|
|
Heteroploidie v buňkách kostní dřeně u dětí s akutní lymfoblastickou leukemií (ALL)
Matějčková, Nicole ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Akutní lymfoblastická leukemie je nejčastějším nádorovým onemocněním u dětí. Jedná se o heterogenní onemocnění, u kterého byla popsána celá řada rekurentních chromosomových aberací. Mezi nejvýznamnější aberace spojené s dobrou prognózou patří translokace t(12;21)(p13;q22), při které vzniká fúzní gen ETV6/RUNX1 a tzv. hyperdiploidie. Naopak nejvýznamnější prognosticky nepříznivé nálezy jsou translokace t(9;22)(q34;q11) vedoucí ke vzniku fúzního genu BCR/ABL1, přestavby MLL genu a tzv. hypodiploidie. Tzv. heteroploidie, patří mezi nejčastější cytogenetické nálezy u dětských ALL. Charakteristickým rysem je nenáhodné zmnožení či ztráta chromozomů z diploidní sady. K nejvýznamnějším nálezům patří hyperdiploidie, při které dochází k nenáhodnému zmnožení některých chromozomů. Hyperdiploidie je spojena s velmi dobrou prognózou, vliv dalších strukturních aberací na prognózu je předmětem dalšího zkoumání. Další prognosticky významnou skupinou v rámci heteroploidií je hypodiploidie. Jedná se o poměrně vzácný nález, který je doprovázen obvykle velmi špatnou prognózou. U hypodiploidie dochází k nenáhodným ztrátám chromozomů. Hypodiploidie může být v některých případech maskovaná zdvojeným hyperdiploidním klonem, což ztěžuje její identifikaci. Přesná a včasná cytogenetická analýza heteroploidních buněk je velmi důležitá,...
|
|
|
Heteroploidie v buňkách kostní dřeně u dětí s akutní lymfoblastickou leukemií (ALL)
Matějčková, Nicole ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Akutní lymfoblastická leukemie je nejčastějším nádorovým onemocněním u dětí. Jedná se o heterogenní onemocnění, u kterého byla popsána celá řada rekurentních chromosomových aberací. Mezi nejvýznamnější aberace spojené s dobrou prognózou patří translokace t(12;21)(p13;q22), při které vzniká fúzní gen ETV6/RUNX1 a tzv. hyperdiploidie. Naopak nejvýznamnější prognosticky nepříznivé nálezy jsou translokace t(9;22)(q34;q11) vedoucí ke vzniku fúzního genu BCR/ABL1, přestavby MLL genu a tzv. hypodiploidie. Tzv. heteroploidie, patří mezi nejčastější cytogenetické nálezy u dětských ALL. Charakteristickým rysem je nenáhodné zmnožení či ztráta chromozomů z diploidní sady. K nejvýznamnějším nálezům patří hyperdiploidie, při které dochází k nenáhodnému zmnožení některých chromozomů. Hyperdiploidie je spojena s velmi dobrou prognózou, vliv dalších strukturních aberací na prognózu je předmětem dalšího zkoumání. Další prognosticky významnou skupinou v rámci heteroploidií je hypodiploidie. Jedná se o poměrně vzácný nález, který je doprovázen obvykle velmi špatnou prognózou. U hypodiploidie dochází k nenáhodným ztrátám chromozomů. Hypodiploidie může být v některých případech maskovaná zdvojeným hyperdiploidním klonem, což ztěžuje její identifikaci. Přesná a včasná cytogenetická analýza heteroploidních buněk je velmi důležitá,...
|
|
|
Molekulární charakterizace nového subtypu dětské Akutní lymfoblastické leukémie s liniovým přesmykem v časné fázi léčby onemocnění
Dobiášová, Alena ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Leukémie jsou nejčastěji se vyskytujícím nádorovým onemocněním u dětských pacientů. Na našem pracovišti (CLIP) byl nedávno zdokumentován nový subtyp dětské akutní B-prekurzorové leukémie (preB-ALL) s liniovým přesmykem během časné fáze léčby do myeloidní linie, jehož in- cidence mezi preB-ALL tvoří téměř 4 % (Slámová et al., 2014). Methylace DNA (přítomnost 5-methylcytosinu), patří společně s post-translačními úpravami histonů a nekódujícími RNA mezi epigenetické mechanismy, které regulují genovou expresi bez nutnosti změny genetické informace. Mimoto je methylace DNA snadno detekovatelná konverzí bisulfitem sodným a následnou sekve- nací. Cílem této práce bylo porovnat methylaci DNA na celogenomové úrovni (tzv. methylační vzory) mezi pacienty s preB-ALL s liniovým přesmykem a kontrolními preB-ALL. Nejprve bylo třeba revidovat a zlepšit bioinformatický protokol na zpracování dat získaných metodou eRRBS využívající masivně paralelní sekvenování. V rámci zlepšení protokolu jsem porovnala čtyři bioinformatické nástroje na ořez adapterových sekvencí - FAR, cutadapt, Trimmomatic a fastx_clipper. Nejrychlejší a nejúčinnější z nich, program Trimmomatic, jsem následně zařadila do protokolu. Dále jsem získaná data zpracovala vylepšeným protokolem a následně zanalyzovala v prostředí programovacího jazyka R....
|
host ::
RSS.