|
|
Metody stanovení nádorových markerů v krevní plazmě a jejich klinický význam při diagnostice
Toman, Karel ; Márová, Ivana (oponent) ; Čáslavský, Josef (vedoucí práce)
Diplomová práce pojednává o metodách stanovení tumorových markerů a jejich klinickém významu při lékařské diagnostice nádorových onemocnění. V teoretické části práce jsou uvedeny klinicky nejdůležitější nádorové markery a rovněž jsou podrobně popsány používané chemiluminiscenční imunoanalytické metody pro jejich stanovení. Praktická část práce se týká zavedení nové chemiluminiscenční metody pro stanovení tumorového markeru do rutinního provozu, určení základních analytických parametrů této metody a porovnání se stávající imunoturbidimetrickou metodou. Součástí praktické části práce je monitorování onkologických pacientů s různými nádorovými onemocněními, které probíhá pomocí sledování hodnot nádorových markerů. V praktické části jsou také uvedeny výsledky porovnání naší metody s dalšími metodami v rámci Systému externí kontroly kvality.
|
|
|
Machine learning models for quantifying phenotypic signatures of cancer cells based on transcriptomic and epigenomic data
Koban, Martin ; PhD, Florian Halbritter, (oponent) ; Mehnen, Lars (vedoucí práce)
Since the advent of techniques capable of rapid acquisition of genomic data, it is one of the key challenges for researchers to interpret the results of such experiments in meaningful biological terms. In this work, we aim to exploit knowledge hidden in well-characterised transcriptomic and epigenomic data from publicly available sources to aid this interpretation. An integrated resource of chromatin accessibility data (from DNase-seq and ATAC-seq experiments) was created and pre-processed for downstream analyses, complemented by collections of public gene expression (RNA-seq) profiles. These datasets were used for training machine learning classifiers with two primary purposes. Firstly, for augmenting sample annotations by predicting undefined metadata labels in the training datasets. Secondly, for annotation of poorly characterised, unseen data to examine generalisation ability of the constructed models. We demonstrated that biologically relevant information was captured by the trained classifiers while technical artefacts were minimised. Thus, we validated that the proposed supervised machine learning approach can contribute to clarifying contents of cryptic transcriptomic and epigenomic datasets, particularly from the field of cancer research.
|
|
|
Přírodní látky v léčbě rakoviny a jejich cytotoxicita
Hájková, Tereza ; Raudenská, Martina (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou přírodních látek v souvislosti s nádorovým onemocněním. Přírodní látky mají pozitivní vliv na lidský organismus a jsou schopné ovlivňovat životaschopnost a růst nádorových buněk. Hlavním mechanismem je ovlivnění mechanismů vedoucích k zahájení apoptózy nádorových buněk a zabránění další proliferace. V práci je dále rozebrána problematika využití nádorových buněčných linií ve výzkumu nádorového onemocnění. Dále jsou v práci uvedeny běžně dostupné metody pro stanovení cytotoxicity přírodních látek, přičemž pro experimentální část je vybrána metoda MTT test a systém xCELLigence pro monitorování v reálném čase. V experimentální části bude sledován mechanismus působení testované látky kapsaicin v aplikaci na prostatické buněčné linie, nádorovou PC3 a nenádorovou PNT1A.
|
|
|
Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách
Hrazdilová, Ivana ; Čegan,, Radim (oponent) ; Eduard, Kejnovský (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce poskytuje stručnou charakteristiku lidských mobilních genetických elementů (transposonů), které tvoří přibližně 50% lidského genomu a jsou schopny “skákat” z místa na místo. Jsou zde popsány základní rozdělení a typy transposonů přítomné v lidském genomu, mechanismy jejich šíření, aktivace a umlčování. Práce se také věnuje tzv. domestikaci transposonů, popisuje způsoby jakými TE přispívají k poškození DNA a shrnuje nemoci způsobené mutagenní aktivitou transposonů v lidském genomu. Závěr teoretické části je věnován technologiím sekvenace příští generace (NGS). V praktické části byla analyzována data z RNA-seq experimentu, pomocí kterých byla srovnána aktivita transposonů v normálních a rakovinných buňkách prostaty a tlustého střeva. K analýze byly použity jak veřejně dostupné sofistikované nástroje (TopHat), tak vlastní skripty. Výsledky dokazují, že u rakovinných buněk dochází ke zvýšené expresi transposonů, což koresponduje s publikovanými výsledky a naznačuje souvislost aktivity transposonů se vznikem rakoviny.
|
|
|
Biocompatible protein cages for encapsulation and internatization of small interfering RNA
Mokrý, Michal ; Balvan, Jan (oponent) ; Heger, Zbyněk (vedoucí práce)
This thesis is focused on creation of apoferritin nanocarrier with encapsulated small interfering RNA marked with fluorescent dye. Main objectives are optimization of pH and amount of siRNA encapsulated into apoferritin cavity and physicochemical characteristics of created nanocarrier. First part deals with theoretical knowledge necessary for understanding concept of this thesis. Second part describes used methods and evaluated results. Created apoferritin nanocarriers were optimal in size with great hemocompatibility, but long-term stability didn’t meet our expectations.
|
|
|
Nativní hyaluronan jako nosič hydrofobních léčiv
Černá, Eva ; Mravec, Filip (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je zjistit, zda by bylo možné využít nativní formu kyseliny hyaluronové jako nosič hydrofobních léčiv pro cílenou distribuci v organismu. Svou strukturou je kyselina hyaluronová lineární vysokomolekulární biopolysacharid, který nacházíme ve většině živých organismů. V lidském těle se vyskytuje ve většině tkání, jeho vysokou koncentraci nacházíme zejména v pokožce a očním sklivci. Podílí se na mnoha fyziologických procesech a pro fungování celého organismu je hyaluronan nezbytný. Jeho vysoká koncentrace je také pozorována u rakovinných buněk, které obsahují několik receptorů pro hyaluronan. Mezi tyto receptory řadíme CD44 a RHAMM. Právě interakce nosičového systému kyseliny hyaluronové a hydrofobního léčiva s těmito receptory by mohla zajistit volný průchod pro léčivo do postižené tkáně, kde po uvolnění léčiva dojde k usmrcení postižených buněk. Léčivo by bylo tedy přímo cílené na poškozenou tkáň a nezatěžovalo by zbytek organismu, jak tomu v současné době bývá při léčbě cytostatiky. Jako nosič byla v této práci vybrána právě nativní forma kyseliny hyaluronové, kterou běžně najdeme v lidském organismu. Svými vlastnosti nevyniká nad ostatními nosičovými systémy, ale svou biokompatibilitou a biodegradabilitou v organismu je vysoce přesahuje. Jako nosič byla v práci využita vysokomolekulární kyselina hyaluronová a místo hydrofobního léčiva byla použita látka podobných vlastností, hydrofobní barvivo sudan red G.
|
|
|
Detekce platinových derivátů pomocí ICP hmotnostní spektrometrie
Zelinová, Karin ; Hložková, Michaela (oponent) ; Vašinová Galiová, Michaela (vedoucí práce)
Práce se zabývá sledováním prostupu chemoterapeutik do nádorových buněk. Vzhledem k toxicitě léčiv je z hlediska minimalizace zásahu do zdravé tkáně pacienta zcela zásadní jejich zacílení. Aby mohlo být co možná nejlepšího zacílení dosáhnuto, je nutné sledovat prostup chemoterapeutik do buněk. Předmětem studie byla léčiva na bázi platiny, pro sledování obsahu léčiva v buňkách byla proto vybrána metoda ICP-MS, která je vhodná pro rychlou a spolehlivou detekci stopového množství prvků. Teoretická část práce se zaměřuje na popis ICP-MS, jakožto metody, která byla pro detekci platinových derivátů zvolena. Dále pak shrnuje využití léčiv na bázi platiny při léčbě rakovinového onemocnění. Experimentální část je věnována analýze buněk vystavených působení chemoterapeutik na bázi platiny. Detekce a kvantifikace platiny v buňkách byla provedena pomocí LA-ICP-MS a SN-ICP-MS. Pro ověření výsledků byla analýza roztoku provedena rovněž metodou AAS. Z výsledků vyplývá, že nejochotněji bylo léčivo přijímáno buňkami buněčné linie A2780. Taktéž se ukázalo, že nejvíce kumulovaným léčivem byla cisplatina.
|
|
|
Deformační a napěťová analýza dolní čelisti s aplikovaným fixátorem v důsledku deficitu kostní tkáně
Fňukal, Jan ; Valášek, Jiří (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá fixací dolní čelisti s deficitem kostní tkáně pomocí komerčně vyráběného fixátoru. Velké defekty kostní tkáně vznikají především v důsledku odstranění kostní tkáně postižené nádorovým onemocněním. K těmto tématům byla vypracována rešeršní studie na základě dostupné literatury. Následně byla provedena deformačně napěťová analýza dolní čelisti s aplikovanou fixační dlahou. Ta byla řešena pomocí výpočtového modelování s variačním přístupem, tedy metodou konečných prvků. V práci je podrobně popsán postup tvorby geometrie, modelu materiálu, modelu vazeb a zatížení s následným řešením několika výpočtových modelů. Deformačně napěťová analýza byla provedena pro dolní čelisti s různou velikostí odstraněné kostní tkáně s aplikovanou rekonstrukční dlahou z CP-Ti Grade 4 a pro dolní čelist s dlahou, jež je vyrobena z -Ti-Mo. Nakonec byl vyhodnocen vliv materiálových vlastností svalku v průběhu tvorby nové kostní tkáně (hojení svalku) na napjatost a deformaci řešené soustavy.
|
|
|
Centrum prevence, Masarykův onkologický ústav v Brně
Buzová, Magdaléna ; Kraus, David (oponent) ; Galeová, Nicol (vedoucí práce)
Předmětem diplomové práce je návrh nového Centra prevence rakoviny, stavby, která bude první svého druhu v České republice. Lokalitou projektu je svažitá parcela na jižním úbočí Žlutého kopce v Brně, náležící do areálu Masarykova onkologického ústavu. Hlavním úkolem Centra prevence je, kromě přirozeného rozšíření areálu stávající nemocnice, zaujmout a oslovit obyvatele města k tomu, aby překonali strach z neznáma, podrobili se preventivní prohlídce a v případě potřeby započali svou léčbu. Budova reaguje na tuto skutečnost a nachází cesty vedoucí nejen k oslovení široké veřejnosti, ale také k pomyslnému propojení přilehlého centra města a okolní obytné čtvrti s nemocničním areálem na Žlutém kopci. Svým prostorovým řešením návrh vytváří dynamickou kompozici budov dotvářející charakteristickou zástavbu nemocnice. Ústředními námětem práce je motiv vratkosti, rovnováhy a cesty, témata, která jsou pro nádorová onemocnění charakteristická.
|
|
|
Influence of natural polyphenolic substances on p53 protein expression
Bušanski, Patrik ; Němcová, Andrea (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
The tumor suppressor protein p53 is one of the major regulators of the cell cycle after DNA damage. In addition to stopping the cycle and repairing DNA, it can, in extreme cases, induce programmed cell death - apoptosis. Mutations in the gene encoding p53 are present in more than 50% of cancer cases. This thesis examines alternative natural polyphenolic substances that could increase the level and expression of p53 protein in tumor cells. These substances could be an alternative to non-specific cytostatics, which bring many undesirable additional effects during treatment. In the theoretical part of the thesis the structure and properties of the p53 protein and describes alternative therapeutic approaches with a focus on polyphenolic substances is explained. The aim of the experimental part was to determine the effect of curcumin and resveratrol in comparison with often used cytostatic drug, doxorubicin, on cell viability of tumor cells and on p53 protein levels. The effect of these substances on the binding of p53 to DNA in yeast systems was also examined. It was found that doxorubin efficiency is many times higher than the examined polyphenolic agents, but resveratrol was showing some potential as a suitable alternative in the treatment of tumors, thanks to the ability to activate apotosis. It was clearly demonstrated that there is an association between induced programmed death and increased p53 protein expression after resveratrol treatment.
|
host ::
RSS.