmí být opomíjeno v žádných diskuzích. Pochopení vztahu dvou těžkých kovů a jejich vlivu na somatickou embryogenezi je základním nástrojem při testování a hledání nových odolných buněčných linií smrku ztepilého.
|
|
|
Identification and modeling of gene expression regulatory networks during streptomycetes germination
Straková, Eva ; Vohradský, Jiří (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Streptomycety jsou studovány především kvůli své schopnosti produkovat antibiotika, ale také jako modelový bakteriální organismus s komplexním buněčným cyklem. V této práci byl systémově studován proces klíčení (germinace) Streptomyces coelicolor za použití transkriptomických a proteomických metod. Klíčení představuje základní vývojový přechod z klidového období buňky do vegetativní fáze růstu. Během počátečních 5,5 h klíčení byly ve 13 časových bodech měřeny změny exprese mRNA a celková vnitrobuněčná koncentrace proteinů, včetně monitorování aktuání proteosyntézy. Pro kvantifikaci transkriptu byla použita metoda DNA mikročipů, proteiny byly měřeny pomocí dvourozměrné gelové elektroforézy. Modelováním genové expresse byly rekonstruovány genetické sítě a identifikovány funkční skupiny genů regulované určitými sigma faktory. Výstupem modelování byl soubor parametrů, který umožnil simulovat kinetiku regulace mezi sigma faktory a regulovanými geny. Bylo zjištěno, že klíčovou roli během procesu hrají sigma faktory SigR a HrdD, jejichž regulony byly identifikovány. Z transkriptomických i proteomických dat vyplývá, že nejintenzivnější odezva buňky na vnější prostředí probíhá během první hodiny germinace, aktivací různých regulačních mechanismů. Pro porovnání globálních trendů v expresi genů/proteinů byla...
|
host ::
RSS.