|
|
Syntéza nových nukleosidů jako potenciálních inhibitorů flavivirové replikace
Horkelová, Simona ; Nencka, Radim (vedoucí práce) ; Janeba, Zlatko (oponent)
Viry čeledi Flaviviridae jsou původci mnoha nebezpečných onemocnění, pro které v současné době neznáme léčbu a výzkum nových léčiv proti nim proto představuje jednu z významných výzev pro moderní medicinální chemii. Pro boj s viry se nejčastěji využívá cílení na jimi kódované proteiny. U flavivirů se jako jeden z nejvhodnějších molekulárních cílů jeví nestrukturní protein NS5 vykazující enzymovou aktivitu methyltransferázy (MTáza) a RNA- dependentní-RNA-polymerázy (RdRp). Bakalářská práce pojednává o syntéze nových potenciálních léčiv schopných inhibice flavivirové RdRp. Byly připravovány C-nukleosidy obsahujících dva typy heterocyklické báze: 3-fluoropikolinamid modifikovaný v polohách 5 nebo 6 a pyrido[3,2-d]pyrimidin-4-amin modifikovaný v polohách 6 nebo 7 pomocí arylového nebo heteroaromatického substituentu. Klíčová slova: C-nukleosidy, polymeráza, flaviviry, virus klíšťové encefalitidy, Suzukiho reakce, Grignardova reakce
|
|
|
Structural and functional study of viral RNA polymerases
Dubánková, Anna ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Plevka, Pavel (oponent)
Virové RNA dependentní RNA polymerázy (RdRp) jsou enzymy nezbytné pro množení RNA virů. Obecná funkce RdRp je pro všechny RNA viry stejná: RdRp rozpozná virovou RNA, nasedne na ni a syntetizuje komplementární řetězec RNA. Série těchto kroků je pro virovou infekci naprosto nepostradatelná. Je důležité si uvědomit, že neinfikovaná buňka RNA nereplikuje. Hostitelská buňka přirozeně neexprimuje žádné RdRp. Pro můj výzkum jsem si vybrala RdRp, protože jsou nezbytné pro virovou replicakci a tudíž excelentní cíl pro virovou terapii. V této studii jsou do hloubky charakterizovány polymerázy z rodiny picornavirů a flavivirů. Picornavirová replikace je lokalizovaná ve viry indukovaných, membránových strukturách, které nazýváme replikační organely (RO). V těchto RO je virová polymeráza lokalizovaná na membráně. Nalezli jsme podmínky, ve kterých se polymeráza váže na membránu. Následně byla studována aktivace picornavirových polymeráz, která je indukována inzercí první aminokyseliny do středu proteinu. V této studii jsou rovněž diskutovány RdRp z rodiny flavivirů, konkrétně z viru žluté zimnice (YFV) a Zika viru (ZIKV). Studie prezentuje první strukturu polymerázy z YFV (v plné délce) a model ZIKV polymerázy v komplexu s RNA. Model ZIKV poskytuje strukturní informaci o aktivním místě potřebnou k "dockingu" ligandů.
|
|
|
Strukturní a funkční charakterizace inhibice flavivirové methyltransferázy.
Todd, Matthew Zagorey ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Honzejková, Karolína (oponent)
Viry rodu flavivirus, patřící do rodiny Flaviviridae, jsou rozšířenou skupinou virových patogenů, které představují globální hrozbu pro lidské zdraví. Následky infekce jsou neurologické nebo jiné onemocnění jako je encefalitida, meningitida, mikrocefalie nebo krvácivá horečka, přičemž přímá protivirová léčba existuje pouze proti některým členům flavivirů jako je Virus žluté zimnice (YFV) nebo Virus japonské encefalitidy (JEV). Genom flavivirů je pozitivní jedno-vláknová RNA, po jejíž translaci vzniká dlouhý virový polyprotein štěpen hostitelskými a virovými proteasami na strukturální a nestrukturální proteiny. Nestrukturální protein 5 (NS5) je tvořen C-koncovou doménou s funkcí RNA- dependentní RNA-polymerasy (RdRp) a N-koncovou doménou s funkcí methyltransferasy (MTasa). Flavivirové MTasy katalyzují poslední krok v tvorbě čepičky genomové RNA, která hraje klíčovou roli v procesech virové translace, replikace a úniku před imunitním systémem hostitele. Kvůli její konzervativní povaze je flavivirová MTasa slibným cílem terapeutického zásahu. Analýza její struktury je nezbytná pro vývoj širokospektrálních inhibitorů a léčiv proti onemocněním způsobené flaviviry. Klíčová slova Flaviviry, Virus St. Louisské encefalitidy (SLEV), Flavivirová methyltransferasa (MTasa), N-7 methylace, 2'-O methylace.
|
|
|
Strukturní a funkční charakterizace inhibice flavivirové methyltransferasy
Kúdelová, Veronika ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Faltová, Lenka (oponent)
Do středu zájmů velkého množství vědeckých skupin se v poslední době čím dál tím více dostávají virové agens. Neopomenutelnou a světově hojně rozšířenou skupinou těchto virů jsou flaviviry, mezi které se řadí např. virus Zika, viry horečky Dengue, virus klíšťové encefalitidy či virus západonilské horečky. Mezi těmito viry panuje značná diverzita, nicméně lze nalézt velmi konzervované proteiny, které se vyskytují napříč celým tímto virovým rodem. Největším a nejvíce konzervovaným proteinem kódovaným flaviviry je nestrukturní protein NS5, který se skládá ze dvou domén: methytransferasové (MTasy) a RNA-dependentní RNA-polymerázové domény (RdRp). MTasa umožňuje viru díky methylaci jeho genomu iniciovat translaci a zároveň i maskovat jeho RNA před imunitním systémem hostitele. Blokací aktivního místa tohoto enzymu malou molekulou by se dala zastavit virová infekce nejen u jednoho viru, ale, vzhledem k vysoké konzervovanosti MTas, i u všech dalších virů rodu flavivirus. Tato diplomová práce se zabývá právě zmíněnou MTasou proteinu NS5, konkrétně u viru západonilské horečky (WNV). Po navržení insertu, který kóduje doménu WNV MTasy, jeho amplifikaci a ligaci do plasmidu, byl expresí a následnou purifikací připraven rekombinantní protein WNV MTasy. Následně byly vytvořeny komplexy proteinu s malými...
|
|
|
Structural and functional study of viral RNA polymerases
Dubánková, Anna
Virové RNA dependentní RNA polymerázy (RdRp) jsou enzymy nezbytné pro množení RNA virů. Obecná funkce RdRp je pro všechny RNA viry stejná: RdRp rozpozná virovou RNA, nasedne na ni a syntetizuje komplementární řetězec RNA. Série těchto kroků je pro virovou infekci naprosto nepostradatelná. Je důležité si uvědomit, že neinfikovaná buňka RNA nereplikuje. Hostitelská buňka přirozeně neexprimuje žádné RdRp. Pro můj výzkum jsem si vybrala RdRp, protože jsou nezbytné pro virovou replicakci a tudíž excelentní cíl pro virovou terapii. V této studii jsou do hloubky charakterizovány polymerázy z rodiny picornavirů a flavivirů. Picornavirová replikace je lokalizovaná ve viry indukovaných, membránových strukturách, které nazýváme replikační organely (RO). V těchto RO je virová polymeráza lokalizovaná na membráně. Nalezli jsme podmínky, ve kterých se polymeráza váže na membránu. Následně byla studována aktivace picornavirových polymeráz, která je indukována inzercí první aminokyseliny do středu proteinu. V této studii jsou rovněž diskutovány RdRp z rodiny flavivirů, konkrétně z viru žluté zimnice (YFV) a Zika viru (ZIKV). Studie prezentuje první strukturu polymerázy z YFV (v plné délce) a model ZIKV polymerázy v komplexu s RNA. Model ZIKV poskytuje strukturní informaci o aktivním místě potřebnou k "dockingu" ligandů.
|
|
|
Structural and functional study of viral RNA polymerases
Dubánková, Anna
Virové RNA dependentní RNA polymerázy (RdRp) jsou enzymy nezbytné pro množení RNA virů. Obecná funkce RdRp je pro všechny RNA viry stejná: RdRp rozpozná virovou RNA, nasedne na ni a syntetizuje komplementární řetězec RNA. Série těchto kroků je pro virovou infekci naprosto nepostradatelná. Je důležité si uvědomit, že neinfikovaná buňka RNA nereplikuje. Hostitelská buňka přirozeně neexprimuje žádné RdRp. Pro můj výzkum jsem si vybrala RdRp, protože jsou nezbytné pro virovou replicakci a tudíž excelentní cíl pro virovou terapii. V této studii jsou do hloubky charakterizovány polymerázy z rodiny picornavirů a flavivirů. Picornavirová replikace je lokalizovaná ve viry indukovaných, membránových strukturách, které nazýváme replikační organely (RO). V těchto RO je virová polymeráza lokalizovaná na membráně. Nalezli jsme podmínky, ve kterých se polymeráza váže na membránu. Následně byla studována aktivace picornavirových polymeráz, která je indukována inzercí první aminokyseliny do středu proteinu. V této studii jsou rovněž diskutovány RdRp z rodiny flavivirů, konkrétně z viru žluté zimnice (YFV) a Zika viru (ZIKV). Studie prezentuje první strukturu polymerázy z YFV (v plné délce) a model ZIKV polymerázy v komplexu s RNA. Model ZIKV poskytuje strukturní informaci o aktivním místě potřebnou k "dockingu" ligandů.
|
|
|
Structural and functional study of viral RNA polymerases
Dubánková, Anna ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Plevka, Pavel (oponent)
Virové RNA dependentní RNA polymerázy (RdRp) jsou enzymy nezbytné pro množení RNA virů. Obecná funkce RdRp je pro všechny RNA viry stejná: RdRp rozpozná virovou RNA, nasedne na ni a syntetizuje komplementární řetězec RNA. Série těchto kroků je pro virovou infekci naprosto nepostradatelná. Je důležité si uvědomit, že neinfikovaná buňka RNA nereplikuje. Hostitelská buňka přirozeně neexprimuje žádné RdRp. Pro můj výzkum jsem si vybrala RdRp, protože jsou nezbytné pro virovou replicakci a tudíž excelentní cíl pro virovou terapii. V této studii jsou do hloubky charakterizovány polymerázy z rodiny picornavirů a flavivirů. Picornavirová replikace je lokalizovaná ve viry indukovaných, membránových strukturách, které nazýváme replikační organely (RO). V těchto RO je virová polymeráza lokalizovaná na membráně. Nalezli jsme podmínky, ve kterých se polymeráza váže na membránu. Následně byla studována aktivace picornavirových polymeráz, která je indukována inzercí první aminokyseliny do středu proteinu. V této studii jsou rovněž diskutovány RdRp z rodiny flavivirů, konkrétně z viru žluté zimnice (YFV) a Zika viru (ZIKV). Studie prezentuje první strukturu polymerázy z YFV (v plné délce) a model ZIKV polymerázy v komplexu s RNA. Model ZIKV poskytuje strukturní informaci o aktivním místě potřebnou k "dockingu" ligandů.
|
|
|
Příprava fluorovaných karbocyklických derivátů nukleosidů jako potenciálních inhibitorů virové replikace
Štefek, Milan ; Nencka, Radim (vedoucí práce) ; Šimák, Ondřej (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá přípravou fluorovaných derivátů karbocyklických nukleosidů, které by mohly sloužit jako inhibitory replikace flavivrů. Byly připravovány monofluorované i gem-difluorované analogy ribo i 2'-deoxyribonukleosidů. Zatímco pro přípravu monofluorovaných sloučenin byly nalezeny vhodné a poměrně spolehlivé syntetické cesty, syntéza gem-difluorovaných látek se ukázala jako velmi komplikovaná. Ačkoli se většina syntéz prezentovaných v této práci zabývala přípravou látek s adeninem jakožto nukleobazí, obecná aplikovatelnost vyvinutých postupů byla demonstrována přípravou molekuly guanosinového typu. Po optimalizaci by tedy mělo být možné uvedené reakční sekvence využít k přípravě rozsáhlejších sérií látek.
|
|
|
Interakce viru klíšťové encefalitidy s cytoskeletem hostitelských buněk
PRANČLOVÁ, Veronika
Tato práce je zaměřena na roli cytoskeletu, primárně mikrotubul a mikrofilament, v průběhu infekce virem klíšťové encefalitidy (VKE) u lidské neuroblastové linie SK-N-SH a klíštěcí linie IRE/CTVM19. Studium integrity a dynamiky cytoskeletu pro replikační cyklus viru za použití specifických chemických inhibitorů poukázal na potenciál VKE využívat námi studovaných struktur v obou buněčných liniích. Imunofluorescenční mikroskopie odhalila strukturní změny v aktinové síti buněk SK-N-SH během pozdní fáze infekce. Navíc byly u obou buněčných linií porovnány změny v expresi genů asociovaných s cytoskeletem, přičemž bylo zaznamenáno několik genů se zvýšenou expresí u buněk SK-N-SH v pozdní fázi infekce.
|
|
|
Příprava nových proléčiv pro protivirovou terapii
Štefek, Milan ; Nencka, Radim (vedoucí práce) ; Janeba, Zlatko (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o přípravě proléčiv odvozených od 2'-C-methyladenosinu, který je potentním inhibitorem RNA dependentní RNA polymerázy flavivirů. Byla připravována proléčiva s modifikací hydroxyskupin na 3' a 5' uhlících schopna zacílit tuto látku do mozku a centrální nervové soustavy. Jako cílící skupiny byly využíván tropin a redoxní systém trigonellin/1,4-dihydrotrigonellin. V případě tropinu se podařilo vyvinout vhodnou metodu přípravy proléčiv, zatímco spolehlivý postup pro provedení posledního kroku syntézy látek využívajících zmíněného redoxního systému musí být teprve objeven.
|
host ::
RSS.