|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
Dynamic metabolomic prediction from genetic variation
Nemčeková, Petra ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This thesis deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this thesis is to create dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen from relevant publications. The created models can be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA u populací střední Evropy.
Veselá, Monika ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo zhodnotit genetickou diverzitu mtDNA populací střední Evropy a posoudit, zda a jak souvisí s geografickými vzdálenostmi či jazykovou příslušností jednotlivých populací. Pro tento účel byly sekvenovány HVS-1 úseky mtDNA 194 jedinců rozdělených do 6 slovenských populací. Získané sekvence byly vyhodnoceny prostřednictvím základních parametrů genetické diverzity a porovnány s obdobnými daty publikovanými jinými autory (jednalo se o 4 798 sekvencí HVS-1 segmentu mtDNA 42 populačních celků střední Evropy). Intra-populační analýzy ukázaly na vysokou míru genové a nukleotidové diverzity jednotlivých populací, s patrným poklesem hodnot od severu k jihu. Nejvyšší míry genetické diverzity vykazovaly slovenské populace, nejnižší hodnoty pak byly zaznamenány pro populace chorvatské. Z výsledků ΦST vzdáleností je patrná jistá podobnost populací slovanských (Slovensko, Česká republika, Polsko, Slovinsko, Srbsko, Bosna a Hercegovina), germánských (Německo, Rakousko, Švýcarsko) a také některých skupin z Maďarska a Rumunska. Nejvzdálenější se jevily především populace Chorvatska, které se lišily téměř od všech populací zahrnutých do studie. AMOVA ukázala, že geografické členění populací vysvětluje rozložení genetické variability poněkud lépe než jazykové třídění. Na variabilitu mezi...
|
|
|
Genetic variation in North American crayfish species introduced to Europe and the prevalence of the crayfish plague pathogen in their populations
Filipová, Lenka ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Diéguez-Uribeondo, Javier (oponent) ; Trontejl, Peter (oponent)
- ABSTRAKT - Biologické invaze korýšů představují vážnou hrozbu pro původní druhy v Evropě. Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na nepůvodní sladkovodní raky introdukované do Evropy, a jejich parazita Aphanomyces astaci, původce račího moru. Má práce zahrnuje čtyři publikované prvoautorské články (kapitoly I, II, IV a V), dva prvoautorské rukopisy (kapitoly III a VI) a jeden článek, jehož jsem spoluautorkou (kapitola VII). První část (kapitoly I-V) je zaměřena na genetickou variabilitu severoamerických raků introdukovaných do Evropy. Ukázali jsme, že genetická variabilita dvou raků, kteří jsou oba úspěšnými invazními druhy v Evropě, se výrazně liší a odráží jejich odlišný způsob kolonizace kontinentu. Rak pruhovaný, Orconectes limosus, byl pravděpodobně do Evropy introdukován jen jednou, kdy bylo dovezeno 90 jedinců. Variabilita na úrovni mitochondriální DNA je u raka pruhovaného v Evropě mnohem nižší než v Severní Americe (kapitola I), ačkoli určitá míra variability byla zaznamenána na jaderných markerech v jeho středoevropských populacích (kapitola II). Opačným příkladem je rak signální, Pacifastacus leniusculus, který byl do Evropy introdukován vícekrát, mnoha jedinci. Jeho geneticky vysoce diverzifikované evropské populace patří jedinému poddruhu P. l. leniusculus (kapitola III). Ten je jedním ze...
|
|
|
Morfometrická a genetická analýza skupiny \kur{Centaurea macroptilon}
OTISKOVÁ, Veronika
Skupina okruhu Centaurea macroptilon zahrnuje taxony Centaurea macroptilon, Centaurea oxylepis, Centaurea indurata a křížence. V této diplomové práci byla porovnána morfologická a genetická variabilita mezi taxony této skupiny. Na základě výsledků morfometrické a molekulární analýzy bylo zváženo současné taxonomické pojetí studovaných druhů a byly navrhnuty změny.
|
|
|
(A)sexual Life of Liverworts
HOLÁ, Eva
This thesis comprises of two published papers and one accepted manuscript, focused on various aspects of liverwort reproduction. Treated aspects include patterns of asexual reproduction, sex ratio and sex-specic pattern in vegetative growth, and patterns of genetic variation and spatial genetic structure of populations differing in availability of substrate on localities and the population connectivity, and consequently in size, density, and prevailing reproductive mode. These characteristics were studied on representatives of the family Scapaniaceae s.l., belonging to the largest liverwort order Jungermanniales. The results showed that asexual propagules were formed and present in course of the whole growing season and can be considered as a sufficient substitution for sexual reproduction. In contrast with the female-biased sex ratio observed earlier in most dioicous bryophytes, unexpectedly high male-biased sex ratio was observed in the aquatic liverwort, which was speculated to represent a strategy to overcome sperm dilution in aquatic environment. In addition, no size differences between female and male shoots were detected, although the evidence for higher cost of sexual reproduction in females was found. The study of population genetic structure has shown that even small and predominantly asexually reproducing populations are important sources of genetic variation. However, we were able to demonstrate notably low levels of gene flow among populations where habitat fragmentation poses a significant barrier to dispersal of diaspores. The fine scale study of spatial genetic structure revealed a strong aggregation of genotypes, particularly in smaller populations, and at the same time showed that asexual reproduction is an efficient mean of maintaining the populations at not only the short distances, given the spatial extent of clones spanning dozens of meters.
|
host ::
RSS.