|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
host ::
RSS.