|
|
Molekulární charakterizace nového subtypu dětské Akutní lymfoblastické leukémie s liniovým přesmykem v časné fázi léčby onemocnění
Dobiášová, Alena ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Leukémie jsou nejčastěji se vyskytujícím nádorovým onemocněním u dětských pacientů. Na našem pracovišti (CLIP) byl nedávno zdokumentován nový subtyp dětské akutní B-prekurzorové leukémie (preB-ALL) s liniovým přesmykem během časné fáze léčby do myeloidní linie, jehož in- cidence mezi preB-ALL tvoří téměř 4 % (Slámová et al., 2014). Methylace DNA (přítomnost 5-methylcytosinu), patří společně s post-translačními úpravami histonů a nekódujícími RNA mezi epigenetické mechanismy, které regulují genovou expresi bez nutnosti změny genetické informace. Mimoto je methylace DNA snadno detekovatelná konverzí bisulfitem sodným a následnou sekve- nací. Cílem této práce bylo porovnat methylaci DNA na celogenomové úrovni (tzv. methylační vzory) mezi pacienty s preB-ALL s liniovým přesmykem a kontrolními preB-ALL. Nejprve bylo třeba revidovat a zlepšit bioinformatický protokol na zpracování dat získaných metodou eRRBS využívající masivně paralelní sekvenování. V rámci zlepšení protokolu jsem porovnala čtyři bioinformatické nástroje na ořez adapterových sekvencí - FAR, cutadapt, Trimmomatic a fastx_clipper. Nejrychlejší a nejúčinnější z nich, program Trimmomatic, jsem následně zařadila do protokolu. Dále jsem získaná data zpracovala vylepšeným protokolem a následně zanalyzovala v prostředí programovacího jazyka R....
|
host ::
RSS.