|
|
Vliv kultivačního média na identifikaci kvasinek rodu Cryptococcus hmotnostní spektrometrií
Jurnečková, Alena ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Rod Cryptococcus je v oblasti klinické mikrobiologie znám pro svoji obtížnou identifikaci a taxonomické zařazení. Pro tuto bakalářskou práci bylo vybráno celkem 22 kmenů kvasinek rodu Cryptococcus. Větší část kmenů byla nejprve sekvenována analýzou D1/D2 domény LSU rRNA genu. Pro kultivaci byly zvoleny tři typy médií – YPD, bramborový a Sabouraudův agar. Vzorky byly upraveny dle normované metody firmy Bruker Daltonik, Chemického ústavu SAV a kombinací těchto dvou metod. Identifikace byla provedena metodou hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Získaná spektra byla porovnána příslušným softwarem a vyhodnocena na základě specifického algoritmu. Nejvhodnější médium pro kultivaci a tedy biotypizaci s procentuálně nejvyšším skórem bylo YPD (Yeasts pepton dextrose). Naopak nejméně vhodným kultivačním médiem byl Sabouraudův agar (SA), který dosáhl nejmenší procentuální úspěšnosti dle parametrů daných algoritmem firmy Bruker Daltonik. V případě metod úpravy a aplikace vzorku dosáhla nejvyšší úspěšnosti kombinovaná metoda při použití YPD média. Výsledkem kompletní analýzy jsou dendrogramy pro jednotlivá média zobrazující genetickou podobnost kmenů kvasinek. Dendrogram znázorňuje zařazení jednotlivých kmenů do příslušných skupin. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii I (označení větve v dendrogramu A) byly správně zařazeny kmeny Cr. flavescens (CCY 17-3-28, CCY 17-3-30) a Cr. laurentii (CCY 17-3-2). Přestože kmen Cr. flavus (CCY 17-3-5) vykazuje podobnost s kmenem Cr. flavescens, nepatří do této fylogenetické skupiny. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii II (označení větve B) byly umístěny kmeny Cr. carnescens (CCY 17-3-13) a Cr. victoriae (CCY 17-3-26). Kmeny Cr. magnus (CCY 17-4-39, CCY 17-4-40) se vyznačují podobností s těmito kmeny, ale do fylogenetické skupiny II nepatří. Kmeny Cr. gastricus (CCY 17-5-1) a Cr. diffluens (nezařazený) tvoří větev s označením C. Cr. aerius (CCY 17-4-9), který byl také do této skupiny zařazen, jsme navrhli na sekvenční analýzu, neboť jeho spektrum spíše naznačuje, že se jedná o kmen Cr. diffluens. Větev dendrogramu, nesoucí označení D, obsahuje kmeny Bulleromyces albus (CCY 17-3-35, CCY 17-3-36) a Cr. saitoi (CCY 17-3-18, CCY 17-4-2). Sekvenovaný Cr. albidus (CCY 17-4-1), nesekvenovaný Cr. diffluens (CCY 17-4-13) a Cr. terreus (CCY 17-8-1) se řadí do skupiny označenou písmenem E. Vzhledem k tomu, že sekvenovaný kmen Cr. diffluens se vyskytl už ve skupině C, byl kmen CCY 17-4-13 navržen na sekvenční analýzu. Do této skupiny se řadí také sekvenovaný Cr. aerius (CCY 17-25-1), který však tvoří samostatnou větev v dendrogramu v rámci skupiny. Poslední skupinu, označenou písmenem F, tvoří Cr. macerans (CCY 17-19-3) a také kontrolní kmeny Cr. neoformans var. neoformans (CCY 17-1-4, CCY 17-1-5).
|
|
|
Properties and production of microbial lipases
Martinková, Patrícia ; Reichstädter, Marek (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Bachelor´s thesis is focused on testing the culture media for growing various strains of yeasts, producing lipolytic enzymes and to study the influence of culture media composition on the production of lipolytic enzymes. Theoretical part of this thesis states the characteristics of lipolytic enzymes, their properties, sources, conditions for their production and the possibilities of their application. Together 8 strains of yeasts were used in the experimental part of the thesis, namely 2 strains of Yarrowia lipolytica, 2 strains of Kluyveromyces lactis, Cryptococcus saitoi, Candida intermedia, Candida oleophila and Debaryomyces hansenii, which were cultivated on 4 media with different compounds. During the cultivation the growth of biomass was monitored and growth curves were formed based on these results. Selected strains of yeasts were tested during the process of cultivation for lipolytic activity of two types of enzymes – enzymes bonded to the cellular structure and extracellular enzymes, which were measured by spectrophotometer. Production of lipolytic enzymes varied depending on applied culture medium.
|
|
|
Využití meristémových kultur ve šlechtění česneku kuchyňského (\kur{Allium sativum})
ŠVEHLOVÁ, Eva
Diplomová práce se zabývá využitím meristémových kultur ve šlechtění česneku kuchyňského (Allium sativum). Jako výchozí materiál byl použit česnek kuchyňský, odrůda Tantal. Zdravotní stav česneku, před izolací meristémů, byl testován pomocí imunologické metody ELISA (Enzyme-Linked Immuno-Sorbent Assay) známé také jako EIA (Enzyme Immunoassay). Jedná se o metodu sloužící k detekci protilátek a antigenu. Zdravotní stav byl testován na přítomnost virů žluté zakrslosti cibule (OYDV Onion Yellow Dwarf Virus) a na virus rodu Carlavirus (GCLV Garlic Common Latent Virus). Viruprostý materiál byl dále vysterilizován, kultivován a následně z něj byl odebrán meristém. Kultivace vyizolovaného meristému probíhala podle dostupných metodik na kultivačním médiu MS s vitamíny obohacené o fytohormony IAA, NAA a BAP.
|
|
|
Properties and production of microbial lipases
Martinková, Patrícia ; Reichstädter, Marek (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Bachelor´s thesis is focused on testing the culture media for growing various strains of yeasts, producing lipolytic enzymes and to study the influence of culture media composition on the production of lipolytic enzymes. Theoretical part of this thesis states the characteristics of lipolytic enzymes, their properties, sources, conditions for their production and the possibilities of their application. Together 8 strains of yeasts were used in the experimental part of the thesis, namely 2 strains of Yarrowia lipolytica, 2 strains of Kluyveromyces lactis, Cryptococcus saitoi, Candida intermedia, Candida oleophila and Debaryomyces hansenii, which were cultivated on 4 media with different compounds. During the cultivation the growth of biomass was monitored and growth curves were formed based on these results. Selected strains of yeasts were tested during the process of cultivation for lipolytic activity of two types of enzymes – enzymes bonded to the cellular structure and extracellular enzymes, which were measured by spectrophotometer. Production of lipolytic enzymes varied depending on applied culture medium.
|
|
|
Vliv kultivačního média na identifikaci kvasinek rodu Cryptococcus hmotnostní spektrometrií
Jurnečková, Alena ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Rod Cryptococcus je v oblasti klinické mikrobiologie znám pro svoji obtížnou identifikaci a taxonomické zařazení. Pro tuto bakalářskou práci bylo vybráno celkem 22 kmenů kvasinek rodu Cryptococcus. Větší část kmenů byla nejprve sekvenována analýzou D1/D2 domény LSU rRNA genu. Pro kultivaci byly zvoleny tři typy médií – YPD, bramborový a Sabouraudův agar. Vzorky byly upraveny dle normované metody firmy Bruker Daltonik, Chemického ústavu SAV a kombinací těchto dvou metod. Identifikace byla provedena metodou hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Získaná spektra byla porovnána příslušným softwarem a vyhodnocena na základě specifického algoritmu. Nejvhodnější médium pro kultivaci a tedy biotypizaci s procentuálně nejvyšším skórem bylo YPD (Yeasts pepton dextrose). Naopak nejméně vhodným kultivačním médiem byl Sabouraudův agar (SA), který dosáhl nejmenší procentuální úspěšnosti dle parametrů daných algoritmem firmy Bruker Daltonik. V případě metod úpravy a aplikace vzorku dosáhla nejvyšší úspěšnosti kombinovaná metoda při použití YPD média. Výsledkem kompletní analýzy jsou dendrogramy pro jednotlivá média zobrazující genetickou podobnost kmenů kvasinek. Dendrogram znázorňuje zařazení jednotlivých kmenů do příslušných skupin. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii I (označení větve v dendrogramu A) byly správně zařazeny kmeny Cr. flavescens (CCY 17-3-28, CCY 17-3-30) a Cr. laurentii (CCY 17-3-2). Přestože kmen Cr. flavus (CCY 17-3-5) vykazuje podobnost s kmenem Cr. flavescens, nepatří do této fylogenetické skupiny. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii II (označení větve B) byly umístěny kmeny Cr. carnescens (CCY 17-3-13) a Cr. victoriae (CCY 17-3-26). Kmeny Cr. magnus (CCY 17-4-39, CCY 17-4-40) se vyznačují podobností s těmito kmeny, ale do fylogenetické skupiny II nepatří. Kmeny Cr. gastricus (CCY 17-5-1) a Cr. diffluens (nezařazený) tvoří větev s označením C. Cr. aerius (CCY 17-4-9), který byl také do této skupiny zařazen, jsme navrhli na sekvenční analýzu, neboť jeho spektrum spíše naznačuje, že se jedná o kmen Cr. diffluens. Větev dendrogramu, nesoucí označení D, obsahuje kmeny Bulleromyces albus (CCY 17-3-35, CCY 17-3-36) a Cr. saitoi (CCY 17-3-18, CCY 17-4-2). Sekvenovaný Cr. albidus (CCY 17-4-1), nesekvenovaný Cr. diffluens (CCY 17-4-13) a Cr. terreus (CCY 17-8-1) se řadí do skupiny označenou písmenem E. Vzhledem k tomu, že sekvenovaný kmen Cr. diffluens se vyskytl už ve skupině C, byl kmen CCY 17-4-13 navržen na sekvenční analýzu. Do této skupiny se řadí také sekvenovaný Cr. aerius (CCY 17-25-1), který však tvoří samostatnou větev v dendrogramu v rámci skupiny. Poslední skupinu, označenou písmenem F, tvoří Cr. macerans (CCY 17-19-3) a také kontrolní kmeny Cr. neoformans var. neoformans (CCY 17-1-4, CCY 17-1-5).
|
|
|
Semikvantitativní bakteriologické vyšetření moče
VITANOVSKÁ, Alena
Moč je kapalný produkt látkové výměny vylučovaný ledvinami. Poukazuje na celkový zdravotní stav organismu. Infekce močových cest patří mezi druhé nejčastější onemocnění, způsobené různými patogeny. Nejčastěji se vyskytuje patogen E. coli. S vysokým výskytem přetrvávajících infekcí a jejich léčbou souvisí nárůst rezistence bakteriálních patogenů k antibiotikům. Hlavními cíli této bakalářské práce je seznámení se s bakteriologickým vyšetřením infekcí močového ústrojí, osvojení si techniky semikvantitativního bakteriologického vyšetření moče a dalších postupů vedoucích k diagnostice močových patogenů na Oddělení lékařské mikrobiologie Klatovské nemocnice, a.s.. Dalším cílem je na základě přebraných dat z LISu OLM vyhodnotit získané výsledky a porovnat je s literárními údaji. Úvodní část práce se věnuje definicím základních pojmů, které jsou spojeny s močovým ústrojím, jeho infekcemi a vyskytujícími se patogeny. Jsou zde popsány jednotlivé fáze laboratorního postupu, zejména jeho analytická část, která se věnuje teoretickému popisu metod laboratorní diagnostiky. V metodice jsou popsány postupy identifikačních metod, tak jak byly použity na Oddělení lékařské mikrobiologie Klatovské nemocnice, a.s. Popsáno je semikvantitativní vyšetření, mikroskopie, jednotlivé identifikační biochemické testy pro dourčení patogenů a postup stanovení citlivosti. Výsledky výzkumu jsou vyhodnoceny pomocí jednoduché statistiky v tabulkách a grafech. V roce 2014 přijala laboratoř mikrobiologie 8623 vzorků moče, z nichž 6267 pocházelo od pacientů z nemocnic. Pro statistické vyhodnocení byly použity právě tyto vzorky. Ve 1260 případech byla detekována E. coli, v 829 případech Enterococcus a v 297 případech Proteus. Dalšímu statistickému vyhodnocení byly podrobeny jen případy E. coli, u kterých se stanovila citlivost na nitrofurantoin. Těch bylo 1030, z toho 819 žen a 211 mužů. Nejvyšší výskyt tohoto patogenu byl u žen ve věkové kategorii nad 61 let, jednalo se o 542 pacientek. U mužů byl záchyt taktéž nejvyšší ve věku nad 61 let, a to u 166 pacientů. Záchyt E. coli u mužů i žen byl oproti ostatním kategoriím nejnižší ve věku 7-17 let.
|
|
|
Porovnání bakteriologického vyšetření moči metodou kultivační a nefelometrickou
LOJÍKOVÁ, Aneta
V populaci se infekce močových cest (IMC) vyskytují jako druhé nejčastější onemocnění vyvolané různými patogeny. Projevují se přítomností bakterií v moči tzv. bakteriurií. Cílem této práce bylo porovnat bakteriologické vyšetření moči při podezření na IMC pomocí metody kultivační a metody založené na principu nefelometrie. Byly použity dva postupy pro kultivační vyšetření moči. Prvním byla metoda postupného ředění, která je považována za přesnou. Druhým postupem byla kultivace za použití filtračního papírku, považovaná za méně spolehlivou. Pro tyto metody byly použity dva typy kultivačních půd {--} URI Select 4 a COS od firmy BIO-RAD. URI Select 4 je diagnostická půda přímo určená ke kultivaci vzorků moči. Krevní agar (COS) je půda obohacená krví, na které roste většina lékařsky významných bakterií. Třetí měření bylo prováděno pomocí automatického systému URO-QUICK od firmy ALIFAX S.p.A. Kultivace s filtračním papírkem byla použita pouze jako rozšiřující doplňková metoda pro porovnání s metodou postupného ředění a automatickým systémem URO-QUICK. Celkem bylo vyšetřeno 50 vzorků moči.
|
host ::
RSS.