|
|
Structure and Function of the C-terminal Domain of the HsdR Subunit from the Type I Restriction-Modification System EcoR124
GRINKEVICH, Pavel
The Type I restriction-modification enzyme EcoR124 is a pentameric complex consisting of one specificity subunit, two methylation subunits and two motor subunits (HsdR) that can recognize specific DNA sequences and perform double-stranded DNA cleavage and modification. The HsdR subunit is responsible for ATP-dependent DNA translocation and DNA cleavage. Even though the first crystal structure of HsdR was obtained ten years ago, a large part of the C-terminus has not been resolved in any HsdR structures to date. This dissertation aims to elucidate its role within the HsdR subunit and the whole pentameric complex by solving the structure of the C-terminus by means of X-ray diffraction crystallography and explore its function using biochemical, microbiological, bioinformatical and computational methods.
|
|
|
Studium interakce receptoru NKp46 s adhesinem Epa1
Houserová, Jana ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Jednou ze složek nespecifického imunitního dohledu organismu jsou NK buňky (z angl. natural killer cells, přirozeně zabíječské buňky). Úkolem NK buněk je vyvolat apoptosu u cílových buněk (například buněk rakovinných či virově infikovaných). Cílové buňky jsou rozpoznávány pomocí povrchových receptorů. NK buňky mají na svém povrchu aktivační a inhibiční receptory. Mezi aktivační receptory patří receptor přirozené cytotoxicity NKp46. Jedním z několika dosud popsaných ligandů tohoto receptoru je adhesin Epa1 (z angl. epithelial adhesin 1) kvasinky Candida glabrata. Neschopnost těla spustit imunitní odpověď a bránit se kvasinkové infekci způsobuje vážné komplikace u pacientů s hematologickým onemocněním, tzv. invazivní kandidózy. NK buňky se začínají využívat také v rámci imunoterapie nádorů, konkrétně bispecifické fúzní proteiny, které se jednou částí váží na receptor NK buňky a druhou částí na nádorový antigen. Tato práce se zaměřuje na přípravu rekombinantního proteinu NKp46. Pro studium vlivu O-glykosylace na vazbu ligandu byl připraven mutant glykosylačního místa NKp46 T225A. Proteiny byly produkovány stabilně transfekovanými liniemi HEK293S GnTI- a HEK293T. Protein Epa1 byl produkován v expresním systému E. coli a poté purifikován. Schopnost vazby proteinu Epa1 a laktosy byla ověřena pomocí dvou...
|
|
|
Studium interakce receptoru NKp46 s adhesinem Epa1
Houserová, Jana ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Jednou ze složek nespecifického imunitního dohledu organismu jsou NK buňky (z angl. natural killer cells, přirozeně zabíječské buňky). Úkolem NK buněk je vyvolat apoptosu u cílových buněk (například buněk rakovinných či virově infikovaných). Cílové buňky jsou rozpoznávány pomocí povrchových receptorů. NK buňky mají na svém povrchu aktivační a inhibiční receptory. Mezi aktivační receptory patří receptor přirozené cytotoxicity NKp46. Jedním z několika dosud popsaných ligandů tohoto receptoru je adhesin Epa1 (z angl. epithelial adhesin 1) kvasinky Candida glabrata. Neschopnost těla spustit imunitní odpověď a bránit se kvasinkové infekci způsobuje vážné komplikace u pacientů s hematologickým onemocněním, tzv. invazivní kandidózy. NK buňky se začínají využívat také v rámci imunoterapie nádorů, konkrétně bispecifické fúzní proteiny, které se jednou částí váží na receptor NK buňky a druhou částí na nádorový antigen. Tato práce se zaměřuje na přípravu rekombinantního proteinu NKp46. Pro studium vlivu O-glykosylace na vazbu ligandu byl připraven mutant glykosylačního místa NKp46 T225A. Proteiny byly produkovány stabilně transfekovanými liniemi HEK293S GnTI- a HEK293T. Protein Epa1 byl produkován v expresním systému E. coli a poté purifikován. Schopnost vazby proteinu Epa1 a laktosy byla ověřena pomocí dvou...
|
|
|
Fasciolidní motolice: od genů k diagnostice
Ježková, Monika ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Sojka, Daniel (oponent)
Motolice z čeledi Fasciolidae jsou parazité savců včetně člověka. Veterinárně a medicínsky významné druhy, vyskytující se i na území České Republiky, jsou Fasciola hepatica a Fascioloides magna. Fascioloides magna a F. hepatica infikují široké spektrum divokých i domácích přežvýkavců, v případě F. hepatica může být infikován i člověk. Obě motolice jsou zodpovědné za závažná poškození jaterního parenchymu či žlučovodů u jejich definitivního hostitele, což je příčinou ztráty hmotnosti, anémie, snížené produkce mléka a v některých případech i smrti hostitele. Klíčovou roli při kontrole infekce F. hepatica a F. magna hraje účinná a včasná diagnostika. Nejrosšířenější diagnostické metody jsou založené převážně na sérodiagnostických metodách využívajících specifické antigeny např. exkrečně-sekreční produkty (ESP). Diagnostické markery založené na ESP mohou být díky jejich heterogenitě nespecifické, a také reprodukovatelnost takové metody je značně omezená. Při diagnostice fasciolidních motolic se používají také konkrétní proteiny obsažené v ESP. Tento přístup však vyžaduje biologický materiál a laboratorní postupy, spojené s identifikací, purifikací a testováním antigenicity vybraných proteinů. Aktuální rozvoj paralelních sekvenačních technologií generuje obrovské množství genomových, transkriptomových a...
|
|
|
Příprava plazmidů pro expresi interleukin 2- fúzní monoklonální protilátky
Slavata, Lukáš ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Milichovský, Jan (oponent)
Náplní práce byla optimalizace produkce monoklonální protilátky proti interleukinu-2 (IL 2) s navázaným fúzním IL 2, a to přípravou nových expresních vektorů založených na plasmidu pTW5 a nahrazením nativní signální sekvence novou, původem ze sekretované alkalické fosfatasy. Tato fúzní protilátka vykazuje zajímavou biologickou aktivitu s poten-ciálem pro terapeutické využití - prodloužení cirkulace IL 2 v krevním oběhu. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Reportéry genové exprese u \kur{Drosophila melanogaster}.
ŠTROS, Jiří
Drosophila melanogaster je široce používaný modelový organismus v genetice a v dalších disciplínách souvisejících s lékařsky a biotechnologicky významnými problémy. První část práce podává přehled některých základních genetických nástrojů a reportérů genové exprese používaných při práci s D.melanogaster s důrazem na reportérový gen GFP. Druhá část podává popis a výsledky experimentální práce zaměřené na reportérový konstrukt sestávající z genu adenosin deaminasy (ADGF-A) a značky GFP. Při práci s reportéry genové exprese, jako je GFP, je důležité vědět, zda přítomnost reportéru neovlivňuje studovaný proces. Experiment popsaný v této práci testoval, zda je fúzní protein sestávající z adenosin deaminasy a GFP plně funkčním enzymem, nebo zda je aktivita enzymu ovlivněna přítomností fluorescenční značky. Výsledky práce podporují vhodnost fúzního konstruktu jako reportéru genové exprese.
|
|
|
Expression and purification of \kur{Synechocystis} ferrochelatase from \kur{Escherichia coli}
RICHTOVÁ, Jitka
Ferochelatáza (FeCH) je všudypřítomný enzym produkující hem, který je nezbytný pro všechny žijící organizmy. Fotosyntetické organizmy syntetizují heme a chlorofyl společnou dráhou, ve které hraje FeCH významnou roli jako klíčový enzym pro regulaci obou větví. Vytvoření aktivní rekombinantní FeCH by bylo neocenitelné pro pochopení role FeCH v regulaci biosyntetické dráhy chlorofylu a hemu. Cílem této práce je exprimovat FeCH ze sinice Synechocystis 6803 v Escherichia coli a připravit protokol pro purifikaci tohoto proteinu ve formě vysoce aktivního enzymu.
|
host ::
RSS.