|
|
Detekce mutace genu HSF4 způsobující hereditární kataraktu u ovčáckých psů
VOKÁLKOVÁ, Lenka
Hereditární katarakta patří mezi jedno z nejčastějších onemocnění očí u ovčáckých plemen psů. Jedná se o závažné onemocnění, které způsobuje zhoršení zraku psa. Při zanedbání může vést až ke slepotě. Hereditární katarakta se projevuje bilaterálním zákalem oka. Průběh onemocnění je různý a počátek nemoci může nastat v jakémkoliv věku psa. Vznik katarakty může být důsledkem jiné oční vady nebo poraněním oka. V tomto případě se jedná o sekundární kataraktu. Primární katarakta je řízena geny. Kandidátním genem pro vznik hereditární katarakty je gen HSF4. Tento gen hraje důležitou roli v imunitním systému. Kóduje proteiny tepelného šoku, které chrání buňku před nepříznivými vlivy vnějšího prostředí, jako jsou například vysoká teplota nebo UV záření. Kromě toho se také podílí na vývoji vláken oční čočky. Mutace v exonu 9 genu HSF4 způsobuje degradaci těchto vláken a tím vzniká šedý zákal. Hereditární katarakta je závažné onemocnění, které se často léčí chirurgicky implantací oční čočky. Proto je důležitá včasná diagnostika a vyřazení postižených jedinců z chovu, aby nedošlo přenosu onemocnění do další generace. Detekcí mutace genu HSF4, způsobující kataraktu se zabývám v mé diplomové práci. Jako vhodnou metodu pro detekci mutace genu HSF4 byla zvolena fragmentační analýza. Mutace spočívá v inzerci jednoho nukleotidu C. Fragmentační analýza dokáže velmi přesně určit délku amplifikovaného fragmentu a umožňuje odlišit i fragment lišící se pouze v jedné bázi. V praktické části bylo vyšetřeno celkem sto vzorků psů plemen australský ovčák, německý ovčák, border kolie a dlouhosrstá a krátkosrstá kolie. Pouze jeden pes byl vyhodnocen jako přenašeč hereditární katarakty. Jednalo se o psa plemene australský ovčák Tři vzorky psů nebylo možné vyhodnotit, nejspíše z důvodu špatného odběru vzorku nebo degradace DNA. Zbytek vyšetřovaných psů (96 vzorků) byl vyhodnocen jako zdravý jedinec.
|
|
|
Genetické markery pro sledování posttransplantačního chimerismu
Řehounková, Michaela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Řehounková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetické markery pro sledování posttransplatačního chimerismu Cíle práce: Zpracování dat pacientů, kteří prodělali alogenní transplantaci krvetvorných buněk v letech 2010 až 2014 ve Fakultní nemocnici Hradec Králové a jejich chimerismus byl sledován na Úseku molekulární biologie v Ústavu klinické biochemie a diagnostiky. Po zpracování dat se studoval možný vztah mezi vybranými klinickými parametry a použitými genetickými markery k vyšetření chimerismu. Na závěr se zhodnotily vlivy vybraných parametrů na úspěšnost léčby a úmrtnost v potransplantačním období. Metody: Pro vyšetření potransplantačního chimerismu byla použita metoda vyšetření lokusů krátkých tandemových repetic (STR), která využívá genetické variability mezi dárcem a příjemcem transplantovaného štěpu. DNA dárce a příjemce je izolována pomocí kolonkové soupravy QIAmp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, SRN), k amplifikaci se využívá souprava AmpFlSTR Identifier Kit (Applied Biosystems, USA) a k separaci kapilární elektroforéza (analyzátor ABI 3130-4, Applied Biosystems, USA) Závěr: Mezi nejinformativnější patřily markery D21S11, D2S1338, THO1, FGA a...
|
|
|
Ověření dědičnosti markerů mikrosatelitového panelu u velbloudů
Grygarová, Tereza
Diplomová práce se zabývá ověřením dědičnosti vybraných mikrosatelitů z panelu mikrosatelitů z oblasti MHC u velbloudů. Teoretická část se věnuje charakteristice rodu Camelus. Zejména pak adaptačním mechanismům umožňujícím velbloudům přežívat v podmínkách, které jsou pro jiná hospodářská zvířata nehostinná. Popsány jsou i mikrosatelity, které se staly výbornou volbou nejen v analýze dědičnosti. Praktická část byla založena na fragmentační analýze v přístroji ABI PRISM 3500, které předcházela izolace DNA, multiplex PCR amplifikace mikrosatelitových lokusů a elektroforetické ověření na gelu. Pomocí programu GeneMapper 5 byly vypočítány velikosti amplifikovaných fragmentů, určeny genotypy a ověřena mendelistická segregace. K ověření dědičnosti mikrosatelitového panelu byly vybrány čtyři mikrosatelitové markery, a to M29_I, M35_II, M41_III a M42_III. Nejméně polymorfním byl mikrosatelit M29_I z oblasti MHC I a nejvíce polymorfním byl mikrosatelit M42_III z oblasti MHC III. Obecně lze mikrosatelity z mikrosatelitového panelu považovat za spolehlivé pro ověření původu alel a mohou být dále použity k odhalení polymorfismu MHC oblasti velbloudů.
|
|
|
Studium časné kancerogeneze u spinoceluárního karcinomu hlavy a krku.
Kastner, Jan ; Betka, Jan (vedoucí práce) ; Salzman, Richard (oponent) ; Smilek, Pavel (oponent)
Spinocelulární karcinom hlavy a krku (HNSCC, head and neck squamous cell carcinoma) je nejčastějším zhoubným nádorem ORL oblasti. Prognostické a prediktivní informace, získané na podkladě molekulárně genetického rozboru procesu kancerogeneze u HNSCC, jsou nezbytné pro zhodnocení a individualizaci léčby i výběr optimální léčebné modality. A v případě chirurgického výkonu i optimální resekce tumoru s cílem dosáhnout co nejlepší kvality života a nejdelšího přežití. Studium časné kancerogeneze (nebo též karcinogeneze) je založeno na poznání, že histologicky normální tkáň v okolí nádoru vykazuje na molekulární úrovni preneoplastické změny. Molekulárně genetické změny v histologicky normální tkáni přilehlé k nádoru tak mohou hrát zásadní roli při ozřejmění procesu kancerogeneze. Disertační práce shrnuje současné poznatky o časné kancerogenezi u spinocelulárního karcinomu hlavy a krku a uvádí molekulárně biologické trendy, které mohou přispět k detailnějšímu poznání časné fáze kancerogeneze u tohoto typu karcinomu a tím i zlepšit detekci, výhledově pak i léčbu tohoto zhoubného onemocnění. Nosným tématem práce je detekce mikrosatelitních lézí pomocí fragmentační analýzy ve tkáni nádorové, ve tkáních nenádorových v blízkosti nádoru a ve tkáni dostatečně vzdálené od nádoru. Výsledky práce přispívají k potvrzení...
|
|
|
Genetické markery pro sledování posttransplantačního chimerismu
Řehounková, Michaela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Řehounková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetické markery pro sledování posttransplatačního chimerismu Cíle práce: Zpracování dat pacientů, kteří prodělali alogenní transplantaci krvetvorných buněk v letech 2010 až 2014 ve Fakultní nemocnici Hradec Králové a jejich chimerismus byl sledován na Úseku molekulární biologie v Ústavu klinické biochemie a diagnostiky. Po zpracování dat se studoval možný vztah mezi vybranými klinickými parametry a použitými genetickými markery k vyšetření chimerismu. Na závěr se zhodnotily vlivy vybraných parametrů na úspěšnost léčby a úmrtnost v potransplantačním období. Metody: Pro vyšetření potransplantačního chimerismu byla použita metoda vyšetření lokusů krátkých tandemových repetic (STR), která využívá genetické variability mezi dárcem a příjemcem transplantovaného štěpu. DNA dárce a příjemce je izolována pomocí kolonkové soupravy QIAmp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, SRN), k amplifikaci se využívá souprava AmpFlSTR Identifier Kit (Applied Biosystems, USA) a k separaci kapilární elektroforéza (analyzátor ABI 3130-4, Applied Biosystems, USA) Závěr: Mezi nejinformativnější patřily markery D21S11, D2S1338, THO1, FGA a...
|
|
|
Genetické markery pro sledování posttransplantačního chimerismu
Řehounková, Michaela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Řehounková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetické markery pro sledování posttransplatačního chimerismu Cíle práce: Zpracování dat pacientů, kteří prodělali alogenní transplantaci krvetvorných buněk v letech 2010 až 2014 ve Fakultní nemocnici Hradec Králové a jejich chimerismus byl sledován na Úseku molekulární biologie v Ústavu klinické biochemie a diagnostiky. Po zpracování dat se studoval možný vztah mezi vybranými klinickými parametry a použitými genetickými markery k vyšetření chimerismu. Na závěr se zhodnotily vlivy vybraných parametrů na úspěšnost léčby a úmrtnost v potransplantačním období. Metody: Pro vyšetření potransplantačního chimerismu byla použita metoda vyšetření lokusů krátkých tandemových repetic (STR), která využívá genetické variability mezi dárcem a příjemcem transplantovaného štěpu. DNA dárce a příjemce je izolována pomocí kolonkové soupravy QIAmp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, SRN), k amplifikaci se využívá souprava AmpFlSTR Identifier Kit (Applied Biosystems, USA) a k separaci kapilární elektroforéza (analyzátor ABI 3130-4, Applied Biosystems, USA) Závěr: Mezi nejinformativnější patřily markery D21S11, D2S1338, THO1, FGA a...
|
|
| |
|
|
Morfologická plasticita chrpy luční \kur{(Centaurea jacea L.).}
KARÁSEK, Jakub
Byl zkoumán rozsah morfologické plasticity chrpy luční (Centaurea jacea L.). Plasticita populací podruhu Centaurea jacea subsp. jacea v jižních Čechách byla porovnána s variabilitou celého druhu v širším areálu. Byl prokázán překryv lokálních druhů s oběma poddruhy. Byly nalezeny korelace determinačních znaků a faktorů prostředí. Molekulární analýza pomocí metody ISSR nenalezla rozdíly mezi podruhy. Pro definitivní rozluštění podstaty podruhů je nutné provést navazující studii.
|
|
|
Možnosti využití molekulárních metod pro studium populační genetiky raka říčního Astacus astacus
ŠABATA, Jakub
Rak říční (Astacus astacus) je jeden ze dvou původních druhů raků žijících u nás, kteří jsou na celém našem území přísně chráněni, protože jsou označeni za kriticky ohrožený druh. V Evropě je to jeden z pěti původních druhů raků, zaznamenán organizací IUCN jako ohrožený druh, který potřebuje ochranný management. Jeho populace byly rapidně sníženy kvůli račímu moru, který přenášejí nepůvodní druhy raků ze Severní Ameriky, kteří byli v minulosti zavlečeni do Evropy a posléze i do České republiky. V minulosti byly izolovány a popsány mikrosatelitní markery pro raka říčního (Koiv a kol., 2008a). V rámci této práce bylo testováno použití těchto osmi mikrosatelitních markerů na vzorcích získaných z českých populací raka říčního. Testování jsme provedli na 53 vzorcích raků ze šesti populací. Testování vzorků bylo provedeno izolací DNA z tkáně třetí kráčivé končetiny pomocí DNA Lego Kitu. Následným ověřením izolátu DNA elektroforézou na agarózovém gelu. Testování teplotního cyklu PCR amplifikace vycházelo z původní publikace Koiva a kol. (2008a), následně byl PCR cyklus upravován podle kvality PCR produktů získaných v naší laboratoři. Jako nejvýhodnější byla zvolena teplota annealing primerů 60°C pro šest testovaných lokusů tj. Aas 3666, Aas 3115, Aas 790, Aas 1198, Aas 3950 a Aas 766, pro další dva lokusy Aas 2489 a Aas 3040 byla zvolena teplota annealingu 55°C. Výsledné produkty PCR byly testovány na agarózovém gelu a následně byly fragmentační analýzou na automatickém sekvenátoru Beckman Coulter CEQ8000 určovány délky PCR produktů v multiplexech složených z několika lokusů. V jednotlivých lokusech bylo v rámci našich 53 vzorků nalezeno od 1 do 13 alel ? jeden z lokusů byl monomorfní v rámci všech analyzovaných vzorků. Největší variabilitu ukázala moravská populace na Boskovické nádrži, průměrný počet alel na lokus 3,86, poté severočeská populace z Jaroměře 3,43 alel na lokus. Zelenohorská populace 3 alely na lokus a Světlohorská populace 2,57 alel na lokus. Nejnižší průměrný počet alel na lokus měla populace z Landštejna 2,43. Cílem této bakalářské práce bylo vypracovat literární rešerši o metodách molekulární biologie využívaných při studiu raků a zároveň ověřit možnost využití 8 dosud popsaných mikrosatelitních markerů pro raka říčního. V laboratorních podmínkách se podařilo úspěšně optimalizovat použití sedmi mikrosatelitních markerů z osmi popsaných. Tyto mikrosatelitní markery by měly být použitelné pro populační studie, a nebo pro určování rodičovství (otcovství) v reprodukčních experimentech. V rámci ověřování použitelnosti mikrosatelitních markerů byly vyhodnocovány i některé základní populační charakteristiky, optimalizace a testování použitelnosti mikrosatelitních markerů však bylo prováděno jen na velmi nízkém počtu vzorků, proto tyto charakteristiky mají pouze velmi omezenou vypovídací schopnost.
|
host ::
RSS.