|
|
Přibližné vyhledávání řetězců v předzpracovaných dokumentech
Toth, Róbert ; Košař, Vlastimil (oponent) ; Kaštil, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problémem přibližného vyhledávání řetězců, označovaným též jako vyhledávání s chybami. Práce se zaměřuje na oblast offline algoritmů, které umožňují po jednorazovém předspracování textu velmi rychlé vyhledávaní díky indexu, který si nad textem vytvoří. Nejprve bude definován problém samotný a demonstrována rozmanitost jeho využití, následována krátkým shrnutím rozdílných přístupů k této problematice. Poté budou detailně probrány některé algoritmy založené na použití suffixových stromů a představen nový hybridní algoritmus. Algoritmy budou implementovány v jazyce C a jejich výkonnost detailně otestována v sérii experimentů se zaměřením na určení reálného přínosu nového algoritmu do této oblasti.
|
|
|
Přibližné vyhledávání řetězců
Toth, Róbert ; Košař, Vlastimil (oponent) ; Kaštil, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problémem přibližného vyhledávání řetězců, označovaným též jako vyhledávání s chybami. Nejprve bude definován problém samotný a demonstrována rozmanitost jeho využití, následována krátkým shrnutím rozdílných přístupů k této problematice. Zbývající část práce bude zaměřena na algoritmy založené na využití deterministických konečných automatů. Budou představeny hlavní algoritmy v této oblasti. Ty budou následně implementovány v programovacím jazyku Python a jejich výkonnost důkladně otestována na sérii experimentů.
|
|
|
Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Beck, Patrik ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch.
|
|
|
Akcelerace algoritmů pro porovnání řetězců na základě podobnosti
Voženílek, Jan ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je návrh a implementace architektury pro FPGA čipy akcelerující porovnávání dvou řetězců a jejich ohodnocení na podobnost. Použité postupy vycházejí z bioinformatických algoritmů, především Needleman-Wunsch a Smith-Waterman. Jednotka může díky obecnému návrhu a generickému zpracování v jazyce VHDL porovnávat libovolné sekvence znaků, což je úloha prostupující mnoha oblastmi informatiky od prohledávání databází (kde porovnání na podobnost umožňuje odhalit překlepy) po detekci nevyžádané elektronické pošty - spamu. V závislosti na specifikaci úlohy se může zrychlení oproti běžnému softwarovému řešení pohybovat v řádu stovek až tisíců.
|
|
|
Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Beck, Patrik ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch.
|
|
|
Přibližné vyhledávání řetězců
Toth, Róbert ; Košař, Vlastimil (oponent) ; Kaštil, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problémem přibližného vyhledávání řetězců, označovaným též jako vyhledávání s chybami. Nejprve bude definován problém samotný a demonstrována rozmanitost jeho využití, následována krátkým shrnutím rozdílných přístupů k této problematice. Zbývající část práce bude zaměřena na algoritmy založené na využití deterministických konečných automatů. Budou představeny hlavní algoritmy v této oblasti. Ty budou následně implementovány v programovacím jazyku Python a jejich výkonnost důkladně otestována na sérii experimentů.
|
|
|
Přibližné vyhledávání řetězců v předzpracovaných dokumentech
Toth, Róbert ; Košař, Vlastimil (oponent) ; Kaštil, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problémem přibližného vyhledávání řetězců, označovaným též jako vyhledávání s chybami. Práce se zaměřuje na oblast offline algoritmů, které umožňují po jednorazovém předspracování textu velmi rychlé vyhledávaní díky indexu, který si nad textem vytvoří. Nejprve bude definován problém samotný a demonstrována rozmanitost jeho využití, následována krátkým shrnutím rozdílných přístupů k této problematice. Poté budou detailně probrány některé algoritmy založené na použití suffixových stromů a představen nový hybridní algoritmus. Algoritmy budou implementovány v jazyce C a jejich výkonnost detailně otestována v sérii experimentů se zaměřením na určení reálného přínosu nového algoritmu do této oblasti.
|
|
|
Akcelerace algoritmů pro porovnání řetězců na základě podobnosti
Voženílek, Jan ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je návrh a implementace architektury pro FPGA čipy akcelerující porovnávání dvou řetězců a jejich ohodnocení na podobnost. Použité postupy vycházejí z bioinformatických algoritmů, především Needleman-Wunsch a Smith-Waterman. Jednotka může díky obecnému návrhu a generickému zpracování v jazyce VHDL porovnávat libovolné sekvence znaků, což je úloha prostupující mnoha oblastmi informatiky od prohledávání databází (kde porovnání na podobnost umožňuje odhalit překlepy) po detekci nevyžádané elektronické pošty - spamu. V závislosti na specifikaci úlohy se může zrychlení oproti běžnému softwarovému řešení pohybovat v řádu stovek až tisíců.
|
host ::
RSS.